Table 1.
Oligonucleotides used in this study
| Name | Sequence of oligonucleotide |
|---|---|
| CG (parent) | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAACGGAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| mCG | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAmCGGAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| CAC | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAACACAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| mCAC | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAmCACAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GGTGT | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGGTGTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GT1 | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GT2 | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTGTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GT3 | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTGTGTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GT4 | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTGTGTGTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GT5 | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTGTGTGTGTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| ATGT | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAATGTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| CTGT | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAACTGTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| TTGT | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAATTGTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GTAT | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTATAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GTCT | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTCTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GTTT | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTTTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GTGA | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTGAAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GTGC | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTGCAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GTGG | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTGGAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GGUGU | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGGUGUAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GGUGT | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGGUGTAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GGTGU | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGGTGUAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GT2-inv bot | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAACACAATTCTTCTAATAAAAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| GT2-A/T mut | 5′-AAGCATGCAATGCCCTGGAAGTGTAACGCTTCTCGTACGAGATGTATCATTTTAAATGC-3′ |
| CG: pull-down template | 5′-ACGTATATACGATTTACGTTATACGATTACGATATACGATTTACGTTAATACGTTTACGATTATTACGAATTTACGTTTTTACGAATATACGAAATACGTTTAATACGTAATTACGTATATTACGTATATACGATTTACGAATTACG-3′ |
| CAC: pull-down template | 5′-GCACATATGCACTTTGCACTATGCACTTGCACTATGCACTTTGCACTAATGCACTTGCACTTATTGCACATTTGCACTTTTGCACATATGCACAATGCACTTAATGCACAATTGCACATATTGCACATATGCACTTTGCACATTGCA-3′ |
| GTGT: pull-down template | 5′-GCACATATGCACTTTGCACTATGCACTTGTGTTATGTGTTTTGTGTTAATGTGTTTGTGTTTATTGTGTATTTGTGTTTTTGTGTATATGTGTAATGTGTTTAATGTGTAATTGTGTATATTGCACATATGCACTTTGCACATTGCA-3′ |
| GGTGT: pull-down template | 5′-GCACATATGCACTTTGCACTATGCACTGGTGTTAGGTGTTTGGTGTTAAGGTGTTGGTGTTTATGGTGTATTGGTGTTTTGGTGTATAGGTGTAAGGTGTTTAAGGTGTAATGGTGTATATTGCACATATGCACTTTGCACATTGCA-3′ |
m = methylated. All molecules were annealed to the appropriate methylated or non-methylated reverse oligonucleotide.