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. Author manuscript; available in PMC: 2021 May 1.
Published in final edited form as: J Nutr Biochem. 2020 Jan 17;79:108340. doi: 10.1016/j.jnutbio.2020.108340

Table 2.

Participant-specific SEED functional changes for levels 1, 2 and 3 of Subsystems hierarchy

Significant changes for SEED Subsystems activity
Level 1 4003 4005 4006 4008 4009 4016
Aromatic compound metabolism n.a. n.a. 0.24 n.a. n.a. n.a.
Phage & transposable element activity n.a. n.a. −0.28 n.a. n.a. n.a.
Regulation & cell signaling n.a. n.a. −0.04 n.a. n.a. n.a.
DNA metabolism n.a. n.a. −0.07 n.a. n.a. n.a.
Sulfur metabolism n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.41
Mobility/chemotaxis n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.03
Level 2 4003 4005 4006 4008 4009 4016
Anaerobic degradation of aromatic compounds n.a. n.a. 0.40 n.a. n.a. n.a.
Aminosugars n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.55
Flagellar mobility n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.34
Sulfur metabolism n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.45
Tricarboxylate transporters n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.25
Monosaccharides n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.56
Osmotic stress n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.87
Lipopolysaccharide biosynthesis n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.47
Heat shock n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. −0.64
ATP synthesis n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. −0.29
Level 3 4003 4005 4006 4008 4009 4016
Anaerobic benzoate metabolism n.a. n.a. 0.41 n.a. n.a. n.a.
Flavocytochrome C n.a. n.a. n.a. n.a. 0.89 n.a.
Lysine fermentation n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.89
Coenzyme M biosynthesis n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 6.20
Anaerobic oxidative degradation of L-ornithine n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.24
Choline transport n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 3.34
Aromatic amino acid degradation n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.70
L-ascorbate utilization (and related gene clusters) n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2.79
O-antigen capsule important for environmental persistence n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2.62
Carbazol degradation cluster n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.00
L-rhamnose utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.40
Dimethylarginine metabolism n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.70
Hfl operon n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.64
Chitin and N-acetylglucosamine utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.54
Glycerol and glycerol-3-phosphate uptake and utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.08
Sugar utilization in Thermotogales n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.52
Formate hydrogenase n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.51
Arginine deiminase pathway n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.56
Phage shock protein (psp) operon n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.07
Heme, hemin uptake and utilization systems in Gram positives n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. −0.70
Carotenoids n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.45
D-galacturonate and D-glucuronate utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.17
ABC transporter alkylphosphonate (TC 3.A.1.9.1) n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.21
D-tagatose and galactitol utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.15
ATP-dependent RNA helicases, bacterial n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.67
Flagellar motility n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.33
L-fucose utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.96
Periplasmic-binding-protein-dependent transport system n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.06
Galactosylceramide and sulfatide metabolism n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.48
Flagellum n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.02
Heat shock dnaK gene cluster extended n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. −0.66
Cjejuni colonization of chick caeca n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.26
D-sorbitol (D-glucitol) and L-sorbose utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.97
Purine utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.86
N-acetyl-galactosamine and galactosamine utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.58
Photorespiration (oxidative C2 cycle) n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.87
Cobalt-zinc-cadmium resistance n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.27
Cold shock, CspA family of proteins n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.07
D-gluconate and ketogluconates metabolism n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.59
Flagellum in Campylobacter n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.48
Histidine degradation n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.56
Lactose utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.62
L-arabinose utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.39
Lipid A-Ara4N pathway (polymyxin resistance) n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. −0.16
Melibiose utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.32
Putative sugar ABC transporter (ytf cluster) n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.32
Sucrose utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. −0.49
Cluster Ytf and putative sugar transporter n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.95
Sulfatases and sulfatase modifying factor 1 n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.56
Transcription initiation, bacterial sigma factors n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.21
Choline and betaine uptake and betaine biosynthesis n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.05
Carnitine metabolism in microorganisms n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 1.46
ABC transporter tungstate (TC 3.A.1.6.2) n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.51
Protein chaperones n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. −1.14
ABC transporter peptide (TC 3.A.1.5.5) n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.31
Zinc regulated enzymes n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. −0.18
Bacterial hemoglobins n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.51
Glycerol fermenation to 1,3-propanediol n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.67
Trehalose uptake and utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.86
ABC transporter dipeptide (TC 3.A.1.5.2) n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.56
Glutathionylspermidine and trypanothione n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.93
Heme biosynthesis orphans n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. −0.28
Serine biosynthesis n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.53
Lactose and galactose uptake and utilization n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 0.49

Significant changes were only observed for individuals 4006 and 4016; the other participants showed no significantly differently expressed functional categories.