Table 1.

Results for the 41 genes exclusively identified by MTAR tests in the GLGC analysis.

Chr.	Gene	GLGC						UKB Neale v2		Annotation
		Size	MTAR-O	cMTAR	iMTAR	cctP	minP	Size	MTAR-O
1	COL24A1	43	2 × 10−7	1 × 10−7	8 × 10−8	7 × 10−5	1 × 10−4	23	5 × 10−1
1	MCL1	6	2 × 10−8	3 ×  10−7	8 × 10−9	1 × 10−5	1 × 10−5			LDL, HDL
2	ASB3|GPR75-ASB3	14	4 × 10−9	1 × 10−4	1 × 10−9	4 × 10−6	4 × 10−6	5	2 × 10−3
3	ITIH3	24	3 × 10−6	8 × 10−6	9 × 10−7	1 × 10−3	2 × 10−3			HDL
3	STAB1	62	1 × 10−11	1 × 10−11	5 × 10−12	6 × 10−6	7 × 10−6			LDL, HDL, TG
4	MTTP	16	3 × 10−6	1 × 10−6	4 × 10−5	7 × 10−4	7 × 10−4			LDL HDL, TG
4	PLA2G12A	2	9 × 10−9	8 × 10−9	5 × 10−9	4 × 10−6	6 × 10−6			HDL, TG
5	SPARC	6	3 × 10−6	3 × 10−6	2 × 10−6	3 × 10−4	3 × 10−4	5	2 × 10−3
6	C2	17	6 × 10−10	9 × 10−10	3 × 10−10	2 × 10−5	3 × 10−5	7	1 × 10−3
6	C6orf10	9	1 × 10−6	1 × 10−6	7 × 10−7	9 × 10−5	9 × 10−5			TG
6	HLA-DQB1	5	5 × 10−8	5 × 10−8	3 × 10−8	4 × 10−4	5 × 10−4			LDL, TG
6	NOTCH4	37	2 × 10−8	5 × 10−4	5 × 10−9	6 × 10−5	8 × 10−5			LDL, TG
6	ZNF76	22	8 × 10−7	3 × 10−7	2 × 10−5	2 × 10−3	3 × 10−3			LDL, HDL, TG
7	KIAA1324L	12	2 × 10−8	2 × 10−8	1 × 10−8	3 × 10−5	3 × 10−5			LDL
8	ZNF572	15	1 × 10−6	2 × 10−6	5 × 10−7	1 × 10−4	2 × 10−4			LDL, HDL, TG
11	CKAP5	16	5 × 10−6	4 × 10−6	3 × 10−6	7 × 10−4	7 × 10−4			HDL, TG
11	CREB3L1	9	2 × 10−7	2 × 10−7	1 × 10−7	6 × 10−6	6 × 10−6			LDL, HDL, TG
11	DSCAML1	25	1 × 10−6	2 × 10−6	4 × 10−7	3 × 10−5	3 × 10−5			LDL, HDL, TG
11	MEN1	4	4 × 10−6	4 × 10−6	2 × 10−6	5 × 10−5	7 × 10−5			TG
11	NR1H3	7	4 × 10−7	4 × 10−7	2 × 10−7	3 × 10−5	3 × 10−5			LDL, HDL, TG
11	OR8U1|OR8U8	7	3 × 10−6	3 × 10−6	2 × 10−6	6 × 10−4	1 × 10−3	4	2 × 10−11
11	PLCB3	14	3 × 10−9	3 × 10−9	1 × 10−9	5 × 10−5	8 × 10−5			HDL, TG
11	PNPLA2	14	5 × 10−8	5 × 10−8	3 × 10−8	3 × 10−6	3 × 10−6	5	6 × 10−8
11	SIDT2	21	5 × 10−6	7 × 10−6	3 × 10−6	8 × 10−6	8 × 10−6			LDL, HDL, TG
11	TSGA10IP	15	7 × 10−9	8 × 10−9	3 × 10−9	2 × 10−4	3 × 10−4			HDL, TG
12	ACADS	8	4 × 10−6	2 × 10−5	2 × 10−6	4 × 10−6	6 × 10−6			LDL, HDL
12	ACVRL1	8	5 × 10−6	5 × 10−6	3 × 10−6	6 × 10−4	1 × 10−3	5	2 × 10−2
12	C12orf41	4	1 × 10−6	1 × 10−6	6 × 10−7	8 × 10−5	1 × 10−4	2	3 × 10−2
12	CMAS	3	8 × 10−7	7 × 10−7	4 × 10−7	4 × 10−5	4 × 10−5
12	SH2B3	15	2 × 10−6	2 × 10−6	1 × 10−6	5 × 10−5	5 × 10−5			LDL, HDL, TG
14	DDHD1	9	7 × 10−7	6 × 10−7	3 × 10−7	1 × 10−4	2 × 10−4
14	PCK2	34	2 × 10−6	3 × 10−6	1 × 10−6	4 × 10−4	6 × 10−4			LDL
15	ARRDC4	8	5 × 10−6	5 × 10−6	3 × 10−6	7 × 10−4	2 × 10−3	4	1 × 10−4
16	CFDP1	7	2 × 10−6	1 × 10−6	8 × 10−7	9 × 10−4	1 × 10−3	4	2 × 10−2
17	BECN1	4	2 × 10−6	5 × 10−6	1 × 10−6	1 × 10−3	2 × 10−3
17	GEMIN4	35	2 × 10−6	7 × 10−4	5 × 10−7	4 × 10−4	6 × 10−4			HDL
17	SHBG	7	3 × 10−6	3 × 10−6	1 × 10−6	5 × 10−6	6 × 10−6			LDL, TG
19	AXL	11	1 × 10−6	1 × 10−6	7 × 10−7	2 × 10−4	2 × 10−4	3	3 × 10−5
19	LAIR1	13	3 × 10−7	2 × 10−7	1 × 10−7	8 × 10−5	1 × 10−4			LDL, HDL
19	LOC55908	7	8 × 10−10	9 × 10−10	4 × 10−10	9 × 10−6	1 × 10−5			HDL, TG
21	COL18A1	44	6 × 10−8	4 × 10−8	4 × 10−8	7 × 10−5	7 × 10−5			TG

Seven novel genes replicated in the UK Biobank analysis are shown in bold.

The annotation is the summary of association evidence from the Open Targets^52,53 and the STOPGAP⁵⁴ databases, and the previous analysis of the GLGC data³³ for the three traits.

The genes (BECN1, CAMS, and DDHD1) with cumulative minor allele counts <10 in the UK Biobank are not analyzed in the replication stage.