Table 1.
Rate of respiratory viral infections in children with ARTIs in Northern Italy (October 2012–September 2015).
| TS | NPA | BAS | BAL | NS | SP | Total | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| No. of samples examined | 2172 | 703 | 10 | 3 | 3 | 1 | 2892 |
| Single infections (%) | 764 (67.73) | 359 (31.82) | 2 (0.18) | 2 (0.18) | 0 (0) | 1 (0.09) | 1128 (39) |
| HRSV | 130 (11.52) | 209 (18.53) | 0 (0) | 1 (0.09) | 0 (0) | 0 (0) | 340 (30.14) |
| HADV | 240 (21.28) | 22 (1.95) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 262 (23.23) |
| HCOV | 104 (9.22) | 33 (2.92) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.09) | 138 (12.23) |
| HBOV | 62 (5.50) | 27 (2.40) | 1 (0.09) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 90 (7.98) |
| IAV | 67 (5.94) | 18 (1.60) | 0 (0) | 1 (0.09) | 0 (0) | 0 (0) | 86 (7.62) |
| HPIV | 56 (4.96) | 26 (2.30) | 1 (0.09) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 83 (7.36) |
| HMPV | 35 (3.10) | 16 (1.42) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 51 (4.52) |
| IBV | 47 (4.17) | 3 (0.26) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 50 (4.43) |
| CV | 11 a (0.97) | 3 b (0.26) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 14 (1.24) |
| ECHO | 5 c (0.44) | 2 d (0.18) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 7 (0.62) |
| Not typeable HEV | 7 (0.62) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 7 (0.62) |
| Mixed infections (%) | 200 (71.43) | 79 (28.21) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.36) | 0 (0) | 280 (9.68) |
| HADV + HRSV | 22 (7.85) | 15 (5.35) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 37 (13.21) |
| HADV + HCOV | 34 (12.14) | 2 (0.71) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 36 (12.85) |
| HRSV + HCOV | 13 (4.64) | 22 (7.85) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 35 (12.5) |
| HADV + HBOV | 20 (7.14) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 20 (7.14) |
| HRSV + HBOV | 11 (3.93) | 5 (1.78) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 16 (5.71) |
| HRSV + IAV | 6 (2.14) | 3 (1.07) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.36) | 0 (0) | 10 (3.57) |
| HCOV + IAV | 7 (2.5) | 3 (1.07) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 10 (3.57) |
| HADV + HPIV | 8 (2.85) | 1 (0.36) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 9 (3.21) |
| HADV + HMPV | 6 (2.14) | 2 (0.71) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 8 (2.85) |
| HCOV + HMPV | 5 (1.78) | 3 (1.07) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 8 (2.85) |
| HBOV + HCOV | 6 (2.14) | 1 (0.36) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 7 (2.5) |
| HBOV + IAV | 6 (2.14) | 1 (0.36) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 7 (2.5) |
| HRSV + IBV | 7 (2.5) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 7 (2.5) |
| HADV + IAV | 4 (1.43) | 1 (0.36) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (1.78) |
| HBOV + HPIV | 3 (1.07) | 2 (0.71) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (1.78) |
| HRSV + HPIV | 4 (1.43) | 1 (0.36) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (1.78) |
| HCOV + IBV | 2 (0.71) | 2 (0.71) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 4 (1.43) |
| HADV + HCOV + HBOV | 4 (1.43) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 4 (1.43) |
| HADV + HCOV + HRSV | 1 (0.36) | 3 (1.07) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 4 (1.43) |
| HADV + IBV | 1 (0.36) | 2 (0.71) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.07) |
| HBOV + HMPV | 1 (0.36) | 2 (0.71) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.07) |
| HCOV + HPIV | 2 (0.71) | 1 (0.36) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.07) |
| Less frequent mixed infections § | 27 (9.64) | 7 (2.5) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 34 (12.14) |
ARTI = acute respiratory tract infection; BAL = bronchial alveolar lavage; BAS = bronchial aspirate; CV = coxsackievirus; ECHO = echovirus; HADV = human adenovirus; HBOV = human bocavirus; HCOV = human coronavirus; HEV = human enterovirus; HMPV = human metapneumovirus; HPIV = human parainfluenza virus; HRSV = human respiratory syncytial virus; IAV = influenza virus A; IBV = influenza virus B; NPA = nasopharyngeal aspirate; NS = nasal swab; SP = sputum; TS = throat swab.
The results of HEV typing are listed below: a 1 CV A16, 1 CV B1, 4 CV B4, 5 CV B5; b 3 CV B5; c 2 ECHO 6, 1 ECHO 11, 1 ECHO 21, 1 ECHO 24; d 1 ECHO 23, 1 ECHO 27.
The less frequent mixed infections are detailed in Supplementary Table 1.