Table 3.

Amino acid exchanges in the main protease (aa ORF1a 2804–2943) and the RNA-dependent RNA polymerase (aa ORF1b 548–780) domains among 21 IBV strains

Strains	Exchange of aa in the Mpro at positiona																								Exchange of aa in the RdRp at positiona
	2814	2815	2829	2831	2835	2840	2845	2847	2848	2849	2851	2855	2860	2874	2881	2894	2898	2900	2906	2925	2928	2929	2935	2937	569	572	592	596	606	608	611	674	678	681	698	708	744	752	754	756	765
Beau	T	I	Q	N	N	H	T	Q	H	G	T	V	K	E	I	A	T	V	T	V	N	I	N	F	E	I	A	V	S	S	I	I	N	S	P	L	V	F	A	S	E
M41b	S	.	.	G	.	.	V	.	N	.	.	.	.	.	V	S	.	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	V		D	.	.	.	.	.	.	.	.
Ma5	.	.	.	.	.	Y	V	.	N	N	.	.	.	.	V	S	.	.	I	P	.	.	.	Y	.	.	.	.	T	P	.	.	D	D	S	.	I	Y	.	P	.
H52	.	.	.	.	.	.	V	.	N	N	.	.	.	.	V	S	.	.	.	P	.	.	.	Y	.	.	.	.	T	P	.	.	D	D	S	.	I	Y	S	.	.
K0751	.	.	.	S	.	Y	V	.	N	.	.	.	R	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
CU705	.	.	.	.	.	.	V	.	N	N	.	.	.	.	V	S	.	.	I	P	.	.	.	Y	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
Conn	.	.	.	S	.	.	A	.	N	.	.	.	R	D	V	S	.	.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
CU510	.	.	.	.	.	.	V	.	N	N	.	.	.	.	V	S	.	.	.	P	.	V	.	Y	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
Florida	.	.	.	S	.	.	A	.	N	.	.	.	R	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
CUT2	.	.	H	S	.	.	V	.	N	.	.	.	R	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
Ark99	.	.	.	S	.	.	A	.	N	.	I	.	R	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
ArkDPI	.	.	.	S	.	.	A	.	N	.	.	.	R	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	A	.
DE072	.	.	.	.	Y	.	V	.	N	N	.	.	.	.	V	S	.	.	.	P	.	.	.	Y	.	.	.	.	T	P	.	.	D	D	S	.	I	Y	.	.	G
CU805	.	.	.	.	.	.	V	.	N	N	.	.	.	.	V	S	.	.	.	P	.	.	.	Y	.	.	.	I	T	.	.	V	D	.	.	.	.	.	S	.	.
CU570	.	.	.	S	.	.	A	.	N	.	.	.	R	D	V	S	S	.	.	.	.	.	S	.	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
GA98	.	.	.	S	.	.	A	.	N	.	.	.	R	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	A	.
Cal99	.	.	.	.	.	.	V	.	N	N	.	.	R	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	V	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
CU994	.	.	.	S	.	.	A	.	N	.	.		R	D	V	S	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	V	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
K1699	.	V	.	S	.	.	A	.	N	.	.	I	R	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	.	.
Gray	.	.	.	S	.	.	A	.	N	.	.	.	R	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	D	.	.	.	.	.	S	A	.
BJ	S	.	.	D	.	.	V	G	N	.	.	.	R	.	M	S	.	I	.	.	.	.	.	.	.	M	.	.	T	.	.	.	D	.	.	M	I	Y	.	.	.

^aAmino acid residues identical to that of Beaudette virus are indicated as dots (.).

^bBecause of the overall sequence identity of the vaccine and challenge strains of M41, for brevity, only the vaccine strain is included in this table.