. 2020 Jul 7;12:32. doi: 10.1186/s13099-020-00371-8

Table 2.

Catalogue of phyla, orders, families found in the study cohort

Phylum present in all subjects	Phylum not present in all subjects
Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria	Verrucomicrobia, Fusobacteria, Tenericutes, Spirochaetes, Lentisphaerae, Elusimicrobiae, Cyanobacteria, Synergistetes, Deferribacteres, Acidobacteria, Armatimonadetes, Caldotrichaeota, Chloroflexi, Deinococcus-Thermus, Candidatus, Fibrobacteres, Gemmatomonadetes, Ignavibacteriae, Nitrospinae, Kiritimatiellaeota, Planctomycetes, Balneolaeota, Chlamydiae, Candidatus Falkowbacteria, Candidatus Moranbacteria, Candidatus Saccharibacteria, Candidatus Latescibacteria, Candidatus Melainabacteria,Candidatus Peregrinibacteria, Thermodesulfobacteria, Candidatus Shapirobacteria, Candidatus Jorgensenbacteria, Candidatus Raymondbacteria, Candidatus Schekmanbacteria, Candidatus Doudnabacteria, Candidatus Gracilibacteria, Candidatus Portnoybacteria, Candidatus Yanofskybacteria,Candidatus Parcubacteria, Candidatus Wolfebacteria,Candidatus Lindowbacteria, Candidatus Pacebacteria

Phylum present in all subjects

Phylum not present in all subjects

Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria

Verrucomicrobia, Fusobacteria, Tenericutes, Spirochaetes, Lentisphaerae, Elusimicrobiae, Cyanobacteria, Synergistetes, Deferribacteres, Acidobacteria, Armatimonadetes, Caldotrichaeota, Chloroflexi, Deinococcus-Thermus, Candidatus, Fibrobacteres, Gemmatomonadetes, Ignavibacteriae, Nitrospinae, Kiritimatiellaeota, Planctomycetes, Balneolaeota, Chlamydiae,

Candidatus Falkowbacteria, Candidatus Moranbacteria, Candidatus Saccharibacteria, Candidatus Latescibacteria,

Candidatus Melainabacteria,Candidatus Peregrinibacteria, Thermodesulfobacteria, Candidatus Shapirobacteria, Candidatus Jorgensenbacteria, Candidatus Raymondbacteria, Candidatus Schekmanbacteria, Candidatus Doudnabacteria, Candidatus Gracilibacteria, Candidatus Portnoybacteria, Candidatus Yanofskybacteria,Candidatus Parcubacteria,

Candidatus Wolfebacteria,Candidatus Lindowbacteria,

Candidatus Pacebacteria

Orders present in all subjects	Orders not present in all subjects
Actinomycetales, Bacteroidales, Enterobacterales, Bifidobacteriales, Corynebacteriales, Micrococcales, Clostridiales, Coribacteriales, Erysipelotrichales, Lactobacillales, Pseudomonadales, Tissierellales, Verrucomicrobiales, Vibrionales, Streptomycetales, Flavobacteriales, Bacillales, Selenomonadales, Fusobacteriales, Rhizobiales, Rhodobacterales, Burkholderiales, Neisseriales, Desulfovibrionales, Myxococcales, Campylobacterales, Aeromonadales, Cellvibrionales, Chromatiales, Pasteurellales	Veillonellales, Propionibacteriales, Eggerthellales, Pseudonocardiales, Gaiellales, Armatimonadales, Oceanospirillales, Cytophagales, Acidaminococcales Rhodospirillales, Rickettsiales, Sphingomonadales, Xanthomonadales, Oligoflexales, Sphaerobacterales, Kallotenuales, Chroococcales, Calditrichales, Anaerolineales, Deinococcales, Caulobacterales, Nitrosomonadales, Bradymonadales, Desulfobacterales, Alteromonadales, Arenicellales, Cardiobacteriales, Legionellales, Immundisolibacterales, Thiotrichales, Mariprofundales, Spirochaetales, Synergistales, Mycoplasmatales, Acidimicrobiales, Acidothermales, Frankiales, Kineosporiales, Euzybyales, Gaiellales, Marinilabiliales, Deferribacterales, Fibrobacterales, Gemmatimonadales, Victivallales, Acidithiobacillales, Holosporales, Rhodocyclales, Desulfuromonadales, Acholeplasmatales, Methylococcales, Bacteriovoracales, Bdellovibrionales, Brachyspirales, Anaeroplasmatales, Opitutales, Puniceicoccales, Saprospirales, Halanaerobiales, Ignavibacteriales, Planctomycetales, Magnetococcales, Haloplasmatales, Acidobacterales, Solibacterales, Rubrobacterales, Chitinophagales, Sneathellales, Micromonosporales, Parachlamydiales, Caldilineales, Thermomicrobiales, Limnochordales, Chthoniobacterales, Jiangellales, Streptosporangialles, Thermoanaerobacterales, Kordiimonadales, Acidiferrobacterales, Nakamurellales, Solirubrobacterales, Dehalococcoidales, Endomicrobiales, Holophagales, Ardenticatenales, Nostocales, Gloebacterales, Parvularculales, Pelagibacteriales, Natranaerobiales, Desulfarculales, Syntrophobacterales, Synechococcales, Geodermatophilales, Methylacidophilales, Kiloniellales, Hydrogenophilales, Nitriliruptorales, Balneolales, Ktedonobacterales, Salinisphaerales, Chloroflexales, Ferrovales, Orbales, Nitriruptorales, Fimbrimonadales, Oligosphaerales, Nitrospirales, Neviskiales, Entomoplasmatales, Acanthopleuribacterales, Pleurocapsales Longimicrobiales.

Orders present in all subjects

Orders not present in all subjects

Actinomycetales, Bacteroidales, Enterobacterales, Bifidobacteriales, Corynebacteriales, Micrococcales, Clostridiales, Coribacteriales, Erysipelotrichales, Lactobacillales, Pseudomonadales, Tissierellales, Verrucomicrobiales, Vibrionales, Streptomycetales, Flavobacteriales, Bacillales, Selenomonadales, Fusobacteriales, Rhizobiales, Rhodobacterales, Burkholderiales, Neisseriales, Desulfovibrionales, Myxococcales, Campylobacterales, Aeromonadales, Cellvibrionales, Chromatiales, Pasteurellales

Veillonellales, Propionibacteriales, Eggerthellales, Pseudonocardiales, Gaiellales, Armatimonadales, Oceanospirillales, Cytophagales, Acidaminococcales Rhodospirillales, Rickettsiales, Sphingomonadales, Xanthomonadales, Oligoflexales, Sphaerobacterales, Kallotenuales, Chroococcales, Calditrichales, Anaerolineales, Deinococcales, Caulobacterales, Nitrosomonadales, Bradymonadales, Desulfobacterales, Alteromonadales, Arenicellales, Cardiobacteriales, Legionellales, Immundisolibacterales, Thiotrichales, Mariprofundales, Spirochaetales, Synergistales, Mycoplasmatales, Acidimicrobiales, Acidothermales, Frankiales, Kineosporiales, Euzybyales, Gaiellales, Marinilabiliales, Deferribacterales, Fibrobacterales, Gemmatimonadales, Victivallales, Acidithiobacillales, Holosporales, Rhodocyclales, Desulfuromonadales, Acholeplasmatales, Methylococcales, Bacteriovoracales, Bdellovibrionales, Brachyspirales, Anaeroplasmatales, Opitutales, Puniceicoccales, Saprospirales, Halanaerobiales, Ignavibacteriales, Planctomycetales, Magnetococcales, Haloplasmatales, Acidobacterales, Solibacterales, Rubrobacterales, Chitinophagales, Sneathellales, Micromonosporales, Parachlamydiales, Caldilineales, Thermomicrobiales, Limnochordales, Chthoniobacterales, Jiangellales, Streptosporangialles, Thermoanaerobacterales, Kordiimonadales, Acidiferrobacterales, Nakamurellales, Solirubrobacterales, Dehalococcoidales, Endomicrobiales, Holophagales, Ardenticatenales, Nostocales, Gloebacterales, Parvularculales, Pelagibacteriales, Natranaerobiales, Desulfarculales, Syntrophobacterales, Synechococcales, Geodermatophilales, Methylacidophilales, Kiloniellales, Hydrogenophilales, Nitriliruptorales, Balneolales, Ktedonobacterales, Salinisphaerales, Chloroflexales, Ferrovales, Orbales, Nitriruptorales, Fimbrimonadales, Oligosphaerales, Nitrospirales, Neviskiales, Entomoplasmatales, Acanthopleuribacterales, Pleurocapsales Longimicrobiales.

Families present in all subjects	Families not present in all subjects
Actinomycetaceae, Bifidobacteriaceae, Corynebacteriaceae, Microbacteriaceae, Micrococcaceae, Streptomycetaceae, Atopobiaceae, Coriobacteriaceae, Bacteroidaceae, Prevotellaceae, Rickenellaceae, Flavobacteriaceae, Bacillaceae, Staphylococcaceae, Aerococcaceae, Carnobacteriaceae, Enterococcaceae, Lactobacillaceae, Streptococcaceae, Christencenellaceae, Clostridiaceae, Clostridiales Family XIII Incertae Sedis, Lachnospiraceae, Peptococcaceae, Peptostreptococcaceae, Ruminococcaceae, Erysipelotrichaceae, Selenomonadaceae, Veillonellaceae, Peptoniphilaceae, Fusobacteriaceae, Methylobacteriaceae, Rhodobacteraceae, Neisseriaceae, Campylobacteraceae, Succinivibrionaceae, Enterobacteriaceae, Pasteurellaceae, Vibrionaceae, Akkermansiaceae	Solibacteraceae, Gordoniaceae, Dietziaceae, Nocardiaceae, Brevibacteriaceae, Dermacoccaceae, Dermatophilaceae, Intrasporangiaceae, Nocardioidaceae, Propionibacteriaceae, Pseudonocardiaceae, Eggerthellaceae, Dysgomonadaceae, Lentimicrobiaceae, Muribaculaceae, Odoribacteraceae, Paludibacteraceae, Prolixibacteraceae, Porphyromonadaceae, Tannerellaceae, Cytophagaceae, Microscillaceae, Calditrichaceae, anaerolineaceae, Deinococcaceae, Saprospiraceae, Alicyclobacilaceae, Planococcaceae, Leuconostocaceae, Caldicoprobacteraceae, Eubacteriaceae, Oscillosporaceae, Syntrophomonadaceae, Acidaminococcaceae, Leptotrichiaceae, Caulobacteraceae, Hyphomonadaceae, Erythrobacteraceae, Sphingomonadaceae, Burkholderiaceae, Comamonadaceae, Suttarellaceae, Nitrosomonadaceae, Bradymonadaceae, Desulfobulbaceae, Desulfovibrionaceae, Helicobacteraceae, aeromonadaceae, Shewanellaceae, Arenicellaceae, Cardiobacteriaceae, Helieaceae, Spongibacteraceae, Chromatiaceae, Erwiniaceae, Morganellaceae, Pectobacteriaceae, Yersiniaceae, Immundisolibacteraceae, Coxiellaceae, Alcanivoraceae, Endozoicomonaceae, Halomonadaceae, Oceanospirillaceae, Thiotrichaceae, Xanthomonadaceae, Oligoflexaceae, Mariprofundaceae, Spirochaetaceae, Synergiataceae, Mycoplasmataceae, Fabaceae, Acidimicrobiaceae, Mycobacteriaceae, Sphingobacteriaceae, Sporichthyaceae, Kineosporiaceae, Bogoriellaceae, Dermabacteraceae, Microcystaceae, Deferribacteraceae, Elusimicrobiaceae, Fibrobacteraceae, Defluvitaleaceae, Thermoactinomycetaceae, Sporomusaceae, Gemmatimonadaceae, Acidithiobacillaceae, Candidatus Paracaedibacteraceae, Hyphomicrobiaceae, Acetobacteraceae, Geminicoccaceae, Rickettsiaceae, Oxalobacteraceae, Thiobacillaceae, Azonexaceae, Rhodocyclaceae, Zoogloeaceae, Desulfomicrobiaceae, Desulfuromonadaceae, Geobacteraceae, Alteromonadaceae, Moritellaceae, Porticoccaceae, Halothiobacillaceae, Hafniaceae, Legionellaceae, Methylococcaceae, Bactriovoracaceae, Bdellovibrionaceae, Brachyspiraceae, Anaeroplasmataceae, Opitutaceae, Puniceicoccaceae, Frankiaceae, Promicromonosporaceae, Listeriaceae, Paenibacillaceae, Sporolactobacillaceae, Halanaerobiaceae, Halobacteroidaceae, Ignavibacteriaceae, Magnetococcaceae, Chromobacteriaceae, Desulfobacteriaceae, Sandaracinaceae, Williamsiaceae, Gemmataceae, Rhodospirillaceae, Kofleriaceae, Pseudoalteromonadaceae, Microbulbiferaceae, Hanellaceae, Saccharospirillaceae, Rhodoanobacteraceae, Bryobacteraceae, Beijerinckiaceae, Sneathiellaceae, Haloplasmataceae,Tsukamurellaceae, Micromonosporaceae, Barnesiellaceae, Cyclobacteraceae, Parachlamydiaceae, Caldiliniaceae, Aurantimonadaceae, Rhizobiaceae, Ectothiorhodospiraceae, Jiangellaceae, Cellumonadaceae, Rubrobacteraceae, Chitinophagaceae, Bradyrhizobiaceae, Brucellaceae, Cellvibrionaceae, Nakamurellaceae, Segniliparaceae, Amoebophilaceae, Cryomorphaceae, Endomicrobiaceae, Pasteuriaceae, Clostridiales Family XVIII Incertae Sedis, Gracilibacteraceae, Thermodesulfobiaceae, Isophaeraceae, Planctomycetaceae, Anaplasmataceae, Candidatus Midichloriaceae, Methylophilaceae, Polyangiaceae, Oleiphilaceae, Leptospiraceae, Verrucomicrobiaceae, Holophagaceae, Crocinitomicaceae, Gottschalkiaceae, Victivallaceae, Parvularculaceae, Alcaligenaceae, Competibacteraceae, Psychromonadaceae, Woeseiaceae, Acholeplasmataceae, Sanguibacteraceae, Thermoanaerobacterales Family III Incertae Sedis, Desulfarculaceae, Geodermatophilaceae, Natramaerobiaceae, Liminochordaceae,Anaeromyxobacteraceae, Hymenobacteraceae, Trueperaceae, Archangiaceae, Rubritaleaceae, Idiomarinaceae, Hydrogenophilaceae, Nitriliruptoraceae, Flammeovirgaceae, Ichthyobacteriaceae, Proteinivoraceae, Rhodobiaceae, Xanthobacteraceae, Chlamydiaceae, Orbaceae, Blattabacteriaceae, Nitrospiraceae, Chthoniobacteraceae, Cohaesibacteraceae, Acanthopleuribacteraceae, Parviterribacteraceae, Xenococcaceae, Longimicrobiaceae, Galiionellaceae, Syntrophaceae, Thorselliaceae, Beutenbergiaceae, Thermoanaerobacterales, Family IV Incertae Sedis, Phyllobacteriaceae, Sterolibacteriaceae, Ferrimonadaceae.

Families present in all subjects

Families not present in all subjects

Actinomycetaceae, Bifidobacteriaceae, Corynebacteriaceae, Microbacteriaceae, Micrococcaceae, Streptomycetaceae, Atopobiaceae, Coriobacteriaceae, Bacteroidaceae, Prevotellaceae, Rickenellaceae, Flavobacteriaceae, Bacillaceae, Staphylococcaceae, Aerococcaceae, Carnobacteriaceae, Enterococcaceae, Lactobacillaceae, Streptococcaceae, Christencenellaceae, Clostridiaceae, Clostridiales Family XIII Incertae Sedis, Lachnospiraceae, Peptococcaceae, Peptostreptococcaceae, Ruminococcaceae, Erysipelotrichaceae, Selenomonadaceae, Veillonellaceae, Peptoniphilaceae, Fusobacteriaceae, Methylobacteriaceae, Rhodobacteraceae, Neisseriaceae, Campylobacteraceae, Succinivibrionaceae, Enterobacteriaceae, Pasteurellaceae, Vibrionaceae, Akkermansiaceae

Solibacteraceae, Gordoniaceae, Dietziaceae, Nocardiaceae, Brevibacteriaceae, Dermacoccaceae, Dermatophilaceae, Intrasporangiaceae, Nocardioidaceae, Propionibacteriaceae, Pseudonocardiaceae, Eggerthellaceae, Dysgomonadaceae, Lentimicrobiaceae, Muribaculaceae, Odoribacteraceae, Paludibacteraceae, Prolixibacteraceae, Porphyromonadaceae, Tannerellaceae, Cytophagaceae, Microscillaceae, Calditrichaceae, anaerolineaceae, Deinococcaceae, Saprospiraceae, Alicyclobacilaceae, Planococcaceae, Leuconostocaceae, Caldicoprobacteraceae, Eubacteriaceae, Oscillosporaceae, Syntrophomonadaceae, Acidaminococcaceae, Leptotrichiaceae, Caulobacteraceae, Hyphomonadaceae, Erythrobacteraceae, Sphingomonadaceae, Burkholderiaceae, Comamonadaceae, Suttarellaceae, Nitrosomonadaceae, Bradymonadaceae, Desulfobulbaceae, Desulfovibrionaceae, Helicobacteraceae, aeromonadaceae, Shewanellaceae, Arenicellaceae, Cardiobacteriaceae, Helieaceae, Spongibacteraceae, Chromatiaceae, Erwiniaceae, Morganellaceae, Pectobacteriaceae, Yersiniaceae, Immundisolibacteraceae, Coxiellaceae, Alcanivoraceae, Endozoicomonaceae, Halomonadaceae, Oceanospirillaceae, Thiotrichaceae, Xanthomonadaceae, Oligoflexaceae, Mariprofundaceae, Spirochaetaceae, Synergiataceae, Mycoplasmataceae, Fabaceae, Acidimicrobiaceae, Mycobacteriaceae, Sphingobacteriaceae, Sporichthyaceae, Kineosporiaceae, Bogoriellaceae, Dermabacteraceae, Microcystaceae, Deferribacteraceae, Elusimicrobiaceae, Fibrobacteraceae, Defluvitaleaceae, Thermoactinomycetaceae, Sporomusaceae, Gemmatimonadaceae, Acidithiobacillaceae, Candidatus Paracaedibacteraceae, Hyphomicrobiaceae, Acetobacteraceae, Geminicoccaceae, Rickettsiaceae, Oxalobacteraceae, Thiobacillaceae, Azonexaceae, Rhodocyclaceae, Zoogloeaceae, Desulfomicrobiaceae, Desulfuromonadaceae, Geobacteraceae, Alteromonadaceae, Moritellaceae, Porticoccaceae, Halothiobacillaceae, Hafniaceae, Legionellaceae, Methylococcaceae, Bactriovoracaceae, Bdellovibrionaceae, Brachyspiraceae, Anaeroplasmataceae, Opitutaceae, Puniceicoccaceae, Frankiaceae, Promicromonosporaceae, Listeriaceae, Paenibacillaceae, Sporolactobacillaceae, Halanaerobiaceae, Halobacteroidaceae, Ignavibacteriaceae, Magnetococcaceae, Chromobacteriaceae, Desulfobacteriaceae, Sandaracinaceae, Williamsiaceae, Gemmataceae, Rhodospirillaceae, Kofleriaceae, Pseudoalteromonadaceae, Microbulbiferaceae, Hanellaceae, Saccharospirillaceae, Rhodoanobacteraceae, Bryobacteraceae, Beijerinckiaceae, Sneathiellaceae, Haloplasmataceae,Tsukamurellaceae, Micromonosporaceae, Barnesiellaceae, Cyclobacteraceae, Parachlamydiaceae, Caldiliniaceae, Aurantimonadaceae, Rhizobiaceae, Ectothiorhodospiraceae, Jiangellaceae, Cellumonadaceae, Rubrobacteraceae, Chitinophagaceae,

Bradyrhizobiaceae, Brucellaceae, Cellvibrionaceae, Nakamurellaceae, Segniliparaceae, Amoebophilaceae, Cryomorphaceae, Endomicrobiaceae, Pasteuriaceae, Clostridiales Family XVIII Incertae Sedis, Gracilibacteraceae, Thermodesulfobiaceae, Isophaeraceae, Planctomycetaceae, Anaplasmataceae, Candidatus Midichloriaceae, Methylophilaceae, Polyangiaceae, Oleiphilaceae, Leptospiraceae, Verrucomicrobiaceae, Holophagaceae, Crocinitomicaceae, Gottschalkiaceae, Victivallaceae, Parvularculaceae, Alcaligenaceae, Competibacteraceae, Psychromonadaceae, Woeseiaceae, Acholeplasmataceae, Sanguibacteraceae, Thermoanaerobacterales Family III Incertae Sedis, Desulfarculaceae, Geodermatophilaceae, Natramaerobiaceae, Liminochordaceae,Anaeromyxobacteraceae, Hymenobacteraceae, Trueperaceae, Archangiaceae, Rubritaleaceae, Idiomarinaceae, Hydrogenophilaceae, Nitriliruptoraceae, Flammeovirgaceae, Ichthyobacteriaceae, Proteinivoraceae, Rhodobiaceae, Xanthobacteraceae, Chlamydiaceae, Orbaceae, Blattabacteriaceae, Nitrospiraceae, Chthoniobacteraceae, Cohaesibacteraceae, Acanthopleuribacteraceae, Parviterribacteraceae, Xenococcaceae, Longimicrobiaceae, Galiionellaceae, Syntrophaceae, Thorselliaceae, Beutenbergiaceae, Thermoanaerobacterales, Family IV Incertae Sedis, Phyllobacteriaceae, Sterolibacteriaceae, Ferrimonadaceae.