Table 1.
HBoV primers and probe used in viral genome amplification.
Gene | Amplicon | Forward primer | Reverse primer | Size (bp) | Reference |
---|---|---|---|---|---|
NP1 for real-time PCR | NP-1 | 5′-AGAGGCTCGGGCTCATATCA-3′ | 5′-CACTTGGTCTGAGGTCTTCGAA-3′ | 81 | 26 |
Probe | 5′ FAM-AGGACCACCCAATCARCCACCTATCGTCT-BHQ1 3′ | ||||
NS1 for conventional RT-PCR | NS-1 | 5′-TATGGCCAAGGCAATCGTCCAAG-3′ | 5′-GCCGCGTGAACATGAGAAACAG-3′ | 245 | 13 |
VP1 for sequence | VP1 | 5′-CCACTAGTATGCCTCCAATTAAGAGACAGC-3′ | 5′-CCTCTAGATTACAACACTTTATTGATGTTTGT-3′ | 2016 | |
VP2 | VP2-P1 | 5′-CCCAAGCTTGCATGTCTGACACTGACATTCAA-3′ | 5′-CCGCTCGAGTTAATCACAAAAGATGTGAACGC-3′ | 480 | |
VP2 | VP2-P2 | 5′-CCCAAGCTTGCATG CAAATACTTTCAAATGGTGCT-3′ | 5′-CCGCTCGAGTTATGTGCTTCCGTTTTGTCTTAT-3′ | 435 | |
VP2 | VP2-P3 | 5′-CCCAAGCTTGCATGCTAATGTTTAATCCAAAAGTC-3′ | 5′-CCGCTCGAGTTA TCTGGTGATAGGAAATCTGTC-3′ | 465 | |
VP2 | VP2-P4 | 5′-CCCAAGCTTGCATGCTATACAAAGGAAACCAAACC-3′ | 5′-CCGCTCGAGTTACAACACTTTATTGATGTTTG-3′ | 474 |