Table 1.
Y-chromosome haplotype frequency and diversity of different Indian native cattle breeds (Bos indicus).
| Breeds/Lineages | N | Haplotype frequency (%) | H | SD | ||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| H1Y3 | H2Y3 | H3Y3 | H4Y3* | H5Y3 | H6Y3 | H7Y3 | H8Y3 | H9Y3*,+ | H10Y3 | H11Y3 | H12Y3 | H13Y3* | H14Y3 | H15Y3 | H18Y3*,+ | H22Y3*,+ | ||||
| Dangi | 3 | 33.3 | 33.3 | 33.3 | 1.000 | 0.272 | ||||||||||||||
| Gir | 56 | 1.8 | 1.8 | 1.8 | 94.6 | 0.105 | 0.055 | |||||||||||||
| Hariana | 6 | 100.0 | 0.000 | 0.000 | ||||||||||||||||
| Kangayam | 7 | 100.0 | 0.000 | 0.000 | ||||||||||||||||
| Kankrej | 15 | 6.7 | 86.7 | 6.7 | 0.257 | 0.141 | ||||||||||||||
| Khillar | 20 | 5.0 | 5.0 | 20.0 | 55.0 | 5.0 | 5.0 | 5.0 | 0.679 | 0.102 | ||||||||||
| Krishna Valley | 3 | 33.3 | 33.3 | 33.3 | 1.000 | 0.272 | ||||||||||||||
| Malnad Gidda | 14 | 28.6 | 35.7 | 35.7 | 0.714 | 0.052 | ||||||||||||||
| Mewati | 16 | 81.3 | 18.8 | 0.325 | 0.125 | |||||||||||||||
| Nagori | 17 | 88.2 | 11.8 | 0.221 | 0.12 | |||||||||||||||
| Nimari | 16 | 25.0 | 75.0 | 0.400 | 0.113 | |||||||||||||||
| Ongole | 11 | 100.0 | 0.000 | 0.000 | ||||||||||||||||
| Punganur | 7 | 14.3 | 85.7 | 0.286 | 0.196 | |||||||||||||||
| Rathi | 22 | 4.5 | 4.5 | 90.9 | 0.177 | 0.106 | ||||||||||||||
| Red Sindhi | 17 | 64.7 | 35.3 | 0.485 | 0.078 | |||||||||||||||
| Sahiwal | 52 | 100.0 | 0.000 | 0.000 | ||||||||||||||||
| Tharparkar | 14 | 21.4 | 7.1 | 7.1 | 64.3 | 0.571 | 0.132 | |||||||||||||
| Vechur | 3 | 100.0 | 0.000 | 0.000 | ||||||||||||||||
| Kherigarh | 2 | 50.0 | 50.0 | 1.000 | 0.500 | |||||||||||||||
| Total | 301 | |||||||||||||||||||
| Overall haplotype diversity in B. indicus without subdivision into lineages | 0.630 | 0.027 | ||||||||||||||||||