Table 10.
Abundance of bacterial 16S rDNA sequences (n = 266,937) isolated from the cecum microbiota of Omani chicken.
| Phylum | Class | Abundance of Sequence (No. of Sequence [%]) at Day: | |||
|---|---|---|---|---|---|
| Day 5 | Day 15 | Day 25 | Day 35 | ||
| Acidobacteria | Acidobacteriia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Blastocatellia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | |
| Actinobacteria | Acidimicrobiia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Actinobacteria | 13 (0.017) | 73 (0.125) | 1718 (2.75) | 142 (0.203) | |
| Coriobacteriia | 59 (0.077) | 55 (0.094) | 151 (0.242) | 270 (0.386) | |
| Rubrobacteria | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | |
| Thermoleophilia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | |
| Armatimonadetes | Fimbriimonadia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Bacteroidetes | Bacteroidia | 0 (0) | 916 (1.57) | 3573 (5.72) | 8685 (12.42) |
| Chitinophagia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.001) | |
| Cytophagia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | |
| Flavobacteriia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.001) | |
| Sphingobacteriia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | |
| Chlamydiae | Chlamydiia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Chloroflexi | Anaerolineae | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Ktedonobacteria | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | |
| Thermomicrobia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | |
| Deinococcus-Thermus | Deinococci | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Firmicutes | Bacilli | 11,773 (15.45) | 306 (0.525) | 410 (0.656) | 518 (0.741) |
| Clostridia | 60,256 (79.08) | 54,535 (93.48) | 53,433 (85.55) | 48,355 (69.14) | |
| Erysipelotrichia | 1534 (2.01) | 1753 (3.00) | 1508 (2.42) | 780 (1.11) | |
| Negativicutes | 0 (0) | 1 (0.002) | 9 (0.014) | 7102 (10.15) | |
| Tissierellia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | |
| Fusobacteria | Fusobacteriia | 0 (0) | 6 | 0 (0) | 0 (0) |
| Gemmatimonadetes | Gemmatimonadetes | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Planctomycetes | Planctomycetia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Proteobacteria | Alphaproteobacteria | 0 (0) | 1 (0.002) | 4 (0.006) | 25 (0.036) |
| Betaproteobacteria | 1 (0.001) | 3 (0.005) | 4 (0.006) | 159 (0.227) | |
| Deltaproteobacteria | 0 (0) | 1 (0.002) | 0 (0) | 107 (0.153) | |
| Epsilonproteobacteria | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | |
| Gammaproteobacteria | 2564 (3.36) | 687 (1.18) | 1649 (2.64) | 2630 (3.76) | |
| Spirochaetes | Spirochaetia | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Tenericutes | Mollicutes | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Verrucomicrobia | Opitutae | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Verrucomicrobiae | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1166 (1.67) | |
| Unclassified | Unclassified | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Total | 76,200 | 58,337 | 62,459 | 69,941 | |