Table 2.
Primer sequences, annealing temperatures, cycle numbers, and product sizes for quantitative RT-PCR.
Gene (abbreviation) | Primer sequence forward/reverse | Annealing temperature (°C) | Quantitative RT-PCR cycles | Size of amplified products (bp) |
---|---|---|---|---|
p75NTR | 5′-CCGAGGCACCACCGACAACC-3′/5′-TGCTTGCAGCTGTTCCACCTCT-3′ | 60 | 40 | 108 |
N-cadherin | 5′-GAAAGACCCATCCACGCCGAGC-3′/5′-TCAGCCGCTTTAAGGCCCTCATT-3′ | 60 | 40 | 101 |
NANOG | 5′-TCCAACATCCTGAACCTCAGCTA-3′/5′-AGGTTCCCAGTCGGGTTCAC-3′ | 60 | 40 | 193 |
MEST | 5′-ATGGGCCATTGGATCCTGTA-3′/5′-CAGAAGGAGTTGATGAAGCCCA-3′ | 60 | 40 | 169 |
CCND1 | 5′-AGGAGAACAAACAGATCA-3′/5′-TAGGACAGGAAGTTGTTG-3′ | 60 | 40 | 163 |
CCNE1 | 5′-GCCAGCCTTGGGACAATAATG-3′/5′-CTTGCACGTTGAGTTTGGGT-3′ | 60 | 40 | 104 |
ALP | 5′-GGACCATTCCCACGTCTTCAC-3′/5′-CCTTGTAGCCAGGCCCATTG-3′ | 60 | 40 | 137 |
Osterix | 5′-GCCATTCTGGGCTTGGGTATC-3′/5′-GAAGCCGGAGTGCAGGTATCA-3′ | 60 | 40 | 129 |
PPARγ | 5′-TATTCTCAGTGGAGACCGCC-3′/5′-TGAGGACTCAGGGTGGTTCA-3′ | 60 | 40 | 115 |
C/EBPα | 5′-GGTGGACAAGAACAGCAAGGA-3′/5′-GTCATTGTCACTGGTCAGCTC-3′ | 60 | 40 | 135 |
COL-2 | 5′-CAACCAGGACCAAAGGGACA-3′/5′-ACCTTTGTCACCACGATCCC-3′ | 60 | 40 | 129 |
Aggrecan | 5′-TGGTGATGATCTGGCACGAG-3′/5′-CGTGAGCTCCGCTTCTGTAG-3′ | 60 | 40 | 124 |
COL-1 | 5′-CCCGGGTTTCAGAGACAACTTC-3′/5′-TCCACATGCTTTATTCCAGCAATC-3′ | 60 | 40 | 148 |
PLAP-1 | 5′-ATGGGAGTCTTGCTAACATACCAC-3′/5′-CAGAAGTCATTTACTCCCACTCTTG-3′ | 60 | 40 | 154 |
POSTN | 5′-CACAACCTGGAGACTGGACA-3′/5′-TGCTTCCTTGTGTGGTCTTT-3′ | 60 | 40 | 198 |
β-Actin | 5′-ATTGCCGACAGGATGCAGA-3′/5′-GAGTACTTGCGCTCAGGAGGA-3′ | 60 | 40 | 89 |