Table 3.
Loss | Cytobands | Genes with copy number loss | Gain | Cytobands | Genes with copy number gain | |
---|---|---|---|---|---|---|
Patient 13 | 2q | q36,1-q37,3 | 1p | p31,1-p11,2 | NOTCH2 | |
6q | q16,3-q22,1 | 1q | Whole | |||
6q | q22,33-q25,2 | 2p | p23,3-p11,1 | |||
8 | whole | 3q | q26,1-q29 | PIK3CA | ||
9p | p24,02-p21,1 | CDKN2A, CDKN2B | 6q | q22,32-q22,33 | ||
10p | p13-p12,31 | 7 | Whole | EGFR | ||
10p | p12,1-p11,1 | 9q | Whole | KLF4 | ||
10q | q21,1 | 10q | q11,22-q11,23 | |||
10q | q23,1-q23,31 | 11q | q14,3-q25 | |||
10q | q25,2-q26,2 | 12p | Whole | |||
13q | q13,3-q31,1 | 13q | q12,11-q13,3 | |||
14q | q23,1-q32,33 | 13q | q31,1-q34 | |||
17q | q11,2 | 14q | q11,2-q23,1 | AKT1 | ||
18p | Whole | 15q | q22,2-q26,3 | |||
18q | q22,1-q23 | 17p | p13,1-p11,1 | |||
19q | q12-q13,11 | 19p | p13,3-p13,2 | |||
19q | q13,2-q13,43 | 19p | p13,11-p12 | |||
20p | p12,3-p12,2 | 20q | q11,23-q13,33 | |||
20p | p11,23-p11,1 | 22q | q13,1-q13,33 | |||
20q | q11,21-q11,22 | |||||
21q | q11,2-q22,13 | |||||
22q | q11,21-q13,1 | NF2, SMARCB1, CHEK2 | ||||
Patient 30 | — | — | — | 4 | Whole | |
— | — | — | 5 | Whole | PIK3R1, hTERT | |
— | — | — | 8 | Whole | ||
— | — | — | 10 | Whole | SUFU | |
— | — | — | 11 | Whole | ||
— | — | — | 12 | Whole | ||
— | — | — | 13 | Whole | ||
— | — | — | 14 | Whole | AKT1 | |
— | — | — | 17 | Whole | RPS6KB1, POLR2A, BRIP1, SMARCE1 | |
— | — | — | 19 | Whole | ||
— | — | — | 20 | Whole | ||
— | — | — | 21 | Whole |