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. 2020 Jan 17;2020:1732586. doi: 10.1155/2020/1732586

Table 4.

Codon usage in six Allium chloroplast genomes.

AA Codon Number RSCU
Acy Afa Asp Ama Aki Atr Acy Afa Asp Ama Aki Atr
Phe UUU 826 825 827 822 809 827 1.33 1.33 1.33 1.33 1.32 1.33
UUC 420 415 418 414 421 419 0.67 0.67 0.67 0.67 0.68 0.67
Leu UUA 758 758 756 751 744 746 2.05 2.05 2.05 2.05 2.04 2.04
UUG 447 450 447 441 446 444 1.21 1.22 1.21 1.21 1.22 1.21
CUU 455 453 453 448 448 452 1.23 1.23 1.23 1.22 1.23 1.24
CUC 138 137 138 139 136 138 0.37 0.37 0.37 0.38 0.37 0.38
CUA 295 295 298 294 292 288 0.8 0.8 0.81 0.8 0.8 0.79
CUG 122 121 124 122 119 125 0.33 0.33 0.34 0.33 0.33 0.34
Ile AUU 943 946 945 955 938 931 1.49 1.49 1.49 1.5 1.48 1.48
AUC 350 345 346 339 350 344 0.55 0.54 0.55 0.53 0.55 0.55
AUA 611 610 613 615 616 616 0.96 0.96 0.97 0.97 0.97 0.98
Met AUG 497 500 498 495 497 495 1 1 1 1 1 1
Val GUU 431 432 432 429 440 438 1.48 1.48 1.49 1.48 1.51 1.5
GUC 129 130 129 128 131 131 0.44 0.45 0.44 0.44 0.45 0.45
GUA 432 435 434 434 430 433 1.49 1.49 1.5 1.5 1.47 1.48
GUG 171 167 165 165 167 165 0.59 0.57 0.57 0.57 0.57 0.57
Ser UCU 467 468 473 461 473 476 1.73 1.73 1.75 1.72 1.76 1.76
UCC 246 254 249 252 249 244 0.91 0.94 0.92 0.94 0.93 0.9
UCA 321 320 320 318 311 325 1.19 1.18 1.18 1.19 1.16 1.2
UCG 151 151 150 151 159 154 0.56 0.56 0.55 0.56 0.59 0.57
Pro CCU 338 339 338 337 338 338 1.56 1.57 1.56 1.56 1.55 1.56
CCC 191 188 189 187 199 194 0.88 0.87 0.87 0.86 0.91 0.9
CCA 247 244 247 243 246 238 1.14 1.13 1.14 1.12 1.13 1.1
CCG 92 94 93 98 89 94 0.42 0.43 0.43 0.45 0.41 0.44
Thr ACU 448 449 449 446 438 440 1.65 1.67 1.67 1.65 1.63 1.63
ACC 186 184 184 185 191 193 0.69 0.68 0.68 0.69 0.71 0.72
ACA 335 331 331 334 335 329 1.24 1.23 1.23 1.24 1.25 1.22
ACG 116 114 114 114 111 115 0.43 0.42 0.42 0.42 0.41 0.43
Ala GCU 533 536 538 537 528 542 1.85 1.85 1.85 1.85 1.85 1.86
GCC 159 163 161 162 161 164 0.55 0.56 0.55 0.56 0.56 0.56
GCA 343 345 348 341 335 348 1.19 1.19 1.2 1.18 1.18 1.19
GCG 117 118 115 119 116 111 0.41 0.41 0.4 0.41 0.41 0.38
Tyr UAU 683 669 668 674 679 666 1.63 1.61 1.62 1.62 1.64 1.61
UAC 155 160 156 157 150 160 0.37 0.39 0.38 0.38 0.36 0.39
TER UAA 29 29 29 29 30 26 1.47 1.47 1.5 1.47 1.73 1.47
UAG 18 18 17 18 12 15 0.92 0.92 0.88 0.92 0.69 0.85
His CAU 415 416 415 412 419 420 1.56 1.57 1.56 1.57 1.56 1.56
CAC 118 113 116 113 118 119 0.44 0.43 0.44 0.43 0.44 0.44
Gln CAA 583 585 585 587 587 591 1.53 1.54 1.54 1.54 1.54 1.54
CAG 178 176 177 177 175 177 0.47 0.46 0.46 0.46 0.46 0.46
Asn AAU 803 799 797 803 798 784 1.56 1.56 1.56 1.56 1.55 1.55
AAC 229 226 227 226 231 227 0.44 0.44 0.44 0.44 0.45 0.45
Lys AAA 876 878 884 866 838 863 1.55 1.55 1.55 1.53 1.51 1.52
AAG 255 258 254 264 269 269 0.45 0.45 0.45 0.47 0.49 0.48
Asp GAU 692 692 691 681 682 691 1.64 1.64 1.64 1.63 1.62 1.62
GAC 154 152 154 156 158 160 0.36 0.36 0.36 0.37 0.38 0.38
Glu GAA 861 864 857 861 869 852 1.49 1.49 1.48 1.49 1.5 1.49
GAG 296 299 299 291 291 289 0.51 0.51 0.52 0.51 0.5 0.51
Cys UGU 187 185 185 186 184 186 1.52 1.54 1.54 1.54 1.52 1.54
UGC 59 56 56 55 58 56 0.48 0.46 0.46 0.46 0.48 0.46
TER UGA 12 12 12 12 10 12 0.61 0.61 0.62 0.61 0.58 0.68
Trp UGG 386 389 391 392 391 391 1 1 1 1 1 1
Arg CGU 279 280 280 280 281 278 1.37 1.37 1.37 1.38 1.37 1.35
CGC 74 78 78 76 71 80 0.36 0.38 0.38 0.37 0.34 0.39
CGA 269 270 269 269 272 274 1.32 1.32 1.31 1.32 1.32 1.33
CGG 88 89 87 88 89 89 0.43 0.43 0.43 0.43 0.43 0.43
Ser AGU 339 342 342 342 331 335 1.26 1.26 1.27 1.27 1.23 1.24
AGC 91 88 88 86 87 92 0.34 0.33 0.33 0.32 0.32 0.34
Arg AGA 390 392 395 388 398 400 1.91 1.91 1.93 1.91 1.93 1.94
AGG 125 121 119 119 124 119 0.61 0.59 0.58 0.59 0.6 0.58
Gly GGU 489 487 487 493 483 489 1.33 1.33 1.33 1.34 1.31 1.33
GGC 133 130 131 131 137 132 0.36 0.36 0.36 0.36 0.37 0.36
GGA 620 621 625 622 623 616 1.69 1.7 1.7 1.69 1.69 1.67
GGG 228 226 226 225 229 236 0.62 0.62 0.62 0.61 0.62 0.64

RSCU represents relative synonymous codon usage. RSCU more than one is highlighted in bold. Acy, Afa, Asp, Ama, Aki, and Atr stand for A. cyathophorum, A. cyathophorum var. farreri, A. spicatum, A. mairei, A. kingdonii, and A. trifurcatum, respectively.