Table 4.
Details of 96 deep airway samples
| n | Culture | Panfungal PCR | |
|---|---|---|---|
| Concordant results (n = 37) | 21 | Candida | Candida |
| C. albicans (n = 14) | C. albicans (n = 14) | ||
| C. dubliniensis (n = 2) | C. dubliniensis (n = 2) | ||
| C. kefyr (n = 2) | C. kefyr (n = 2) | ||
| C. tropicalis (n = 2) | C. tropicalis (n = 2) | ||
| C. lusitaniae (n = 1) | C. lusitaniae (n = 1) | ||
| 13 | Aspergillus | Aspergillus | |
| A. fumigatus (n = 12) | A. fumigatus (n = 12) | ||
| A. niger (n = 1) | A. niger (n = 1) | ||
| 1 | S. cerevisiae | S. cerevisiae | |
| 1 | G. capitatum | G. capitatum | |
| 1 | S. apiospermum | S. apiospermum | |
| Partially concordant results (n = 21) | 18 | Mixed culture | |
| C. neoformans + A. fumigatus (n = 1) | C. neoformans (n = 1) | ||
| A. fumigatus + C. glabrata (n = 1) | A. fumigatus (n = 1) | ||
| A. fumigatus + C. glabrata + C. krusei (n = 1) | A. fumigatus (n = 1) | ||
| A. fumigatus + S. cerevisiae (n = 1) | A. fumigatus (n = 1) | ||
| Aspergillus sp. + C. albicans (n = 1) | A. fumigatus (n = 1) | ||
| A. fumigatus + C. albicans + C. glabrata (n = 1) | C. albicans (n = 1) | ||
| A. fumigatus + C. glabrata (n = 1) | C. glabrata (n = 1) | ||
| A. fumigatus* + C. albicans (n = 2) | C. albicans (n = 2) | ||
| A. fumigatus* + C. tropicalis + C.glabrata (n = 1) | C. tropicalis (n = 1) | ||
| A. nidulans + S. cerevisiae + C. albicans (n = 1) | S. cerevisiae (n = 1) | ||
| A. niger + C. tropicalis (n = 1) | C. tropicalis (n = 1) | ||
| C. glabrata + C. albicans (n = 3) | C. glabrata (n = 3) | ||
| C. dubliniensis + S. cerevisiae (n = 1) | C. dubliniensis (n = 1) | ||
| C. albicans + C. glabrata (n = 1) | C. albicans (n = 1) | ||
| C. albicans + G. candidum (n = 1) | C. albicans (n = 1) | ||
| 3 | Aspergillus | Aspergillus | |
| A. candidus (n = 1) | Aspergillus sp. (n = 1) | ||
| A. candidus (n = 1) | A. persii, A. sclerotiorum, A. bridgeri (n = 1) | ||
| A. terreus (n = 1) | A. fumigatus (n = 1) | ||
| Discordant results (n = 38) | 4 | Negative | C. glabrata (n = 2) |
| M. restricta (n = 1) | |||
| Uncultured Lemonniera clone (n = 1) | |||
| 10 | A. fumigatus (n = 5) | Negative (n = 10) | |
| A. niger* + C. albicans* (n = 1) | |||
| C. neoformans (n = 1) | |||
| C. lipolytica (n = 1) | |||
| C. albicans + G. capitatum (n = 1) | |||
| Hyalohyphomycet (n = 1) | |||
| 14 | Aspergillus | ||
| A. fumigatus (n = 4) | C. albicans (n = 1) | ||
| C. lusitaniae (n = 1) | |||
| S. commune (n = 1) | |||
| P. spinulosum, P. thomii, P. purpurascens, P. glabrum (n = 1) | |||
| A. fumigatus* (n = 2) | M. restricta (n = 1) | ||
| C. cladosporioides (n = 1) | |||
| A. fumigatus + A. niger (n = 1) | Penicillium sp.** (n = 1) | ||
| A. fumigatus + C. krusei (n = 1) | C. albicans (n = 1) | ||
| A. fumigatus* + Penicillium sp.* (n = 1) | Cladosporium sp.** (n = 1) | ||
| A. fumigatus* + C. dubliniensis* (n = 1) | A. terreus** (n = 1) | ||
| A. terreus (n = 3) | C. dubliniensis (n = 1) | ||
| C. cladosporioides** (n = 1) | |||
| C. cladosporioides, uncultured Davidiella clone (n = 1) | |||
| A. niger* (n = 1) | P. chrysogenum (n = 1) | ||
| 6 | Candida | ||
| C. albicans (n = 4) | M. restricta (n = 2) | ||
| Cladosporium sp.** (n = 2) | |||
| C. glabrata (n = 1) | C. krusei (n = 1) | ||
| C. norvegensis + C. parapsilosis (n = 1) | C. krusei** (n = 1) | ||
| 1 | F. oxysporum* | P. thomii, P. spinulosum, P. glabrum | |
| 1 | Penicillium sp.* | C. albicans | |
| 1 | L. corymbifera | C. albicans | |
| 1 | G. capitatum | C. albicans |
Test results for deep airway samples
n number of samples
*Culture result was reported as possible contamination
**PCR yielded a double sequence