Tableau 3.

Exemple du séquençage de J. Craig Venter, 62 ans, américain d’origine britannique en bonne santé : quelques données [42].

Échantillon	Sang total Arbre généalogique présenté sur trois générations
Technique de séquençage	Méthode de Sanger (séquençage de novo) – lecture de 800 pb en moyenne
	Méthode shotgun tout-génome
	Lecture de 32 millions de séquences (7,5 fois le génome humain)
	Résultat par alignement de séquences multiples
Caryotype	Normal
Méthode de confirmation des SNP	Puces d’ADN Affymétrix Billes de génotypage Illumina
Méthode pour évaluer les variants du nombre de copies de gène, copy number variants (CNV)	Puces d’hybridation génomique comparative appelées aussi comparative genomic hybridization (CGH)
Nombre de gènes potentiels	20 000–25 000 11 250 gènes de fonction connue (58 % des gènes)
Proportion de l’ADN codant pour un gène dans le génome	2 %
Nombre de variants (polymorphismes SNP, microdélétions, microinsertions, insertions/délétions [indéls], inversions, duplications…) – étude d’haplotypes	4 195 960 (dont 78 % SNP) dont 1 288 319 variants nouveaux, soit 12,3 Mb (référence utilisée : base de données du National Center for Biotechnology Information (NCBI) dont 62 % répertoriés dans la base de données de SNP, dbSNP)
Relation génotype/phénotype – Interprétation difficile (exemples) 44 % des gènes comprennent au moins un variant à l’état hétérozygote	Antécédents familiaux de maladie cardiovasculaire
	Hétérozygote dans le gène Klotho (KL, Omim 604824) pour deux variants (F352V et C370S) associé à une diminution du risque cardiovasculaire
	Homozygote 5A/5A dans le promoteur du gène matrix metalloproteinase 3 (MMP3, Omim 185250) associé à une augmentation du risque d’infarctus du myocarde.
	Nombreux variants aux conséquences inconnues ou paradoxales (rôle des gènes modificateurs, de leurs produits et de l’environnement).
	Par exemple  Délétion hétérozytoge de 4 pb du gène ACOX2 (Acyl-CoA oxidase 2, Omim 609751) créant une protéine anormale tronquée. Cette enzyme est impliquée dans le métabolisme lipidique.
	Génotype pour le gène lactase (LCT, Omim 603202) compatible avec une intolérance au lactose, non rapportée par le sujet.
Difficultés principales	Séquençage des zones répétées
	Alignement des séquences
	Confirmation des séquences variantes (notamment délétions, insertions, indéls)
	Incertitudes sur certains variants : nécessité de couvrir plus de sept fois le génome humain pour atteindre un taux d’exactitude du séquençage proche de 100 % (au moins, 20 fois idéalement)