TABLE 1.

Distribution of core and accessory genes according to the tested set of Salmonella strains.

Group	Core genes (99–100%)	%	Soft core genes (95–99%)	%	Shell genes (15–95%)	%	Cloud genes (<15%)	%	Whole genome (100%)	%
All Salmonella (n = 102)	2030	10,8	969	5,1	1924	10,2	13924	73,9	18847	100
All S. Infantis (n = 76)	2316	18,0	1268	9,8	1132	8,8	8175	63,4	12891	100
S. Infantis Hungary (n = 9)	4123	78,8	0	0	711	13,6	395	7,6	5229	100
Hungary + Swiss (n = 19)	4053	75,0	0	0	670	12,4	684	12,7	5407	100
Hungary + United States (n = 19)	3968	65,2	0	0	898	14,8	1220	20,0	6086	100
Hungary + Japan (n = 19)	3863	65,5	0	0	1014	17,2	1020	17,3	5897	100
Hungary + Italy (n = 19)	4102	72,3	0	0	648	11,4	920	16,2	5670	100
Swiss + Italy (n = 20)	4139	77,6	82	1,538	438	8,2	672	12,6	5331	100
Swiss + Japan (n = 20)	3869	69,1	223	3,984	715	12,8	790	14,1	5597	100
Swiss + United States (n = 20)	3975	68,8	127	2,198	681	11,8	996	17,2	5779	100
Italy + Japan (n = 20)	3887	66,7	228	3,911	727	12,5	988	16,9	5830	100
Italy + United States (n = 20)	4004	67,2	115	1,93	668	11,2	1171	19,7	5958	100
Japan + United States (n = 20)	3814	61,7	238	3,849	912	14,8	1219	19,7	6183	100