Table 2.
Free binding energies (kcal/mol) and the amino acid interaction of the identified compounds from S. tetrasperma stem bark and flower extracts in the active sites of Lasl/LasR system, rhll/rhlR system, and PQS/MvfR system using virtual screening program.
| Compound Name | 2UV0 Protein | 2B4Q Protein | 4JVD Protein | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Free Binding Energy | Amino Acid Interactions | Free Binding Energy | Amino Acid Interactions | Free Binding Energy | Amino Acid Interactions | |
| Caffeoylmalic acid | −41.66 | ASP E:73, ARG E:61, LEU E:110, TRP E:88, ALA E:105 | −74.39 | ARG A:41, ARG A:19, ASP A:42, ASN A:92, SER A:18, GLY A:16 | −30.09 | TYR:258, LEU: 197, SER:196 |
| Rutin | FD | -- | −1.51 | ARG A:194, ARG A:19, ASP A:42, ASN A: 92, SER A:197, MET A:199, TYR A:162, PHE A:195, GLY A:94, GLY A:20; THR A A:95 | Unfavorable binding | -- |
| Quercetin-3-O-glucoside | Unfavorable binding | -- | −4.86 | GLY A:94, ASN A:92 ARG A:198, GLY A:16, ALA A:93, SER A:197 |
−7.04 | ARG A: 209 |
| Kaempferol-3-O-galactoside | Unfavorable binding | -- | −1.82 | GLY A:94, ASN A:92, ARG A:19, MET A:199, ALA A:93, SER A:18 | −4.19 | ARG A: 209, ASP A: 264, GLN A: 194, PRO A: 210 |
| Kaempferide-3-O-glucoside | Unfavorable binding | -- | Unfavorable binding | -- | −3.46 | TYR A: 258, LEU A: 197, LEU A: 208, GLN A: 194 SER A: 196, ARG A: 209 |
| Isorhamnetin-3-O-rhamnoside | Unfavorable binding | -- | Unfavorable binding | -- | −3.41 | TYR A: 258, ASP A: 264, GLU A: 259, ASN A: 206, THR A: 265 |
| (epi)Catechin-(epi)catechin | FD | -- | FD | -- | −36.51 | ARG A: 209, LEU A: 208, ASP A: 264, THR A: 265, ASN A: 206, LEU A: 207 |
| Epicatechin | −39.23 | ASP E:73, SER E:129, THR E:75, LEU E:125 | −37.91 | ARG A:19, GLY A:16, GLY A:22, GLY A:147, ASN A:92, ILE A:21, LYS A:166 | −26.83 | ILE A: 236, ASP A: 264, LEU A: 207 |
| Catechin | −36.66 | ARG E:61, SER E: 129, THR E:75, LEU E:125 | −35.51 | ARG A:19, GLY A:94, ASN A:92, GLY A:147, GLY A:193, SER A:148 | −26.13 | TYR A: 258, LEU A: 208 LEU A: 207 |
| Tremulacin | FD | -- | −12.67 | ARG A:19, ASN A:92, MET A:199, PHE A:195, SER A:197, GLY A:20, TYR A:162 | −6.83 | TYR A: 258, LEU A: 207, LEU A: 208, SER A: 196, LEU A: 207 |
| Salicortin | Unfavorable binding | -- | −6.31 | ARG A:19, ARG A:41, ASN A:92, MET A:199, TYR A:162, GLY A:147, GLY A:16, GLY A:94 | Unfavorable binding | -- |
| Trichocarposide | Unfavorable binding | -- | −15.87 | ARG A:19, ARG A:41, ASN A:92, MET A:199, TYR A:162, GLY A:147, SER A:197 | −12.63 | ILE A:186, LEU A: 207 |
| p-Hydroxy benzoyl galloyl glucose | Unfavorable binding | -- | −33.82 | ARG A:19, GLY A:16, GLY A:22, SER A:197, ILE A:21, TYR A:162, GLY A:94, PHE A:195, ASN A:92 | −33.62 | ILE A: 186, TYR A: 258, ASN A: 206, LEU A: 208, SER A: 196, LEU A: 207 |
| p-Hydroxy benzoyl protocatechuic acid glucose | Unfavorable binding | -- | −30.41 | ARG A:19, GLY A:16, GLY A:22, GLY A:147, ILE A:21, LYS A:164, GLY A:94, | −28.96 | ILE A: 186, TYR A: 258, GLN A: 151, LEU A: 207 |
FD, fail to dock.