Skip to main content
. 2020 May 29;15(5):e0233714. doi: 10.1371/journal.pone.0233714

Table 3. Genetic diversity statistics of the TLRs in four Chinese egret populations and two little egret populations.

Locus Population N h Gd π Ho He uHe
TLR1LB Chinese egret XCY 30 1 0 0 0.022 0.022 0.022
RY 30 3 0.131 0.0003 0.133 0.123 0.125
MTS 30 3 0.246 0.0008 0.089 0.084 0.085
XRT 30 3 0.246 0.0006 0.133 0.120 0.122
Total 120 4 0.158 0.0004 0.094 0.087 0.089
little egret MTS 10 6 0.889 0.0031 0.175 0.199 0.209
XY 10 6 0.867 0.0028 0.300 0.203 0.213
Total 20 11 0.937 0.0034 0.238 0.201 0.211
TLR2A Chinese egret XCY 30 6 0.669 0.0032 0.289 0.328 0.334
RY 30 10 0.777 0.0035 0.330 0.348 0.354
MTS 30 6 0.607 0.0031 0.159 0.293 0.298
XRT 30 7 0.683 0.0032 0.263 0.257 0.262
Total 120 15 0.690 0.0032 0.260 0.307 0.312
little egret MTS 10 8 0.956 0.0052 0.293 0.279 0.294
XY 10 6 0.867 0.0037 0.253 0.195 0.205
Total 20 12 0.916 0.0045 0.273 0.237 0.249
TLR3 Chinese egret XCY 30 5 0.630 0.0020 0.489 0.451 0.459
RY 30 6 0.605 0.0019 0.533 0.473 0.481
MTS 30 6 0.667 0.002 0.489 0.496 0.504
XRT 30 6 0.747 0.0019 0.511 0.497 0.505
Total 120 7 0.664 0.0020 0.506 0.479 0.487
little egret MTS 10 6 0.889 0.0022 0.220 0.233 0.245
XY 10 0 0 0 0 0 0
Total 20 6 0.579 0.0012 0.110 0.117 0.123
TLR4 Chinese egret XCY 30 2 0.508 0.0007 0.567 0.433 0.440
RY 30 2 0.408 0.0006 0.467 0.444 0.452
MTS 30 2 0.370 0.0005 0.367 0.299 0.305
XRT 30 2 0.497 0.0006 0.500 0.433 0.440
Total 120 2 0.464 0.0006 0.475 0.402 0.409
little egret MTS 10 2 0.467 0.0006 0.600 0.480 0.505
XY 10 2 0.533 0.0007 0.400 0.320 0.337
Total 20 2 0.521 0.0007 0.500 0.400 0.421
TLR5 Chinese egret XCY 30 3 0.246 0.0005 0.178 0.154 0.157
RY 30 5 0.411 0.0006 0.233 0.196 0.199
MTS 30 4 0.407 0.0006 0.200 0.200 0.203
XRT 30 3 0.131 0.0002 0.044 0.043 0.044
Total 120 5 0.299 0.0005 0.164 0.148 0.151
little egret MTS 10 4 0.733 0.0013 0.140 0.183 0.193
XY 10 2 0.467 0.0005 0.100 0.089 0.094
Total 20 5 0.626 0.0010 0.120 0.136 0.143
TLR7 Chinese egret XCY 30 2 0.186 0.0002 0.100 0.095 0.097
RY 30 2 0.186 0.0002 0.300 0.255 0.259
MTS 30 2 0.186 0.0002 0.200 0.180 0.183
XRT 30 2 0.287 0.0003 0.233 0.299 0.305
Total 120 2 0.208 0.0002 0.208 0.207 0.211
little egret MTS 10 4 0.644 0.0008 0.133 0.123 0.13
XY 10 2 0.467 0.0005 0.100 0.125 0.132
Total 20 4 0.553 0.0007 0.117 0.124 0.131
TLR15 Chinese egret XCY 30 6 0.543 0.0010 0.150 0.148 0.151
RY 30 7 0.547 0.0013 0.161 0.133 0.136
MTS 30 6 0.579 0.0016 0.106 0.143 0.145
XRT 30 4 0.434 0.0012 0.161 0.147 0.149
Total 120 9 0.520 0.0013 0.144 0.143 0.145
little egret MTS 10 7 0.911 0.0039 0.188 0.256 0.269
XY 10 4 0.711 0.0017 0.238 0.166 0.174
Total 20 10 0.905 0.0031 0.213 0.211 0.222

N Total number of haplotypes, h the number of haplotypes, Gd gene diversity, π nucleotide diversity, Ho observed heterozygosity, He expected heterozygosity, uHe unbiased expected heterozygosity.