Table 3.
Allele frequencies at 26 polymorphic loci in all samples and subsamples of ‘Gekko hokouensis’ from the Okinawa Group and five other regions of the East Asian islands. Sample numbers (hyphenated numbers 1 and 2 indicate divided subsamples) correspond to those in Fig. 1. The size of each sample or subsample is provided in parentheses.
| Okinawa Group | ||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Sample Group 1 | Sample Group 2 | Other regions | ||||||||||||||||||||
| Locus | 1‐1 (14) | 2‐1 (26) | 3 (23) | 5 (6) | 6 (20) | 7 (41) | 8 (20) | 9 (20) | 10 (20) | 11 (18) | 12‐1 (28) | 13‐1 (22) | 1‐2 (26) | 2‐2 (10) | 4 (51) | 12‐2 (12) | 13‐2 (24) | 14 (28) | 15 (20) | 16 (15) | 17 (20) | 18 (25) |
| Acoh‐1 | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.25 | |||||||||||||||||||||
| b | 0.35 | 0.25 | 0.07 | 0.54 | 0.10 | |||||||||||||||||
| c | 0.02 | 0.08 | 0.13 | 0.04 | 0.03 | 0.02 | 0.10 | 0.03 | 0.06 | 0.13 | ||||||||||||
| d | 0.02 | |||||||||||||||||||||
| e | 0.07 | 0.02 | 0.23 | 0.19 | 0.20 | 0.06 | 0.32 | 0.05 | 0.61 | 0.65 | 0.89 | 0.13 | 0.82 | 0.71 | 0.75 | 0.07 | 0.65 | |||||
| f | 0.04 | 0.02 | 0.12 | |||||||||||||||||||
| g | 0.86 | 0.98 | 0.96 | 0.84 | 0.61 | 0.73 | 0.80 | 0.92 | 0.34 | 0.52 | 0.64 | 0.86 | 0.02 | 0.01 | 0.02 | 0.29 | 0.25 | 0.80 | 0.35 | 0.88 | ||
| h | 0.08 | |||||||||||||||||||||
| i | 0.07 | 0.02 | 0.03 | 0.05 | 0.33 | 0.14 | 0.02 | 0.07 | ||||||||||||||
| j | 0.08 | |||||||||||||||||||||
| k | 0.33 | 0.28 | ||||||||||||||||||||
| Acoh‐2 | ||||||||||||||||||||||
| a | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.03 | 0.02 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | |||
| b | 1.00 | 1.00 | 0.97 | 1.00 | 0.98 | |||||||||||||||||
| Ada | ||||||||||||||||||||||
| a | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | |||||||||||||||||
| b | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | |||||
| Aat‐1 | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.20 | 0.01 | ||||||||||||||||||||
| b | 0.07 | 0.06 | 0.28 | 0.08 | 0.01 | 1.00 | 0.80 | 0.99 | 1.00 | 1.00 | 0.03 | 0.08 | ||||||||||
| c | 0.93 | 0.94 | 0.72 | 0.92 | 1.00 | 0.99 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.11 | 1.00 | 0.97 | 0.92 | 1.00 | |||||
| d | 0.89 | |||||||||||||||||||||
| Ak | ||||||||||||||||||||||
| a | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.95 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 |
| b | 0.05 | |||||||||||||||||||||
| Ck | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.15 | |||||||||||||||||||||
| b | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.85 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 |
| Est | ||||||||||||||||||||||
| a | 1.00 | 1.00 | 0.92 | 1.00 | 0.97 | 0.99 | 0.92 | 0.95 | 0.60 | 0.50 | 1.00 | 0.98 | 0.87 | |||||||||
| b | 0.08 | 0.03 | 0.01 | 0.08 | 0.05 | 0.37 | 0.50 | 0.02 | 0.10 | 0.54 | ||||||||||||
| c | 0.01 | |||||||||||||||||||||
| d | 0.03 | 0.02 | 0.96 | 0.25 | 0.03 | 0.95 | 0.46 | |||||||||||||||
| e | 0.58 | 0.30 | 0.28 | 0.36 | 0.33 | 0.04 | 0.75 | 0.05 | ||||||||||||||
| f | 0.21 | 0.40 | 0.58 | 0.64 | 0.67 | |||||||||||||||||
| g | 0.15 | 0.30 | 0.11 | |||||||||||||||||||
| h | 0.06 | |||||||||||||||||||||
| Gpi | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.03 | 0.10 | ||||||||||||||||||||
| b | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.97 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.98 | 0.95 | 0.94 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.90 | 1.00 | 1.00 |
| c | 0.02 | 0.05 | 0.06 | |||||||||||||||||||
| G3pdh | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.03 | 0.01 | ||||||||||||||||||||
| b | 1.00 | 0.98 | 1.00 | 1.00 | 0.97 | 0.96 | 1.00 | 1.00 | 0.97 | 1.00 | 1.00 | 0.98 | 1.00 | 1.00 | 0.92 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.97 | 1.00 |
| c | 0.02 | 0.03 | 0.01 | |||||||||||||||||||
| d | 0.02 | 0.07 | 0.03 | |||||||||||||||||||
| e | 0.03 | |||||||||||||||||||||
| Gda | ||||||||||||||||||||||
| a | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.92 | 0.87 | 1.00 | 1.00 | |||||
| b | 1.00 | 0.95 | 1.00 | 1.00 | 0.92 | 0.08 | 0.13 | |||||||||||||||
| c | 0.05 | 0.08 | ||||||||||||||||||||
| Hbdh | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.35 | 0.25 | 0.12 | 0.10 | 0.55 | 0.25 | 0.62 | 0.53 | 0.41 | 1.00 | 0.13 | |||||||||||
| b | 0.65 | 0.75 | 0.88 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.90 | 0.45 | 0.75 | 1.00 | 0.38 | 0.47 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.59 | 1.00 | 0.87 | 1.00 | |
| Idh‐1 | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.04 | |||||||||||||||||||||
| b | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.79 | 0.96 | |||||||||||||||||
| c | 0.21 | |||||||||||||||||||||
| d | 1.00 | 0.98 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.97 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.97 | 1.00 | |||||
| e | 0.02 | 0.03 | 0.03 | |||||||||||||||||||
| Idh‐2 | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.05 | |||||||||||||||||||||
| b | 1.00 | 0.96 | 0.87 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.90 | 0.95 | 0.97 | 0.84 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | |||||
| c | 0.02 | 0.11 | ||||||||||||||||||||
| d | 0.04 | 0.13 | 0.10 | 0.03 | 0.16 | |||||||||||||||||
| e | 0.98 | 1.00 | 0.88 | 1.00 | 1.00 | |||||||||||||||||
| f | 0.01 | |||||||||||||||||||||
| Ldh‐2 | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.13 | |||||||||||||||||||||
| b | 0.08 | |||||||||||||||||||||
| c | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.87 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.98 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.92 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.98 |
| d | 0.02 | 0.02 | ||||||||||||||||||||
| Mdh‐1 | ||||||||||||||||||||||
| a | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.99 | 1.00 | 1.00 | 0.82 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 |
| b | 0.01 | 0.18 | ||||||||||||||||||||
| Mdh‐2 | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.03 | |||||||||||||||||||||
| b | 0.05 | 0.01 | 0.02 | |||||||||||||||||||
| c | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.95 | 0.99 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.97 | 0.98 | 1.00 | 1.00 | 0.95 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 |
| d | 0.05 | |||||||||||||||||||||
| Mdhp | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.01 | |||||||||||||||||||||
| b | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.99 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.69 | 1.00 |
| c | 0.31 | |||||||||||||||||||||
| Mpi | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.20 | 0.02 | ||||||||||||||||||||
| b | 0.07 | 0.10 | 0.01 | 0.25 | ||||||||||||||||||
| c | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.78 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.98 | |||||
| d | 0.93 | 0.90 | 0.98 | 1.00 | 0.75 | |||||||||||||||||
| e | 0.02 | |||||||||||||||||||||
| f | 0.01 | |||||||||||||||||||||
| Pep‐lg | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.06 | 0.03 | ||||||||||||||||||||
| b | 0.33 | |||||||||||||||||||||
| c | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.95 | 0.99 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.94 | 1.00 | 0.54 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.67 | 0.97 |
| d | 0.05 | 0.01 | 0.45 | |||||||||||||||||||
| e | 0.01 | |||||||||||||||||||||
| Pep‐lgg | ||||||||||||||||||||||
| a | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.88 | |||||
| b | 0.08 | |||||||||||||||||||||
| c | 1.00 | 1.00 | 0.98 | 1.00 | 1.00 | |||||||||||||||||
| d | 0.02 | 0.04 | ||||||||||||||||||||
| Pep‐lp | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.02 | 0.05 | 0.02 | |||||||||||||||||||
| b | 0.02 | 0.08 | 0.01 | 0.03 | 0.03 | 0.02 | 0.93 | 1.00 | 0.28 | 0.08 | 0.27 | 0.11 | ||||||||||
| c | 1.00 | 1.00 | 0.98 | 0.92 | 1.00 | 0.99 | 1.00 | 0.60 | 0.97 | 0.94 | 0.48 | 0.81 | 0.05 | 0.60 | 0.62 | 0.39 | 0.74 | 1.00 | 0.73 | 0.87 | ||
| d | 0.40 | 0.03 | 0.52 | 0.17 | 0.04 | 0.38 | 0.61 | 0.18 | 1.00 | |||||||||||||
| e | 0.03 | |||||||||||||||||||||
| Pgm‐1 | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.02 | 0.01 | 0.35 | 0.62 | 0.61 | 0.61 | 0.79 | 0.02 | 0.03 | |||||||||||||
| b | 0.08 | 0.25 | ||||||||||||||||||||
| c | 1.00 | 0.90 | 1.00 | 0.75 | 1.00 | 0.99 | 1.00 | 0.65 | 0.38 | 0.39 | 0.39 | 0.21 | 0.02 | 0.01 | 0.98 | 1.00 | 0.97 | 0.97 | 0.96 | |||
| d | 0.98 | 1.00 | 0.99 | 0.79 | 1.00 | 0.03 | 0.04 | |||||||||||||||
| e | 0.21 | |||||||||||||||||||||
| Pgm‐2 | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.17 | 0.03 | 0.47 | 0.05 | ||||||||||||||||||
| b | 0.25 | 0.42 | 0.17 | 0.08 | 0.30 | 0.43 | 0.45 | 0.20 | 0.57 | 0.56 | 0.25 | 0.29 | 0.09 | 0.07 | 0.05 | |||||||
| c | 0.08 | 0.08 | 0.03 | 0.25 | 0.05 | 0.03 | 0.11 | 0.14 | 0.04 | 0.05 | 0.10 | 0.08 | 0.15 | 0.25 | 0.53 | 0.03 | 0.37 | 0.02 | ||||
| d | 0.03 | 0.10 | 0.47 | |||||||||||||||||||
| e | 0.02 | 0.46 | 0.59 | 0.47 | 0.01 | 0.20 | 0.31 | 0.13 | 0.19 | 0.90 | 0.90 | 0.88 | 0.71 | 0.85 | 0.32 | 0.83 | 0.08 | 0.48 | ||||
| f | 0.10 | 0.04 | 0.29 | 0.02 | ||||||||||||||||||
| g | 0.75 | 0.48 | 0.20 | 0.25 | 0.20 | 0.31 | 0.30 | 0.30 | 0.32 | 0.22 | 0.11 | 0.42 | 0.32 | 0.07 | 0.50 | 0.50 | ||||||
| h | 0.08 | |||||||||||||||||||||
| Pgdh | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.02 | 0.01 | 0.03 | |||||||||||||||||||
| b | 0.05 | |||||||||||||||||||||
| c | 0.10 | |||||||||||||||||||||
| d | 0.93 | 0.90 | 0.87 | 0.92 | 0.92 | 0.91 | 0.50 | 0.95 | 0.92 | 0.92 | 0.89 | 0.93 | 0.06 | 0.86 | 1.00 | 1.00 | 0.09 | 0.77 | 0.92 | 0.90 | ||
| e | 0.07 | 0.10 | 0.13 | 0.08 | 0.08 | 0.09 | 0.50 | 0.05 | 0.08 | 0.08 | 0.05 | 0.94 | 1.00 | 0.12 | 0.91 | 1.00 | 0.23 | |||||
| f | 0.09 | 0.02 | ||||||||||||||||||||
| g | 0.01 | |||||||||||||||||||||
| Pnp | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.08 | 0.03 | 0.05 | 0.05 | 0.02 | 0.38 | 0.03 | 0.20 | ||||||||||||||
| b | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.92 | 0.97 | 0.95 | 1.00 | 0.95 | 1.00 | 0.98 | 1.00 | 0.02 | 0.62 | 0.97 | 1.00 | 1.00 | 0.80 | ||||
| c | 0.05 | 0.13 | ||||||||||||||||||||
| d | 1.00 | 1.00 | 0.93 | 0.87 | 1.00 | |||||||||||||||||
| Sod | ||||||||||||||||||||||
| a | 0.04 | |||||||||||||||||||||
| b | 0.96 | 0.90 | 0.56 | 0.92 | 0.90 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.90 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 0.70 |
| c | 0.04 | 0.10 | 0.44 | 0.08 | 0.10 | 0.10 | 0.26 | |||||||||||||||