. 2020 Jun 26;43(3):e20190134. doi: 10.1590/1678-4685-GMB-2019-0134

Table 2. Major cell cycle bioprocesses in clusters 6, 11, 13 and 14 associated with MIOs, IEs and PAHs.

GO ID	p-value	corr p-value	k^*	n^#	Description	Genes in test set
22402	1,64E-22	9,74E-21	77	582	cell cycle process	APP\|CDKN1A\|CETN2\|CLTC\|UBE2D1\|PSMD8\|PSMD9\|PPP3CA\|PSMD7\|PSMD4\|PSMD2\|PSMD3\|PSMD1\|AKT1\|IL12B\|NBN\|POLE\|APC2\|H2AFX\|CDC25A\|DNM2\|PSMA5\|PSMA6\|DNAJC2\|PSMA3\|ADAM17\|PSMA4\|PSMA1\|PSME3\|PSME1\|PSME2\|TP53\|PSMD10\|PSMD12\|PSMD11\|RGS14\|PSMD13\|CUL2\|THBS1\|EGFR\|PSMB10\|PSMB6\|PSMB7\|PSMB4\|C6\|PSMB5\|PSMB2\|PSMB3\|POLD1\|PSMB1\|CLTCL1\|APBB1\|UBE2I\|TGFB1\|SMAD3\|VDR\|RPA1\|MRE11A\|CDC6\|HSPA2\|PSMB8\|MAPK12\|PSMB9\|PPP5C\|RAD50\|PSMC6\|PSMC3\|APC\|IL8\|PSMC4\|PSMC1\|PSMC2\|CDK2\|MDM2\|CTNNB1\|CALR\|SUGT1
278	9,54E-21	5,08E-19	60	380	mitotic cell cycle	APP\|CDKN1A\|CETN2\|CLTC\|UBE2D1\|PSMD8\|PSMD9\|PPP3CA\|PSMD7\|PSMD4\|PSMD2\|PSMD3\|PSMD1\|AKT1\|POLE\|APC2\|CDC25A\|DNM2\|PSMA5\|PSMA6\|DNAJC2\|PSMA3\|ADAM17\|PSMA4\|PSMA1\|PSME3\|PSME1\|PSME2\|PSMD10\|PSMD12\|PSMD11\|RGS14\|PSMD13\|CUL2\|EGFR\|PSMB10\|PSMB6\|PSMB7\|PSMB4\|C6\|PSMB5\|PSMB2\|PSMB3\|POLD1\|PSMB1\|CLTCL1\|UBE2I\|CDC6\|PSMB8\|PSMB9\|PPP5C\|PSMC6\|PSMC3\|APC\|PSMC4\|PSMC1\|PSMC2\|CDK2\|MDM2\|SUGT1
7049	3,12E-18	1,43E-16	84	794	cell cycle	APP\|CDKN1A\|STEAP3\|CCNH\|CETN2\|CLTC\|UBE2D1\|PSMD8\|PSMD9\|PPP3CA\|PSMD7\|PSMD4\|PSMD2\|PSMD3\|PSMD1\|AKT1\|IL12B\|EP300\|NBN\|POLE\|APC2\|ANXA1\|H2AFX\|CDC25A\|DNM2\|PSMA5\|GAK\|PSMA6\|DNAJC2\|PSMA3\|ADAM17\|PSMA4\|PSMA1\|PSME3\|PSME1\|PSME2\|TP53\|PSMD10\|PSMD12\|PSMD11\|RGS14\|PSMD13\|CUL2\|THBS1\|EGFR\|PSMB10\|PSMB6\|PSMB7\|PSMB4\|C6\|PSMB5\|PSMB2\|PSMB3\|POLD1\|PSMB1\|CLTCL1\|APBB1\|UBE2I\|TGFB1\|SMAD3\|VDR\|RPA1\|MRE11A\|CDC6\|HSPA2\|PSMB8\|MAPK12\|PSMB9\|CYLD\|PPP5C\|RAD50\|PSMC6\|PSMC3\|APC\|IL8\|PSMC4\|PSMC1\|PSMC2\|CDK2\|MDM2\|CTNNB1\|REN\|CALR\|SUGT1
22402	4,62E-06	1,46E-04	22	582	cell cycle process	CDKN1A\|NPM1\|UBE2I\|CDKN2A\|CETN2\|PLK1\|H2AFX\|NCAPG\|SMC1A\|MLH1\|CENPA\|NDC80\|SMC2\|MSH6\|PPP2CA\|POLA1\|PPP5C\|MSH2\|FANCD2\|CDK1\|NBN\|TP53
75	5,61E-06	1,73E-04	11	107	cell cycle checkpoint	CDKN1A\|MSH2\|CDKN2A\|PLK1\|H2AFX\|CDK1\|NBN\|PPP2R5C\|SMC1A\|TP53\|ATR
6281	7,00E-12	4,71E-10	22	298	DNA repair	POLQ\|FEN1\|PARP1\|PRKDC\|PARP2\|H2AFX\|RAD23A\|SMC1A\|MLH1\|RAD23B\|DDB2\|MSH6\|POLB\|POLA1\|MSH2\|SUMO1\|FANCD2\|APEX1\|UBE2N\|NBN\|TP53\|ATR
51726	1,37E-05	1,78E-04	19	446	regulation of cell cycle	MAP2K1\|JUN\|CREBBP\|CDKN1A\|HDAC2\|NGF\|TNF\|CYLD\|KAT2B\|IL1A\|ADAM17\|IFNG\|CDC37\|CASP3\|IL1B\|IL12B\|AKT1\|HRAS\|MAP2K6
51726	5,25E-11	1,98E-09	48	447	regulation of cell cycle	CDS1\|CDKN1A\|HDAC2\|TRRAP\|HDAC1\|CITED2\|CUL1\|ILK\|FOXO4\|ETS1\|EGFR\|SOX2\|CCND3\|CCND1\|CDH1\|AKT1\|IL12B\|SFN\|PRKACA\|BTRC\|JUNB\|HRAS\|MEN1\|APC2\|TCF7L2\|JUN\|CREBBP\|MAP2K1\|TIPIN\|SMAD3\|CDKN2A\|GSS\|INSR\|PTPN11\|CDC25C\|CDC25A\|SMARCA4\|FOSL1\|KAT2B\|COPS5\|APC\|PKIA\|MDM2\|TIMELESS\|ATM\|TCF4\|TCF3\|TP53
22402	9,37E-06	1,83E-04	46	583	cell cycle process	CAMK2B\|CDKN1A\|NCAPG2\|CUL1\|UBE2D1\|ILK\|FOXO4\|EGFR\|SOX2\|PPP2CA\|PPP3CA\|CCND1\|CDH1\|RUVBL1\|ABL1\|AKT1\|IL12B\|BTRC\|HRAS\|MEN1\|SKP1\|APC2\|TCF7L2\|MAP2K1\|TIPIN\|UBE2I\|SMAD3\|CSNK1A1\|CDKN2A\|GSS\|CDC25C\|CDC25A\|KAT2B\|PPP5C\|APC\|MDM2\|TIMELESS\|CTNNB1\|NCAPD2\|MDM4\|ATM\|TCF4\|NCAPD3\|TCF3\|TP53\|TAF1
7049	2,41E-05	4,31E-04	55	795	cell cycle	CDKN1A\|STEAP3\|NCAPG2\|UBE2D1\|ILK\|CDC73\|SOX2\|PPP3CA\|CCND1\|CDH1\|RUVBL1\|AKT1\|IL12B\|EP300\|BTRC\|HRAS\|MEN1\|SKP1\|APC2\|MAP2K1\|TIPIN\|ANXA1\|DUSP1\|FBXW11\|CDC25C\|CDC25A\|KAT2B\|TIMELESS\|TP53\|CDS1\|CAMK2B\|CUL1\|FOXO4\|EGFR\|RNF2\|PPP2CA\|ABL1\|TCF7L2\|UBE2I\|SMAD3\|CSNK1A1\|CDKN2A\|GSS\|PPP1CA\|PPP5C\|APC\|MDM2\|CTNNB1\|NCAPD2\|MDM4\|ATM\|TCF4\|NCAPD3\|TCF3\|TAF1
7050	2,63E-05	4,64E-04	18	109	cell cycle arrest	TCF7L2\|CDKN1A\|MAP2K1\|SMAD3\|CDKN2A\|GSS\|CUL1\|ILK\|FOXO4\|SOX2\|KAT2B\|APC\|IL12B\|ATM\|TCF4\|TP53\|HRAS\|MEN1

total number of nodes in the gene ontology (GO) annotation;

number of nodes related to a given GO in the network.