Table 1.
Amino acid substitutions of the deduced partial (from amino acid position 45 to 157) VP1 protein sequences from EV-D68 strains of the present study (in bold) relative to the homologous sequence of Fermon strain. Amino acids common to the Fermon strain are indicated with a dot in the alignment. Particular amino acid deletion (–) of sequences from strains belonging to major group 3 is shown by grey. The BC- and DE-loop regions in VP1 are boxed. Sequences of recent Dutch and USA strains are marked as NL 2014 and USA 2014, respectively.
| Amino acid residues |
||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Strain | Phylogenetic group | 46 | 61 | 67 | 76 | 84 | 90 | 92 | 94 | 95 | 97 | 98 | 99 | 103 | 110 | 131 | 138 | 140 | 141 | 142 | 143 | 144 | 145 | 148 | 152 | 153 |
| AY426531 | Strain fermon | T | I | S | G | K | N | A | S | S | G | T | H | F | K | I | A | N | G | N | N | D | S | M | D | L |
| JQ586226 | Major Group 1 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | T | N | · |
| JF896304 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | · | N | · | |
| JQ586221 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | · | N | · | |
| AB902837 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | · | D | · | R | · | · | · | D | S | S | N | N | · | N | · | |
| KM975338 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | A | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | V | · | · | |
| JQ411807 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | A | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | V | · | · | |
| KC763162 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | A | D | · | R | · | · | · | D | S | S | N | N | V | · | · | |
| KM975343 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | ? | A | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | V | · | · | |
| KM851228 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | A | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | V | · | · | |
| KM851225 | · | · | · | S | R | D | T | · | T | R | A | D | · | R | · | · | · | · | S | G | N | N | V | · | · | |
| KM975334 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | A | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | V | · | · | |
| KM851230 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | V | · | · | |
| KF254922 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | G | S | N | N | V | · | · | |
| KF254913 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | V | · | · | |
| KM975342 | · | · | · | S | R | D | T | F | A | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | V | · | · | |
| KC763167 | · | · | · | S | R | D | T | · | A | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | N | N | V | · | · | |
| AY426492 | Major Group 2 | · | · | · | S | R | · | T | · | E | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | S | N | · | · | · |
| JX101786 | · | · | · | S | R | · | T | · | E | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | S | N | · | · | · | |
| AB667893 | · | · | · | S | R | · | T | · | E | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | S | N | · | · | · | |
| AB667885 | · | · | · | S | R | · | T | · | E | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | S | N | · | · | · | |
| JF830033 | · | · | · | S | R | · | T | · | E | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | S | N | · | · | · | |
| KC763173 | · | · | · | S | R | · | T | · | E | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | S | N | · | · | · | |
| JF830041 | · | · | · | S | R | · | T | · | E | Q | · | D | · | R | · | · | · | · | S | S | S | N | · | · | · | |
| AB667898 | Major Group 3 | S | · | · | S | R | · | · | · | E | R | · | D | · | · | V | · | – | S | S | S | N | · | T | · | · |
| JX101792 | S | · | · | S | R | · | · | · | E | R | · | D | · | · | V | · | – | S | S | S | N | · | T | · | · | |
| JF896293 | S | · | · | S | R | · | · | · | E | Q | · | D | · | · | V | · | – | S | S | S | N | · | T | · | · | |
| AB920412 | S | · | · | S | R | · | · | · | E | Q | · | D | · | · | V | · | – | S | S | S | N | · | T | · | · | |
| KM975341 (NL2012) | S | · | · | S | R | · | · | · | E | Q | · | D | · | · | V | · | – | S | S | S | N | · | T | · | S | |
| KF254915 | S | · | · | S | R | · | · | · | E | Q | · | D | · | · | V | · | – | S | S | S | N | · | T | · | · | |
| VH110078432 | S | · | · | S | R | · | T | · | E | Q | · | D | · | · | V | · | – | S | S | S | N | · | T | · | · | |
| KM975348 (NL 2014) | S | · | · | S | R | · | T | · | E | Q | · | D | · | · | V | · | – | S | S | S | N | · | T | · | · | |
| KJ556326 | S | · | · | S | R | · | T | · | E | R | · | D | · | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| JN169109 | S | · | · | S | R | · | T | · | E | R | · | D | · | · | · | T | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| KJ556321 | S | · | · | S | R | · | T | · | E | R | · | D | · | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| KF254914 | S | · | · | S | R | · | T | · | E | R | · | D | Y | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| KM851231 (USA 2014) | S | · | · | S | R | · | T | · | E | R | · | D | Y | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| VH100096404 | S | · | · | S | R | · | T | · | E | R | · | D | Y | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| KM975344 (NL 2013) | S | · | · | S | R | · | T | · | E | R | · | D | Y | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| KM975337 (NL 2012) | S | · | · | S | R | · | T | · | E | R | · | D | Y | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| JQ411805 | S | V | · | S | R | · | T | · | E | R | · | D | Y | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| KM975349 (NL 2014) | S | · | · | S | R | · | T | · | E | R | I | D | Y | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| VH110070195 | S | · | · | S | R | · | T | · | E | R | I | D | Y | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| VH110073590 | S | · | A | S | R | · | T | · | E | R | I | D | Y | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| VH110075023 | S | · | A | S | R | · | T | · | E | R | I | D | Y | · | · | · | – | · | S | · | N | · | · | · | · | |
| BC-LOOP | DE-LOOP | |||||||||||||||||||||||||