Table 1.
Summarized molecular characterization, antimicrobial resistance and toxins profile of Coagulase-negative Staphylococcus isolates investigated.
| Isolates | Species | Origin 1 | Antimicrobial Resistance Profile | Biocide and Metal Resistance Genes | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phenotype 2 | MIC 3 of streptomycin | Genes Detected | ||||
| 2FR | S. chromogenes | M 1 | 32 4 | str | ||
| 3RL | S. haemolyticus | M 1 | ERY, CLI | 32 | erm(C), str | |
| 4FR | S. epidermidis | M 1 | PEN, TET | 32 | blaZ, tet(K), tet(L), str | copB, qacAB, smr |
| 4RR1 | S. hominis | M 1 | BLA, FOX, ERY, TET, CIP | ‹4 | blaZ, mecA, msr(A), tet(K), tet(L), str | cadD, arsA, qacAB, smr |
| 4RR2 | S. capitis | M 1 | PEN | ‹4 | blaZ, str | cadD, arsA, qacAB, smr |
| 7FL | S. chromogenes | M 2 | ERY, CLI | ‹4 | erm(C), str | |
| 7RR | S. epidermidis | M 2 | PEN, ERY, CLI, TET | 32 | blaZ, erm(C), tet(K), tet(L), str | cadD, arsA, smr |
| 8RL | S. haemolyticus | M 2 | ERY, CLI | 32 | erm(C), str | |
| 13FLg | S. xylosus | M 3 | PEN | ‹4 | blaZ, str | cadD, copB |
| 13FLw | S. xylosus | M 3 | PEN, TET | 32 | blaZ, tet(K), tet(L), str | cadD, arsA, smr |
| 13FLw wh | S. xylosus | M 3 | ERY | ‹4 | msr(A), str | |
| 13RR | S. xylosus | M 3 | ERY, CLI, CHL | ‹4 | msr(A), fexA, str | |
| 14FL1 | S. equorum | M 3 | ‹4 | str | ||
| 17RR | S. equorum | M 4 | ‹4 | str | smr | |
| 18RLw1 | S. epidermidis | M 4 | PEN, TET | 32 | blaZ, tet(K), tet(L), str | cadD, arsA, qacAB, smr |
| 18RLw2 | S. haemolyticus | M 4 | PEN, TET | 32 | blaZ, tet(K), tet(L), str | cadD, arsA, qacAB, smr |
| 18RLg | S. haemolyticus | M 4 | ‹4 | str | cadD, copB, arsA, smr | |
| 18FL | S. auricularis | M 4 | 16 | str | copB | |
| 24RLw | S. xylosus | M 5 | ‹4 | str | cadD, smr | |
| 24RLg | S. haemolyticus | M 5 | 32 | str | ||
| 25FLw | S. hominis | M 5 | PEN | ‹4 | blaZ, str | cadD, arsA, qacAB, smr |
| 25FLg | S. xylosus | M 5 | PEN | ‹4 | blaZ, str | |
| 25FL3 | S. xylosus | M 5 | ‹4 | str | cadD | |
| 25RR | S. epidermidis | M 5 | PEN, TET | 32 | blaZ, tet(K), str | |
| 25RRg | S. sciuri | M 5 | CLI | ‹4 | sal(A), str | |
| 26RL1 | S. xylosus | M 6 | ‹4 | str | cadD | |
| 26RRw | S. xylosus | M 6 | ‹4 | str | ||
| 26RRg | S. xylosus | M 6 | ‹4 | str | ||
| 27RLg | S. xylosus | M 6 | ‹4 | str | ||
| 28FRg | S. xylosus | M 7 | ‹4 | str | ||
| 30FL | S. devriesei | M 8 | TET | 16 | tet(K), str | arsA |
| 30RL | S. devriesei | M 8 | PEN, TET | 32 | blaZ, tet(K), str | arsA |
| 30FR | S. chromogenes | M 8 | PEN, TET | ‹4 | blaZ, tet(K), str | |
| 32FR | S. chromogenes | M 8 | 32 | str | ||
| 33RL | S. chromogenes | M 8 | PEN, TET | 32 | blaZ, tet(K), str | |
| 33FR | S. haemolyticus | M 8 | 32 | str | ||
| 34RLw | S. haemolyticus | M 9 | 32 | str | cadD | |
| 35FR | S. haemolyticus | M 9 | 16 | str | arsA | |
| 35RRg | S. haemolyticus | M 9 | 16 | str | arsA | |
| 36FL | S. haemolyticus | M 9 | TET | 32 | tet(K), tet(L), str | |
| 38FL | S. auricularis | M 9 | ‹4 | str | cadD | |
| 42FR | S. haemolyticus | M 11 | TET | 32 | tet(K), tet(L), str | |
| 43FRw | S. xylosus | M 11 | TET | ‹4 | tet(K), str | copB |
| 44FL | S. xylosus | M 11 | ‹4 | str | ||
| 46FR | S. epidermidis | M 11 | PEN | 32 | blaZ, str | cadD |
| 47RRg | S. chromogenes | M 12 | 32 | str | qacAB, smr | |
| 50RL | S. sciuri | M 12 | CLI | ‹4 | erm(44), str | |
| 50RR | S. sciuri | M 12 | CLI | ‹4 | erm(44), sal(A) str | |
| 51RR | S. xylosus | M 12 | TET | ‹4 | tet(K), str | |
| 52FL | S. haemolyticus | K | PEN, CLI, TET | 32 | blaZ, erm(C), tet(K), tet(L), str | cadD, copB, qacAB, smr |
| 52FR | S. haemolyticus | K | ‹4 | str | cadD, copB, arsA | |
| 53FL | S. haemolyticus | K | PEN, CLI, TET | 32 | blaZ, tet(K), str | copB |
| 53RL | S. haemolyticus | K | CLI, TET | 32 | vga(A), sal(A), Inu(A), tet(K), tet(L), str | qacAB, smr |
| 53RR | S. haemolyticus | K | CLI, TET | 32 | vga(A), sal(A), Inu(A), tet(K), tet(L), str | qacAB, smr |
| 54FR | S. haemolyticus | K | CLI | 32 | vga(A), str | |
| 54RRw | S. haemolyticus | K | PEN, CLI, SXT, TET | 32 | blaZ, dfrA, dfrD, tet(K), str | |
| 54RRg | S. xylosus | K | 32 | str | smr | |
| 55RR1 | S. epidermidis | K | PEN, TET | ‹4 | blaZ, tet(K), str | copB, arsA, qacAB, smr |
| 55RR2 | S. capitis | K | PEN | ‹4 | blaZ, str | copB, arsA, smr |
| 56RL | S. sciuri | K | CLI | ‹4 | vga(A), sal(A), str | |
| 57FLw | S. capitis | K | PEN, TET | ‹4 | blaZ, tet(K), tet(L), str | cadD, smr |
| 57FRw | S. haemolyticus | K | CLI, TET | 32 | tet(K), tet(L), str | copB, smr |
| 58FL | S. haemolyticus | K | CLI, TET | 32 | erm(C), sal(A), tet(K), tet(L), str | smr |
| 58FR | S. haemolyticus | K | CLI, TET | 32 | vga(A), tet(K), tet(L), str | |
| 58RR | S. xylosus | K | ‹4 | str | ||
| 61RR | S. xylosus | K | SXT, TET | ‹4 | dfrA, dfrD, dfrG, tet(K), tet(L), str | smr |
| 61RL | S. xylosus | K | TET | 32 | tet(K), str | copB, smr |
| 62FR | S. xylosus | K | ‹4 | str | copB | |
| 62RR | S. haemolyticus | K | ‹4 | str | cadD | |
| 63RL | S. sciuri | K | PEN | ‹4 | blaZ, str | |
| 64RR | S. epidermidis | K | PEN, SXT, TET | 32 | blaZ, dfrA, dfrD, dfrG, tet(K), tet(L), tet(O), str | copB, arsA, smr |
| 65RL | S. haemolyticus | K | PEN, ERY, SXT, TET | 32 | blaZ, msr(A), dfrD, dfrG, tet(K), str | cadD, copB, arsA |
| 66RL | S. xylosus | K | PEN, TET | ‹4 | blaZ, tet(K), str | qacAB |
| 66RR | S. epidermidis | K | PEN, TET, TEC | 32 | blaZ, tet(K), str | cadD, smr |
| 67RL | S. chromogenes | K | 32 | str | ||
| 68RL | S. chromogenes | K | 32 | str | ||
| 68RR | S. xylosus | K | PEN | ‹4 | blaZ, str | |
| 70RLw | S. simulans | K | PEN | 32 | blaZ, str | copB |
| 70FR | S. sciuri | K | FOX | ‹4 | mecA, str | |
| 1stCowFL | S. chromogenes | M 13 | ‹4 | str | ||
| 2ndCowRL | S. xylosus | M 13 | TET | ‹4 | tet(K), str | |
| 73RL | S. sciuri | M 14 | PEN | ‹4 | blaZ, str | |
| 73RR | S. xylosus | M 14 | ‹4 | str | ||
| 78FR | S. xylosus | M 17 | ‹4 | str | ||
| 78RL | S. sciuri | M 17 | CLI | ‹4 | vga(A), sal(A), str | |
| 81 RR | S. haemolyticus | M 18 | PEN | ‹4 | blaZ, str | cadD |
| 82RL | S. sciuri | M 18 | CLI | ‹4 | erm(44), str | |
| 82RR | S. saprophyticus | M 18 | TET, CHL | 4 | tet(K), catpC221, str | |
| 84RR | S. saprophyticus | M 18 | TET | ‹4 | tet(K), str | copB |
| 85FR | S. xylosus | M 19 | TET | 8 | tet(K), str | |
| 85FL | S. saprophyticus | M 19 | TET | 8 | tet(K), str | copB, arsA, qacAB |
| 86FR | S. saprophyticus | M 19 | ‹4 | str | copB | |
| 87FL | S. saprophyticus | M 19 | TET | 4 | tet(K), str | copB |
| 89FR | S. sciuri | M 20 | ‹4 | str | ||
| 89RR | S. xylosus | M 20 | PEN | ‹4 | blaZ, str | |
| 94RR | S. succinus | M 21 | PEN | ‹4 | blaZ, str | copB |
| 94RL | S. sciuri | M 21 | PEN | ‹4 | blaZ, str | |
| 95FR | S. xylosus | M 21 | ‹4 | str | ||
| 95RR | S. xylosus | M 21 | ‹4 | str | ||
| 96FR | S. xylosus | M 21 | TET | ‹4 | tet(K), str | qacAB |
| 96RR | S. xylosus | M 21 | ‹4 | str | ||
| 97RL | S. sciuri | M 21 | ‹4 | str | ||
| 97RR | S. xylosus | M 21 | SXT | ‹4 | dfrD, dfrG, str | |
| 98RR | S. succinus | M 21 | PEN | ‹4 | blaZ, str | cadD |
| 99FR | S. xylosus | M 22 | ‹4 | str | ||
| 99RL | S. xylosus | M 22 | ‹4 | str | copB | |
| 103RR | S. chromogenes | M 22 | PEN | 32 | blaZ, str | |
| 104RR | S. succinus | M 23 | ‹4 | str | smr | |
| 104RL | S. succinus | M 23 | PEN | ‹4 | blaZ, str | cadD, arsA, smr |
| 105RL | S. succinus | M 24 | ‹4 | str | cadD, smr | |
| 106FL1 | S. saprophyticus | M 24 | ‹4 | str | copB | |
| 107RL | S. saprophyticus | M 25 | PEN | 16 | blaZ, str | copB |
| 108FL | S. saprophyticus | M 25 | SXT | ‹4 | dfrD, dfrG, str | arsA |
| 110RL | S. xylosus | M 26 | ‹4 | str | copB, smr | |
| 110RR1 | S. saprophyticus | M 26 | ‹4 | str | copB, arsA | |
| 110RR2 | S. xylosus | M 26 | ‹4 | str | copB | |
| 111RL | S. sciuri | M 26 | PEN, CLI | ‹4 | sal(A), blaZ, str | |
| 113RL | S. sciuri | M 26 | 16 | str | ||
1 Origin: M = Musanze Farm, K = Kigali Farm.2 Phenotype: PEN = penicillin; CIP = ciprofloxacin; CHL = chloramphenicol; CLI = clindamycin; ERY = erythromycin; SXT = trimethoprim-sulfamethoxazole; TET = tetracycline; FOX = cefoxitin, TEC = teicoplanin. 3 mg/L. 4 32 or higher (mg/L).