Tableau 2.

Recommandations pour l’identification bactérienne par séquençage de l’ARNr 16S [35].

Catégorie	Recommandations
Souche à séquencer	En cas de difficulté d’identification phénotypique ou de difficulté identifiée et connue pour l’analyse par le gène ARNr 16S, il est nécessaire de séquencer en parallèle un autre gène commun (par exemple, le gène rpoB).
Séquençage de l’ARNr 16S	Séquencer au minimum 500–525 pb
	Pour obtenir moins de 1 % d’ambiguïté, séquencer 1300–1500 pb
Critères d’identification d’espèce	Au moins > 99 % d’identité de séquence (idéalement > 99,5 %) par rapport à la souche référence dont les caractères ont été définis par les études d’hybridation ADN/ADN
	En cas de différence < 0,5 % par rapport à l’espèce la plus proche, il est nécessaire d’évaluer les autres propriétés de la souche, notamment au niveau phénotypique pour permettre l’identification définitive.