Table 1.

Predictive performance for ${\mathrm{RMSD}}_{\mathrm{ave}}(\pm 1\mathrm{std}.)$ per docking protocol, for each of the four splits considered.

Protocol	RMSE	Pearson’s R	RMSE	Pearson’s R	RMSE	Pearson’s R	RMSE	Pearson’s R
	Random		Ligand Scaffold		Protein Classes		Protein Classes Balanced
autodock-ga	1.60 $(\pm 0.08)$	0.74 $(\pm 0.03)$	1.34 $(\pm 0.26)$	0.38 $(\pm 0.21)$	1.76 $(\pm 0.09)$	0.60 $(\pm 0.05)$	1.48 $(\pm 0.04)$	0.73 $(\pm 0.02)$
autodock-lga	2.01 $(\pm 0.08)$	0.65 $(\pm 0.03)$	1.82 $(\pm 0.41)$	0.30 $(\pm 0.20)$	2.20 $(\pm 0.13)$	0.57 $(\pm 0.05)$	1.89 $(\pm 0.03)$	0.70 $(\pm 0.02)$
autodock-ls	2.04 $(\pm 0.09)$	0.50 $(\pm 0.04)$	1.79 $(\pm 0.18)$	0.50 $(\pm 0.14)$	2.02 $(\pm 0.05)$	0.41 $(\pm 0.04)$	1.93 $(\pm 0.03)$	0.46 $(\pm 0.02)$
glide-sp	2.79 $(\pm 0.18)$	0.52 $(\pm 0.05)$	3.34 $(\pm 0.55)$	0.14 $(\pm 0.14)$	2.84 $(\pm 0.38)$	0.44$(\pm 0.07)$	2.34 $(\pm 0.12)$	0.64 $(\pm 0.03)$
gold-asp	2.43 $(\pm 0.10)$	0.68 $(\pm 0.02)$	2.50 $(\pm 0.58)$	0.50 $(\pm 0.21)$	2.52 $(\pm 0.21)$	0.64 $(\pm 0.14)$	2.08 $(\pm 0.08)$	0.78 $(\pm 0.01)$
gold-chemscore	2.59 $(\pm 0.14)$	0.62 $(\pm 0.03)$	2.74 $(\pm 0.39)$	0.37$(\pm 0.19)$	2.62 $(\pm 0.12)$	0.61 $(\pm 0.03)$	2.25 $(\pm 0.13)$	0.73 $(\pm 0.02)$
gold-goldscore	2.47 $(\pm 0.10)$	0.52 $(\pm 0.03)$	2.44 $(\pm 0.72)$	0.53 $(\pm 0.29)$	2.49 $(\pm 0.19)$	0.51 $(\pm 0.06)$	2.12 $(\pm 0.14)$	0.66 $(\pm 0.03)$
gold-plp	2.49 $(\pm 0.15)$	0.66 $(\pm 0.03)$	2.53 $(\pm 0.52)$	0.32 $(\pm 0.22)$	2.57 $(\pm 0.27)$	0.62 $(\pm 0.06)$	2.14 $(\pm 0.05)$	0.76 $(\pm 0.01)$
plants-chemplp	2.55 $(\pm 0.17)$	0.44 $(\pm 0.02)$	2.68 $(\pm 0.99)$	−0.02 $(\pm 0.06)$	2.55 $(\pm 0.24)$	0.56 $(\pm 0.23)$	2.23 $(\pm 0.13)$	0.58 $(\pm 0.02)$
plants-plp95	3.04 $(\pm 0.09)$	0.42 $(\pm 0.02)$	3.16 $(\pm 0.89)$	−0.12 $(\pm 0.07)$	3.08 $(\pm 0.23)$	0.40 $(\pm 0.03)$	2.58 $(\pm 0.22)$	0.57 $(\pm 0.04)$
plants-plp	2.75 $(\pm 0.17)$	0.43 $(\pm 0.02)$	2.76 $(\pm 0.58)$	0.09 $(\pm 0.37)$	2.79 $(\pm 0.27)$	0.41 $(\pm 0.28)$	2.44 $(\pm 0.10)$	0.54 $(\pm 0.02)$
rdock-solv	3.95 $(\pm 0.23)$	0.35 $(\pm 0.26)$	3.58 $(\pm 0.34)$	0.09 $(\pm 0.08)$	3.73 $(\pm 0.48)$	0.42 $(\pm 0.09)$	3.33 $(\pm 0.22)$	0.54 $(\pm 0.18)$
rdock-std	3.92 $(\pm 0.05)$	0.35 $(\pm 0.25)$	3.62 $(\pm 0.43)$	0.08 $(\pm 0.46)$	3.71 $(\pm 0.41)$	0.42 $(\pm 0.09)$	3.23 $(\pm 0.19)$	0.56 $(\pm 0.03)$
vina-std	2.23 $(\pm 0.03)$	0.40 $(\pm 0.03)$	2.30 $(\pm 0.15)$	0.19 $(\pm 0.38)$	2.35 $(\pm 0.16)$	0.33 $(\pm 0.06)$	1.97 $(\pm 0.12)$	0.69 $(\pm 0.05)$
Average	2.63 $(\pm 0.63)$	0.52 $(\pm 0.11)$	2.62 $(\pm 0.71)$	0.24 $(\pm 0.16)$	2.66 $(\pm 0.57)$	0.50 $(\pm 0.12)$	2.29 $(\pm 0.48)$	0.64 $(\pm 0.10)$