Table 1.
Common viruses detected in the respiratory tract virome
| Virus Groups | Species or Types | References from this Review |
|---|---|---|
| Picornaviruses | Rhinoviruses A, B, and/or C | Lysholm et al,4 2012; Wang et al,5 2016; Jain et al,6 2015; Jain et al,7 2015; Colvin et al,8 2012; Wylie et al,9 2012; Flight et al,13 2014; Goffard et al,14 2014; Wat et al,15 2008; Graf et al,24 2016; Thorburn et al,25 2015; Zoll et al,26 2015 |
| Enteroviruses | Colvin et al,8 2012; Wylie et al,9 2012; Wylie et al,22 2015; Wylie et al,23 2015; Graf et al,24 2016; Thorburn et al,25 2015; Zoll et al,26 2015 | |
| Parechovirus | Wylie et al,9 2012 | |
| Paramyxoviruses | Respiratory syncytial virus | Lysholm et al,4 2012; Wang et al,5 2016; Jain et al,6 2015; Jain et al,7 2015; Flight et al,13 2014; Wat et al,15 2008; Graf et al,24 2016; Thorburn et al,25 2015; Zoll et al,26 2015 |
| Parainfluenzaviruses 1–4 | Lysholm et al,4 2012; Wang et al,5 2016; Jain et al,6 2015; Jain et al,7 2015; Colvin et al,8 2012; Wylie et al,9 2012; Flight et al,13 2014; Goffard et al,14 2014; Wat et al,15 2008; Graf et al,24 2016; Thorburn et al,25 2015 | |
| Metapneumovirus | Lysholm et al,4 2012; Wang et al,5 2016; Jain et al,6 2015; Jain et al,7 2015; Colvin et al,8 2012; Graf et al,24 2016; Thorburn et al,25 2015; Zoll et al,26 2015 | |
| Measles virus | Lysholm et al,4 2012; Wang et al,5 2016; Wylie et al,9 2012; Flight et al,13 2014; Graf et al,24 2016 | |
| Pneumovirus | Wylie et al,9 2012 | |
| Orthomyxoviruses | Influenzavirus A, B, and/or C | Lysholm et al,4 2012; Wang et al,5 2016; Jain et al,6 2015; Jain et al,7 2015; Colvin et al,8 2012; Wylie et al,9 2012; Flight et al,13 2014; Goffard et al,14 2014; Wat et al,15 2008; Graf et al,24 2016; Thorburn et al,25 2015 |
| Coronaviruses | HKU1, OC43, 229E, and/or NL63 | Lysholm et al,4 2012; Wang et al,5 2016; Jain et al,6 2015; Jain et al,7 2015; Colvin et al,8 2012; Wylie et al,9 2012; Goffard et al,14 2014; Wat et al,15 2008; Graf et al,24 2016; Thorburn et al,25 2015 |
| Adenoviruses | Adenovirus C or untyped | Lysholm et al,4 2012; Wang et al,5 2016; Jain et al,6 2015; Jain et al,7 2015; Colvin et al,8 2012; Wylie et al,9 2012; Flight et al,13 2014; Graf et al,24 2016; Thorburn et al,25 2015 |
| Parvoviruses | Bocavirus or unclassified | Lysholm et al,4 2012; Wang et al,5 2016; Colvin et al,8 2012; Wylie et al,9 2012; Willner et al,16 2009; Young et al,17 2015; Graf et al,24 2016; Zoll et al,26 2015 |
| Herpesviruses | Cytomegalovirus, Epstein-Barr virus, Roseolovirus, and/or Kaposi sarcomavirus | Wang et al,5 2016; Wylie et al,9 2012; Willner et al,16 2009; Young et al,17 2015; Graf et al,24 2016 |
| Anelloviruses | Torque teno virus, torque teno midi virus, and/or torque teno mini virus or untyped | Lysholm et al,4 2012; Wang et al,5 2016; Wylie et al,9 2012 |
| Papillomaviruses | Various | Wang et al,5 2016; Willner et al,16 2009; Young et al,17 2015 |
| Polyomaviruses | KI and/or WU | Lysholm et al,4 2012; Colvin et al,8 2012; Wylie et al,9 2012 |