Table 10.

The RMSD (Å) for Glide and PMFF for members of Glide test set. Top-ranked pose was determined by minimum intermolecular potential energy. Closest pose was determined by minimum RMSD.

PDB ID	Ligand Atoms	Rot. bonds	Glide		PMFF
			Top-Ranked pose	Closest pose	Top-Ranked pose	Closest pose
121P	46	8	1.57	0.71	2.94	2.18
1AAQ	91	21	1.30	1.23	1.49	1.20
1ABE	20	0	0.17	0.17	1.51	0.90
1ABF	23	0	0.20	0.06	1.62	1.37
1ACJ	29	0	0.28	0.14	2.36	1.78
1ACM	22	7	0.29	0.24	2.01	1.73
1ACP	16	4	1.02	0.51	1.89	1.26
1ADD	33	2	0.53	0.42	2.33	1.66
1ADF	68	11	11.25	2.29	3.22	2.15
1AHA	15	0	0.11	0.07	1.75	1.70
1AKE	83	16	3.35	2.06	3.84	3.71
1APB	23	0	0.18	0.06	0.82	0.81
1APT	84	21	0.58	0.58	3.17	2.66
1APU	81	19	1.18	0.68	3.00	1.35
1APV	80	18	1.47	1.47	0.60	0.60
1APW	79	18	0.42	0.42	2.80	2.37
1ATL	47	10	0.94	0.94	2.99	2.71
1AVD	31	5	0.52	0.27	1.48	0.91
1B6K	103	13	2.04	1.68	1.07	0.98
1B6L	82	8	1.06	1.06	2.92	0.92
1B6M	92	12	1.40	1.09	0.73	0.65
1BAP	20	0	0.23	0.19	1.68	1.12
1BBP	77	11	4.96	1.72	1.66	1.05
1BKM	77	19	2.24	1.16	2.83	2.70
1BRA	18	1	0.36	0.26	1.95	1.68
1BYB	87	10	10.49	1.66	0.77	0.77
1C3I	63	14	0.69	0.69	0.73	0.73
1C5P	18	1	0.21	0.15	1.74	1.51
1C83	24	4	0.13	0.12	2.63	1.73
1C84	26	4	0.24	0.21	2.32	1.79
1C86	25	4	0.20	0.15	2.28	1.09
1C87	25	4	0.24	0.20	2.35	0.90
1C88	27	4	0.23	0.22	2.43	2.35
1C8K	49	2	5.42	0.68	2.66	1.18
1CBS	49	5	1.96	0.45	3.19	1.51
1CBX	25	5	0.36	0.32	2.23	1.56
1CDE	54	10	1.29	0.94	2.72	2.45
1CDG	45	4	3.98	3.71	1.98	1.43
1COM	28	4	3.64	2.83	1.99	1.37
1COY	49	0	0.28	0.14	2.34	1.26
1CTR	53	5	3.56	2.31	2.04	1.64
1CTT	30	2	4.93	1.86	2.05	1.91
1D3D	75	9	3.25	1.50	3.15	1.13
1D3P	78	11	2.37	1.15	3.05	1.29
1DBB	55	1	0.41	0.22	2.48	1.89
1DBJ	51	0	0.20	0.18	0.61	0.51
1DBK	49	0	0.47	0.41	2.40	1.73
1DBM	66	6	1.97	0.48	2.69	2.22
1DDS	53	10	1.91	1.91	2.20	0.85
1DHF	49	10	6.48	3.58	2.34	1.04
1DID	25	2	3.82	1.19	2.09	1.41
1DIE	25	1	0.79	0.43	1.55	0.79
1DIH	74	13	4.17	2.53	3.03	2.36
1DM2	29	0	0.67	0.52	2.05	1.54
1DOG	25	1	3.74	0.28	1.61	1.45
1DR1	28	2	1.47	0.18	2.36	1.72
1DWB	18	1	0.25	0.23	2.26	1.73
1E5I	14	4	0.19	0.16	1.15	1.11
1EAP	43	11	2.32	0.63	2.69	2.12
1EJN	53	6	0.70	0.70	3.32	2.37
1ELA	64	13	1.60	0.97	2.24	1.76
1ELB	69	16	4.40	1.42	2.22	1.97
1ELC	70	16	8.22	4.36	2.64	2.54
1ELD	52	12	4.40	1.42	2.89	2.12
1ELE	48	11	2.52	1.97	2.52	2.41
1EPB	49	5	1.78	0.60	0.87	0.85
1EZQ	66	11	1.66	1.10	3.07	1.81
1F0U	66	11	1.59	1.16	3.12	3.12
1FEN	50	4	0.66	0.66	1.35	1.05
1FH8	37	2	0.15	0.15	2.52	0.92
1FHD	39	2	6.28	1.73	2.52	1.50
1FJS	60	9	8.49	2.62	2.82	2.54
1FKG	68	11	1.25	1.07	2.97	2.58
1FKI	70	0	1.92	1.48	2.55	1.16
1FRP	30	6	0.27	0.27	2.44	1.37
1GHB	31	7	1.89	0.64	2.16	1.80
1GLQ	51	15	0.29	0.29	2.72	1.13
1HBV	95	17	3.05	3.05	3.17	0.79
1HDC	89	6	0.58	0.37	1.64	1.43
1HGG	81	12	2.10	0.64	1.13	1.12
1HGH	42	7	0.28	0.28	1.82	1.16
1HGI	47	9	0.28	0.28	2.48	1.55
1HGJ	44	7	0.18	0.16	2.11	1.79
1HIH	92	19	1.34	1.28	2.98	1.23
1HPS	93	19	11.85	2.33	0.80	0.80
1HPX	87	18	9.82	2.54	3.08	2.11
1HRI	42	9	1.59	1.51	0.94	0.91
1HSG	92	14	0.32	0.30	3.18	3.15
1HSL	20	3	1.31	0.28	2.06	1.05
1HTF	79	15	2.99	2.02	2.30	2.01
1HTI	14	3	4.40	0.38	1.88	1.55
1HVR	84	8	1.50	0.83	0.66	0.66
1HYT	25	5	0.28	0.28	2.26	0.91
1IDA	104	18	11.88	0.82	3.25	1.03
1IGJ	81	3	1.30	0.67	2.84	2.62
1IMB	27	2	0.89	0.73	2.47	1.99
1IVB	25	4	4.97	0.45	2.27	1.90
1IVC	24	3	1.94	1.52	2.29	1.69
1IVD	24	4	0.72	0.66	1.98	1.33
1IVE	24	3	2.61	0.89	2.24	2.02
1IVF	36	6	0.53	0.50	2.40	1.45
1LAH	22	4	0.13	0.13	1.97	1.30
1LCP	23	3	1.98	1.48	1.72	1.26
1LDM	8	1	0.30	0.30	1.65	1.43
1LMO	57	8	0.93	0.42	2.74	2.12
1LNA	41	9	0.95	0.70	2.49	1.61
1LST	25	5	0.14	0.14	2.10	1.05
1MBI	9	0	1.68	0.22	1.92	1.85
1MCR	38	7	4.33	2.26	1.79	1.18
1MDR	21	2	0.52	0.46	1.61	1.33
1MFE	64	6	6.22	0.77	2.25	0.59
1MLD	18	5	0.32	0.15	1.73	1.36
1MRG	15	0	0.30	0.22	2.04	1.78
1MRK	32	2	1.20	0.58	2.25	1.71
1MUP	22	2	4.37	1.99	1.28	1.04
1NIS	18	5	0.97	0.94	2.06	0.83
1NNB	36	6	0.55	0.25	2.17	1.34
1NSC	39	6	1.21	1.19	2.56	1.58
1NSD	36	6	0.27	0.22	2.49	1.58
1ODW	84	20	2.81	1.04	2.98	0.85
1PBD	16	1	0.21	0.15	2.04	1.64
1PGP	27	7	1.88	1.20	2.04	2.04
1PHA	44	8	0.69	0.60	2.02	1.59
1PHD	19	1	1.22	0.85	2.03	0.99
1PHF	19	1	1.14	0.56	2.16	1.33
1PHG	31	3	4.32	1.42	2.07	1.47
1PPI	111	12	6.24	1.97	3.20	1.63
1PPK	80	19	0.45	0.41	3.04	2.76
1PPL	91	21	2.82	1.95	3.42	0.72
1PPM	81	20	0.62	0.62	3.44	3.33
1PRO	80	10	1.46	1.46	0.89	0.89
1RBP	51	5	0.96	0.87	1.30	1.30
1RDS	63	8	3.75	0.82	0.60	0.60
1RHL	37	4	0.93	0.42	1.92	1.50
1RLS	37	4	2.69	0.51	2.40	1.40
1RNE	114	24	10.08	3.51	1.25	1.04
1RNT	36	4	0.72	0.53	2.43	2.05
1ROB	33	4	1.85	1.12	1.99	1.83
1SBG	81	16	0.74	0.67	1.09	0.95
1SLT	51	6	0.51	0.24	1.10	1.10
1SNC	37	6	1.91	0.97	2.63	2.17
1STP	31	5	0.59	0.33	2.39	1.79
1TDB	33	4	1.46	0.99	2.62	1.50
1THY	32	4	2.31	1.65	2.54	1.38
1TMN	67	14	2.80	0.81	2.75	2.56
1TNG	24	1	0.19	0.09	0.91	0.91
1TNH	18	1	0.33	0.12	1.91	1.49
1TNI	27	4	2.18	0.59	1.60	1.17
1TNJ	21	2	0.35	0.24	1.99	1.28
1TNK	24	3	0.87	0.69	1.71	0.91
1TNL	22	1	0.23	0.11	1.85	1.16
1TPP	27	4	1.12	0.39	2.25	2.01
1TYL	20	2	1.06	0.41	1.66	1.14
1UKZ	35	4	0.37	0.35	2.36	1.21
1ULB	16	0	0.28	0.25	2.11	1.34
1WAP	27	3	0.12	0.06	2.03	1.33
1XID	20	2	4.30	1.14	2.00	1.87
1XIE	23	1	3.86	0.22	1.91	1.00
2ADA	33	2	0.53	0.37	2.34	2.10
2AK3	35	4	0.71	0.70	2.73	1.41
2CGR	49	8	0.38	0.35	3.00	2.15
2CHT	28	2	0.42	0.19	2.00	1.54
2CMD	18	5	0.65	0.27	2.06	1.67
2CPP	27	0	0.17	0.09	1.73	0.97
2CTC	21	3	1.61	0.48	1.22	0.80
2DBL	67	6	0.69	0.67	2.91	1.63
2GBP	24	1	0.15	0.11	1.02	0.79
2IFB	49	14	1.36	0.87	2.11	1.40
2LGS	18	4	7.55	0.33	2.34	1.82
2MCP	24	4	1.30	0.81	1.88	1.17
2PHH	15	1	0.38	0.28	1.96	1.70
2PK4	22	5	0.86	0.58	1.41	1.21
2PLV	59	15	1.88	0.77	2.59	2.59
2R04	51	10	0.80	0.64	3.35	1.34
2R07	45	8	0.48	0.48	2.43	2.05
2SIM	36	6	0.92	0.30	2.28	1.66
2TPI	38	7	0.49	0.48	1.13	1.13
2UPJ	81	15	3.65	2.85	1.58	1.17
2XIS	22	4	0.85	0.37	2.03	1.22
2YPI	11	3	0.31	0.20	1.98	1.42
3CLA	32	7	8.51	3.46	1.84	1.10
3CPA	30	6	2.40	0.66	1.01	0.77
3DFR	53	10	0.87	0.38	0.95	0.95
3HVT	34	1	0.77	0.62	1.25	1.15
3MTH	19	2	5.48	0.21	2.28	1.71
3PTB	18	1	0.27	0.20	1.91	1.78
3TPI	38	7	0.49	0.23	1.83	1.54
4AAH	27	3	0.30	0.14	2.19	1.34
4CTS	11	3	0.44	0.19	2.18	1.71
4DFR	53	10	1.12	0.92	2.09	1.04
4FAB	35	2	4.50	0.69	2.20	1.97
4FBP	35	4	0.56	0.56	2.51	1.90
4FXN	50	7	0.44	0.44	2.41	1.04
4HMG	39	6	0.78	0.72	1.86	1.80
4PHV	88	14	0.38	0.38	0.79	0.65
4TIM	16	4	1.32	0.97	2.03	1.25
4TPI	35	6	0.51	0.23	1.99	0.92
4TS1	24	3	0.85	0.57	2.56	1.85
5ABP	24	1	0.21	0.10	1.51	1.41
5CPP	25	0	0.59	0.10	1.55	1.21
5CTS	11	3	0.28	0.17	1.62	1.18
5P2P	69	21	1.82	1.34	3.10	2.53
6ABP	20	0	0.40	0.14	1.99	1.06
6CPA	58	14	4.58	1.37	2.90	2.77
6RNT	35	4	2.22	2.22	2.69	1.84
6TIM	17	4	1.73	0.25	2.28	2.02
6TMN	63	16	2.66	1.26	2.95	2.75
7ABP	23	0	0.20	0.06	0.83	0.83
7CPA	74	17	4.14	2.41	2.99	2.64
7CPP	18	0	0.61	0.61	1.69	0.96
8ABP	24	1	0.22	0.13	1.00	1.00
8ATC	23	7	0.37	0.34	2.17	1.70
8GCH	44	9	0.30	0.30	2.16	1.77
9ABP	24	1	0.15	0.13	1.37	1.31
Average			1.86	0.82	2.12	1.52
Standard deviation			2.31	0.79	0.67	0.58