. 2020 Jun 26;43(3):e20190134. doi: 10.1590/1678-4685-GMB-2019-0134

Table 4. Major cell cycle bioprocesses in clusters 2 and 4 associated with IEs.

GO ID	p-value	corr p-	k^*	n^#	Description	Genes in test set
278	6,09E-38	2,63E-36	60	380	mitotic cell cycle	CLTC\|BUB1B\|PSMD8\|CDC20\|PSMD9\|PSMD7\|CDC23\|PSMD2\|PSMD3\|CDC27\|PSMD1\|AKT1\|ANAPC7\|RPS6\|DNM2\|PSMA5\|PSMA6\|PSMA3\|ADAM17\|PSMA4\|PSMA1\|PSME3\|PSME1\|RPL24\|PSME2\|ANAPC4\|ANAPC5\|ANAPC1\|ANAPC2\|PSMD10\|ANAPC13\|PSMD12\|PSMD11\|CUL5\|PSMD13\|CUL2\|ANAPC10\|PSMB10\|ANAPC11\|PSMB6\|PSMB7\|PSMB4\|CCNB1\|FZR1\|PSMB5\|PSMB2\|PSMB3\|PSMB1\|CLTCL1\|PSMB8\|PSMB9\|MAD2L2\|PSMC6\|PSMC3\|PSMC4\|PSMC1\|CDC16\|PSMC2\|MDM2\|MAD2L1
22402	4,93E-32	1,84E-30	65	582	cell cycle process	CLTC\|BUB1B\|PSMD8\|CDC20\|PSMD9\|PSMD7\|CDC23\|PSMD2\|PSMD3\|CDC27\|PSMD1\|AKT1\|ANAPC7\|RPS6\|DNM2\|RAD51B\|PSMA5\|PSMA6\|PSMA3\|ADAM17\|RAD51C\|PSMA4\|PSMA1\|PSME3\|PSME1\|RPL24\|PSME2\|ANAPC4\|ANAPC5\|TP53\|ANAPC1\|ANAPC2\|PSMD10\|ANAPC13\|PSMD12\|PSMD11\|CUL5\|PSMD13\|CUL2\|ANAPC10\|PSMB10\|ANAPC11\|PSMB6\|PSMB7\|PSMB4\|CCNB1\|FZR1\|PSMB5\|PSMB2\|PSMB3\|PSMB1\|CLTCL1\|BARD1\|PSMB8\|PSMB9\|MAD2L2\|PSMC6\|RAD51\|PSMC3\|PSMC4\|PSMC1\|CDC16\|PSMC2\|MDM2\|MAD2L1
7049	1,12E-25	3,45E-24	67	794	cell cycle	CLTC\|BUB1B\|BRCA1\|PSMD8\|CDC20\|PSMD9\|PSMD7\|CDC23\|PSMD2\|PSMD3\|CDC27\|PSMD1\|AKT1\|ANAPC7\|RPS6\|DNM2\|RAD51B\|PSMA5\|GAK\|PSMA6\|PSMA3\|ADAM17\|RAD51C\|PSMA4\|PSMA1\|PSME3\|PSME1\|RPL24\|PSME2\|ANAPC4\|ANAPC5\|TP53\|ANAPC1\|ANAPC2\|PSMD10\|ANAPC13\|PSMD12\|PSMD11\|CUL5\|PSMD13\|CUL2\|ANAPC10\|PSMB10\|ANAPC11\|PSMB6\|PSMB7\|PSMB4\|CCNB1\|FZR1\|PSMB5\|PSMB2\|PSMB3\|PSMB1\|CLTCL1\|BARD1\|PSMB8\|PSMB9\|MAD2L2\|PSMC6\|RAD51\|PSMC3\|PSMC4\|PSMC1\|CDC16\|PSMC2\|MDM2\|MAD2L1
22403	3,84E-07	8,30E-06	30	435	cell cycle phase	ANAPC13\|CUL5\|CLTC\|CUL2\|BUB1B\|ANAPC10\|ANAPC11\|CDC20\|CCNB1\|FZR1\|CDC23\|CDC27\|CLTCL1\|AKT1\|ANAPC7\|RPS6\|DNM2\|RAD51B\|MAD2L2\|ADAM17\|RAD51C\|RAD51\|CDC16\|MDM2\|RPL24\|ANAPC4\|ANAPC5\|ANAPC1\|MAD2L1\|ANAPC2
87	5,19E-06	1,03E-04	21	239	M phase of mitotic cell cycle	ANAPC13\|ANAPC7\|CLTC\|RPS6\|BUB1B\|ANAPC10\|ANAPC11\|CDC20\|MAD2L2\|CCNB1\|FZR1\|CDC23\|CDC27\|CDC16\|CLTCL1\|RPL24\|ANAPC4\|ANAPC5\|ANAPC1\|MAD2L1\|ANAPC2
7049	5,73E-35	4,37E-33	71	794	cell cycle	CCNK\|CDKN1A\|CCNT2\|CCNT1\|MCM7\|CCNH\|CETN2\|BUB1B\|BRCA1\|CKS1B\|CDC20\|CDC23\|EXO1\|CHEK1\|CDC27\|EP300\|NBN\|POLK\|POLE\|TIPIN\|LIG1\|ANAPC7\|LIG4\|LIG3\|RAD51B\|MSH6\|CCNA2\|CCNA1\|RAD51C\|DBF4\|MSH2\|CKS2\|TIMELESS\|MCM3\|ANAPC4\|ANAPC5\|MCM6\|TP53\|ANAPC1\|ANAPC2\|MCM2\|ANAPC13\|BLM\|ANAPC10\|ANAPC11\|CCNB2\|CCNB1\|CDC45\|POLD1\|CLSPN\|BARD1\|UBE2I\|UBE2B\|RPA1\|MRE11A\|CDC7\|CDC6\|MAD2L2\|POLA1\|RAD50\|CDK6\|RAD51\|CDC16\|CDK2\|MDM2\|CDK1\|ATM\|MNAT1\|ATR\|MAD2L1\|TAF1
22403	2,64E-31	1,79E-29	53	435	cell cycle phase	CCNK\|CDKN1A\|CETN2\|BUB1B\|CDC20\|CDC23\|EXO1\|CHEK1\|CDC27\|NBN\|POLK\|POLE\|TIPIN\|ANAPC7\|LIG3\|RAD51B\|MSH6\|CCNA2\|CCNA1\|RAD51C\|DBF4\|CKS2\|TIMELESS\|ANAPC4\|ANAPC5\|ANAPC1\|ANAPC2\|ANAPC13\|BLM\|ANAPC10\|ANAPC11\|CCNB2\|CCNB1\|POLD1\|UBE2I\|UBE2B\|RPA1\|MRE11A\|CDC7\|CDC6\|MAD2L2\|POLA1\|RAD50\|CDK6\|RAD51\|CDC16\|CDK2\|MDM2\|CDK1\|ATM\|MNAT1\|MAD2L1\|TAF1
22402	7,25E-28	4,15E-26	56	582	cell cycle process	CCNK\|CDKN1A\|CETN2\|BUB1B\|CDC20\|CDC23\|EXO1\|CHEK1\|CDC27\|NBN\|POLK\|POLE\|TIPIN\|ANAPC7\|LIG3\|RAD51B\|MSH6\|CCNA2\|CCNA1\|RAD51C\|DBF4\|MSH2\|CKS2\|TIMELESS\|ANAPC4\|ANAPC5\|TP53\|ANAPC1\|ANAPC2\|ANAPC13\|BLM\|ANAPC10\|ANAPC11\|CCNB2\|CCNB1\|POLD1\|BARD1\|UBE2I\|UBE2B\|RPA1\|MRE11A\|CDC7\|CDC6\|MAD2L2\|POLA1\|RAD50\|CDK6\|RAD51\|CDC16\|CDK2\|MDM2\|CDK1\|ATM\|MNAT1\|MAD2L1\|TAF1
51726	1,75E-27	9,46E-26	50	446	regulation of cell cycle	CCNK\|CDKN1A\|CCNT2\|CCNT1\|BUB1B\|BRCA1\|CKS1B\|CCND3\|CDC23\|CASP3\|CHEK1\|NBN\|TIPIN\|DDB1\|CCNA2\|MSH2\|CKS2\|TIMELESS\|TP53\|ANAPC2\|BLM\|ANAPC10\|BRIP1\|CCNB1\|CDC45\|RBBP8\|CLSPN\|BARD1\|JUN\|CREBBP\|UBE2B\|MRE11A\|CDC7\|GTF2H1\|CDC6\|MAD2L2\|CDK7\|COPS5\|CDK6\|ERCC3\|CDC16\|FAM175A\|CDK2\|ERCC2\|MDM2\|CDK1\|ATM\|MNAT1\|ATR\|MAD2L1
75	5,24E-20	2,13E-18	25	107	cell cycle checkpoint	CDKN1A\|BLM\|BUB1B\|BRCA1\|BRIP1\|CCNB1\|CDC45\|CHEK1\|RBBP8\|NBN\|CLSPN\|TIPIN\|CDC6\|DDB1\|MAD2L2\|CCNA2\|MSH2\|ERCC3\|FAM175A\|ERCC2\|CDK1\|ATM\|TP53\|ATR\|MAD2L1
278	4,71E-19	1,88E-17	39	380	mitotic cell cycle	ANAPC13\|CCNK\|CDKN1A\|BLM\|CETN2\|BUB1B\|ANAPC10\|ANAPC11\|CDC20\|CCNB2\|CCNB1\|CDC23\|POLD1\|CDC27\|POLK\|POLE\|TIPIN\|UBE2I\|ANAPC7\|CDC7\|CDC6\|MAD2L2\|CCNA2\|POLA1\|CCNA1\|CDK6\|DBF4\|CDC16\|CDK2\|TIMELESS\|MDM2\|CDK1\|ANAPC4\|ANAPC5\|MNAT1\|ANAPC1\|MAD2L1\|ANAPC2\|TAF1
87	3,12E-14	1,00E-12	28	239	M phase of mitotic cell cycle	ANAPC13\|CCNK\|CETN2\|BUB1B\|ANAPC10\|ANAPC11\|CDC20\|CCNB2\|CCNB1\|CDC23\|CDC27\|POLK\|TIPIN\|UBE2I\|ANAPC7\|CDC6\|MAD2L2\|CCNA2\|CCNA1\|CDC16\|CDK2\|TIMELESS\|CDK1\|ANAPC4\|ANAPC5\|ANAPC1\|MAD2L1\|ANAPC2
51329	2,90E-11	6,99E-10	18	102	interphase of mitotic cell cycle	CDKN1A\|BLM\|CDC7\|CDC6\|ANAPC10\|POLA1\|CCNB1\|CDC23\|CDK6\|DBF4\|POLD1\|CDK2\|MDM2\|ANAPC4\|ANAPC5\|MNAT1\|POLE\|TAF1
51327	1,02E-07	1,44E-06	15	102	M phase of meiotic cell cycle	UBE2B\|RPA1\|MRE11A\|LIG3\|RAD51B\|MSH6\|CCNA1\|RAD50\|RAD51C\|RAD51\|EXO1\|CHEK1\|CKS2\|ATM\|NBN
51321	1,18E-07	1,65E-06	15	103	meiotic cell cycle	UBE2B\|RPA1\|MRE11A\|LIG3\|RAD51B\|MSH6\|CCNA1\|RAD50\|RAD51C\|RAD51\|EXO1\|CHEK1\|CKS2\|ATM\|NBN
10564	8,19E-06	9,75E-05	15	138	regulation of cell cycle process	TIPIN\|CREBBP\|CDKN1A\|UBE2B\|MRE11A\|CDC7\|BRCA1\|ANAPC10\|MAD2L2\|CCNB1\|CDC23\|CDC16\|TIMELESS\|MDM2\|ATM
7093	2,08E-05	2,38E-04	10	52	mitotic cell cycle checkpoint	MAD2L2\|CCNA2\|CDKN1A\|CCNB1\|CDK1\|BUB1B\|ATM\|NBN\|TP53\|MAD2L1
7346	2,63E-05	2,95E-04	16	174	regulation of mitotic cell cycle	CDKN1A\|BUB1B\|CDC6\|ANAPC10\|MAD2L2\|CCNA2\|CCNB1\|CDC23\|CDC16\|CDK2\|MDM2\|CDK1\|ATM\|NBN\|TP53\|MAD2L1
86	9,00E-05	9,82E-04	7	21	G2/M transition of mitotic cell cycle	CDKN1A\|CCNB1\|CDK2\|ANAPC4\|ANAPC5\|ANAPC10\|TAF1

total number of nodes in the gene ontology (GO) annotation;

number of nodes related to a given GO in the netwo