Table 5.

Primers sequences, target genes, amplicon sizes and cycling conditions.

Target gene	Sequence		Amplified segment (bp)		Primary denaturation		Amplification (35 cycles)					References
							Secondary denaturation	Annealing	Extension	Final extension
Virulence genes used for E. coli isolates
fimH	TGCAGAACGGATAAGCCGTGG GCAGTCACCTGCCCTCCGGTA		508		94 °C/5 min		94 °C/30 s	50 °C/40 s	72 °C/45 s	72 °C/10 min		81
hly	AACAAGGATAAGCACTGTTCTGGCT ACCATATAAGCGGTCATTCCCGTCA		1,177		94 °C/5 min		94 °C/30 s	60 °C/40 s	72 °C/1 min	72 °C/12 min		82
papC	TGATATCACGCAGTCAGTAGC CCGGCCATATTCACATAA		501		94 °C/5 min		94 °C/30 s	58 °C/40 s	72 °C/40 s	72 °C/10 min		83
eaeA	ATGCTTAGTGCTGGTTTAGG GCCTTCATCATTTCGCTTTC		248		94 °C/5 min		94 °C/30 s	51 °C/30 s	72 °C/30 s	72 °C/7 min		84
Virulence genes used for Klebsiella pneumonia isolatesa
rmpA	ACTGGGCTACCTCTGCTTCA CTTGCATGAGCCATCTTTCA		535		94 °C/5 min		94 °C/30 s	50 °C/40 s	72 °C/40 s	72 °C/10 min		85
TraT	GATGGCTGAACCGTGGTTATG CACACGGGTCTGGTATTTATGC		307		94 °C/5 min		94 °C/30 s	55 °C/30 s	72 °C/30 s	72 °C/7 min		86
aerobactin	GCATAGGCGGATACGAACAT CACAGGGCAATTGCTTACCT		556		94 °C/5 min		94 °C/30 s	50 °C/40 s	72 °C/45 s	72 °C/10 min		32
Virulence genes used for Proteus mirabilis isolatesa
atpD	GTATCATGAACGTTCTGGGTAC TGAAGTGATACGCTCTTGCAG		595		94 °C/5 min		94 °C/30 s	58 °C/40 s	72 °C/45 s	72 °C/10 min		87
Virulence genes used for pseudomonas aeruginosa isolates
toxA	GACAACGCCCTCAGCATCACCAGC CGCTGGCCCATTCGCTCCAGCGCT		396		94 °C/5 min		94 °C/30 s	55 °C/40 s	72 °C/40 s	72 °C/10 min		88
lasB	ACAGGTAGAACGCACGGTTG GATCGACGTGTCCAAACTCC		1,220		94 °C/5 min		94 °C/30 s	54 °C/40 s	72 °C/1 min	72 °C/10 min		89
pslA	TCCCTACCTCAGCAGCAAGC TGTTGTAGCCGTAGCGTTTCTG		656		94 °C/5 min		94 °C/30 s	60 °C/40 s	72 °C/45 s	72 °C/10 min		90
fliC	TGAACGTGGCTACCAAGAACG TCTGCAGTTGCTTCACTTCGC		180		94 °C/5 min		94 °C/30 s	56.2 °C/30 s	72 °C/30 s	72 °C/7 min
Virulence genes used for acinetobacter baumannii isolatesa
cnf1	TATATAGTCGTCAAGATGGA CACTAAGCTTTACAATATTGAC		620		94 °C/5 min		94 °C/30 s	63 °C/40 s	72 °C/30 s	72 °C/10 min		91
iutA	GGCTGGACATGGGAACTGG CGTCGGGAACGGGTAGAATCG		300		94 °C/5 min		94 °C/30 s	63 °C/30 s	72 °C/45 s	72 °C/7 min		92
cvaC	CACACACAAACGGGAGCTGTT CTTCCCGCAGCATAGTTCCAT		760		94 °C/5 min		94 °C/30 s	63 °C/40 s	72 °C/ 45 s	72 °C/10 min
Antibiotics resistance genes for all isolates including Pseudomonas aeruginosa
blaTEM	ATCAGCAATAAACCAGC CCCCGAAGAACGTTTTC		516		94 °C/5 min		94 °C/30 s	54 °C/40 s	72 °C/45 s	72 °C/10 min		93
blaSHV	AGGATTGACTGCCTTTTTG ATTTGCTGATTTCGCTCG		392		94 °C/5 min		94 °C/30 s	54 °C/40 s	72 °C/45 s	72 °C/10 min		82
blaCTX	ATGTGCAGYACCAGTAARGTK ATGGC TGGGTRAARTARGTSACCAGA AYCAGCGG		593		94 °C/5 min		94 °C/30 s	54 °C/40 s	72 °C/45 s	72 °C/10 min		94
qnrs	ACGACATTCGTCAACTGCAA TAAATTGGCACCCTGTAGGC		417		94 °C/5 min		94 °C/30 s	55 °C/40 s	72 °C/45 s	72 °C/10 min		95
aac(3)-Ia	TTGATCTTTTCGGTCGTGAGT TAAGCCGCGAGAGCGCCAACA		150		94 °C/5 min		94 °C/30 s	55 °C/30 s	72 °C/30 s	72 °C/7 min		96
Antibiotics resistance gene for Pseudomonas aeruginosa isolate
mexR	GCGCCATGGCCCATATTCAG GGCATTCGCCAGTAAGCGG		637		94 °C/5 min		94 °C/30 s	55 °C/30 s	72 °C/30 s	72 °C/7 min		97

The specific sequences that were amplified for each of the used primers (Metabion, Germany).

^afimH gene was also detected for these isolates.