Table 3.
Metagenomic results and PCR test of each case cat.
| Viral Read Numbers | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Shelter 2 | Shelter 3 | ||||||||||||||||||
| Cat ID | 688 | 056 | 160 | 973–975 | 990 | 936 | 723 | 987 | 231 | 787 | 912 | 283 | 178 | 806 | 471 | 594 | 849 | ||
| Total reads (106) | 0.76 | 0.77 | 1.24 | 1.11 | 1.35 | 1.02 | 3.16 | 1.88 | 0.68 | 1.29 | 1.23 | 1.15 | 1.41 | 1.20 | 1.76 | 1.21 | 1.36 | ||
| Family | Genus/Species | ||||||||||||||||||
| Anelloviridae | Gyrovirus | ||||||||||||||||||
| Chicken anemia virus | 2 | ||||||||||||||||||
| Gyrovirus 4 | 14 | ||||||||||||||||||
| Gyrovirus 6 | 2 | ||||||||||||||||||
| Feline anellovirus | 4 | 6 | 70 | ||||||||||||||||
| Other anellovirus | 2 | 44 | 402 | 46 | |||||||||||||||
| Parvoviridae | Bocaparvovirus | ||||||||||||||||||
| FeBoV1 | 34 | 2 | 1547 | 1547 | |||||||||||||||
| FeBoV2 | 63,826 | 8191 | 2 | ||||||||||||||||
| FeBoV3 | 1350 | 12 | |||||||||||||||||
| Chaphamaparvovirus | |||||||||||||||||||
| Fechavirus | 2 | 8 | 789 | 17 | 1597 | 6511 | |||||||||||||
| Copiparvovirus | |||||||||||||||||||
| Porcine parvovirus 5 | 2 | ||||||||||||||||||
| Dependoparvovirus | |||||||||||||||||||
| Feline dependoparvovirus | 19 | 8315 | |||||||||||||||||
| Protoparvovirus | |||||||||||||||||||
| Felocell 3 vaccine FPV | 112 | 2086 | |||||||||||||||||
| Papillomaviridae | Dyothetapapillomavirus | 7 | 93 | ||||||||||||||||
| Polyomaviridae | LIPyV | 838 | |||||||||||||||||
| Caliciviridae | Felocell 3 vaccine calicivirus | 1 | 2 | 4 | 3 | ||||||||||||||
| PCR test | |||||||||||||||||||
| Fechavirus | + | - | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | + | + | + | + | ||
| FeBoV | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | − | + | − | − | − | − | − | ||
| IDEXX diarrhea panel | − | − | − | FPV | + a | − | ND | ND | ND | + b | + a | + c | ND | + b | − | + a | ND | ||
| Rotavirus | − | − | − | − | − | − | ND | − | ND | ND | − | − | − | − | − | − | − | ||
+ a positive for C. Perfringens, + b positive for Giardia and C. Perfringens, + c positive for FECV and C. Perfringens; ND: not done.