Table 4.

Abundance of bacterial 16S rDNA sequences (n = 208,941) identified from the cecum microbiota of Cobb 500 broiler chicken.

Phylum	Class	Abundance of Sequence (No. of Sequence [%]) at Day:
		Day 5	Day 15	Day 25	Day 35
Acidobacteria	Acidobacteriia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	Blastocatellia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Actinobacteria	Acidimicrobiia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	Actinobacteria	0 (0)	0 (0)	6 (0.014)	411 (0.818)
	Coriobacteriia	224 (0.0404)	860 (1.448)	238 (0.543)	948 (1.89)
	Rubrobacteria	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	Thermoleophilia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Armatimonadetesa	Fimbriimonadia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Bacteroidetes	Bacteroidia	107 (0.193)	33 (0.056)	1 (0.0023)	71 (0.141)
	Chitinophagia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	Cytophagia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	Flavobacteriia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	Sphingobacteriia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Chlamydiae	Chlamydiia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Chloroflexi	Chloroflexia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	Thermomicrobia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Deinococcus-Thermus	Deinococci	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Firmicutes	Bacilli	8839 (15.93)	3351 (5.64)	1302 (2.97)	282 (0.561)
Firmicutes	Clostridia	44,734 (80.61)	54,746 (92.19)	40,049 (91.36)	47,313 (94.19)
	Erysipelotrichia	1575 (2.838)	280 (0.472)	2233 (5.09)	1170 (2.33)
	Negativicutes	0 (0)	0 (0)	0 (0)	14 (0.028)
	Tissierellia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	Fusobacteriia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Gemmatimonadetes	Gemmatimonadetes	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Planctomycete	Planctomycetia	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Proteobacteria	Alphaproteobacteria	1 (0.0018)	0 (0)	1 (0.0023)	3 (0.0060)
	Betaproteobacteria	0 (0)	0 (0)	0 (0)	1 (0.0020)
	Deltaproteobacteria	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	Gammaproteobacteria	12 (0.032)	0 (0)	7 (0.016)	16 (0.032)
Verrucomicrobi	Verrucomicrobiae	0 (0)	113 (0.191)	0 (0)	0 (0)
Unclassified	Unclassified	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Total		55,492	59,383	43,837	50,229