Table 1.

Positions of variations in primer and probe binding positions in different viral genomes.

Mutated positions	Viral Genomes with Mutations
Charité RdRp Probe P1: CCAGGTGGWACRTCATCMGGTGATGC Probe P2:. CAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGC Mutation: CCAGGTGGGACCTCATCAGGAGATGC	EPI_ISL_431101
US-CDC N1 Probe P: ACCCCGCATTACGTTTGGTGGACC Mutation: ACTCCGCATTACGTTTGGTGGACC	EPI_ISL_435089, EPI_ISL_435083, EPI_ISL_435084, EPI_ISL_435074, EPI_ISL_435090, EPI_ISL_435086, EPI_ISL_435098, EPI_ISL_435085, EPI_ISL_435092, EPI_ISL_431103, EPI_ISL_435112, EPI_ISL_435081, EPI_ISL_435095, EPI_ISL_435099, EPI_ISL_435100, EPI_ISL_435093, EPI_ISL_435091, EPI_ISL_435097, EPI_ISL_435094, EPI_ISL_435096, EPI_ISL_435082, EPI_ISL_435088
US-CDC N3 Primer F: GGGAGCCTTGAATACACCAAAA Mutation: GGGAGCCCTGAATACACCAAAA	EPI_ISL_421668, EPI_ISL_421663, EPI_ISL_421662, EPI_ISL_421665, EPI_ISL_421666, EPI_ISL_421664, EPI_ISL_421671, EPI_ISL_421669, EPI_ISL_421672, EPI_ISL_424363, EPI_ISL_435104, EPI_ISL_421670, EPI_ISL_435101, EPI_ISL_421667, EPI_ISL_424361,