Table 6.
Distribution of phyla in hypervariable regions for each sample and Firmicutes: Bacteroidetes ratio.
| Phylum | V2 | V3 | V4 | V67 | V8 | V9 | V2 | V3 | V4 | V67 | V8 | V9 | V2 | V3 | V4 | V67 | V8 | V9 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| turtle 25338 cecum | turtle 25338 largeintestine | turtle 25338 rectum | ||||||||||||||||
| Actinobacteria | NA | 38 | NA | 1344 | 23 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 52 | NA | NA |
| Bacteroidetes | 7612 | 25 413 | 20 731 | 93 625 | 24 | NA | 9963 | 54 642 | 15 979 | 139 539 | NA | NA | 3908 | 26 831 | 4774 | 60 153 | NA | NA |
| Cyanobacteria | NA | 29 | NA | NA | NA | NA | NA | 49 | NA | 26 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| Firmicutes | 5064 | 41 280 | 18 475 | 90 851 | 5013 | NA | 8854 | 121 150 | 24 831 | 133 826 | 1785 | NA | 10 795 | 179 419 | 25 657 | 183 095 | NA | NA |
| Lentisphaerae | NA | 745 | 1801 | 1181 | 24 | NA | NA | 11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| Proteobacteria | 337 | 922 | 1586 | 23 | 777 | 999 | 165 | 2400 | 869 | 939 | 544 | 1810 | 412 | 7950 | 1680 | 4008 | 1279 | 3871 |
| Spirochaetes | NA | NA | 10 | 142 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| Tenericutes | 139 | 2324 | NA | 34 | NA | NA | 40 | 739 | NA | 206 | NA | NA | NA | 440 | NA | 59 | NA | NA |
| Verrucomicrobia | NA | 658 | NA | 431 | 29 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| “Unclassified bacteria” | NA | NA | NA | NA | 695 | NA | NA | NA | NA | NA | 73 | NA | NA | NA | NA | NA | 48 | NA |
| Firmicutes:Bacteroidetes | 0.67 | 1.62 | 0.89 | 0.97 | 208.88 | NA | 0.89 | 2.22 | 1.55 | 0.96 | NA | NA | 2.76 | 6.69 | 5.37 | 3.04 | NA | NA |
| turtle 25405 cecum | turtle 25405 large intestine | turtle 25405 rectum | ||||||||||||||||
| Actinobacteria | NA | NA | NA | 59 | NA | NA | NA | NA | NA | 40 | NA | NA | NA | 57 | 11 | 3853 | 98 | NA |
| Bacteroidetes | 6914 | 38 923 | 8052 | 85 659 | NA | NA | 5290 | 39 532 | 6654 | 83 543 | NA | NA | 5131 | 116 454 | 29 049 | 160 049 | 41 | NA |
| Cyanobacteria | NA | 216 | NA | 77 | NA | NA | NA | 132 | NA | 85 | NA | NA | NA | 89 | NA | 23 | NA | NA |
| Firmicutes | 16 880 | 205 376 | 37 341 | 155 379 | 2160 | NA | 11 312 | 197 675 | 29 999 | 151 592 | 2286 | NA | 2069 | 115 068 | 14 677 | 111 537 | 6697 | NA |
| Lentisphaerae | NA | 81 | 21 | 66 | NA | NA | NA | 84 | NA | 59 | NA | NA | NA | 3040 | 1768 | 1423 | 30 | NA |
| Proteobacteria | 222 | 339 | 936 | 1999 | 539 | NA | 137 | 3033 | 644 | 1463 | 483 | 1734 | 417 | 10 | 2768 | 456 | 1184 | 4140 |
| Spirochaetes | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | N | NA | NA | NA | NA | NA | 276 | 11 | NA |
| Tenericutes | 51 | 1191 | NA | 86 | NA | NA | NA | 1178 | NA | 143 | NA | NA | 37 | 2912 | NA | 57 | NA | NA |
| Verrucomicrobia | NA | 54 | NA | NA | NA | NA | 49 | 56 | NA | 10 | NA | NA | NA | 2463 | NA | 1189 | 44 | NA |
| “Unclassified bacteria” | NA | NA | NA | NA | NA | 110 | NA | NA | NA | N | 127 | NA | NA | NA | NA | NA | 355 | NA |
| Firmicutes:Bacteroidetes | 2.44 | 5.28 | 4.64 | 1.81 | NA | NA | 2.14 | 5.00 | 4.51 | 1.81 | NA | NA | 0.40 | 0.99 | 0.51 | 0.70 | 163.34 | NA |
NA: not applicable.