Tableau 5.

Défis du séquençage et exemples de paramètres modulant les performances des séquenceurs.

Réduire les coûts

Parallélisation massive (105 à 108 réactions en parallèle)

Miniaturisation

Optimiser le débit de séquençage

Degré de parallélisation

Vitesse de détection du signal

Intérêt des nanopores (débit de 100–1000 bases/seconde versus 0,17 base/seconde pour l’électrophorèse capillaire)

Temps d’utilisation de la machine (absence de travail continu)

Degré d’automatisation

Temps entre les migrations appelés aussi « runs » (réaction et/ou migration et/ou analyse des échantillons)

Temps de travail de l’opérateur

Réanalyse des échecs de séquençage

Réduire le taux d’erreurs

Contrôle de qualité intra-analyse

Reséquencer une/plusieurs fois un même échantillon (lectures multiples d’un même échantillon)

Séquençage complet (sans zones non analysées)

Difficulté d’analyse de certaines séquences, par exemple, les séquences répétées mononucléotidiques (cf. poly [A]), les séquences en épingle à cheveu (hairpin)

Longueur de la séquence analysée (Sanger : jusqu’à 800 pb versus pyrosequencing et autres systèmes, 25–100 pb).

La totalité du génome est plus difficile à obtenir avec de courtes séquences.

Les courtes séquences (25–100 pb) sont un moyen puissant de reséquencer un génome alors que le séquençage de novo nécessite le plus souvent d’obtenir des longueurs supérieures à 100 pb