Table 1.
Overview of SKY results of parenchymal tumors and SVZ samples from seven Type 1 and six Type 2 cases from p53R172H CKO models.
| Sample name | WGD | cNRTs | Non-cNRTs and RTs | Fusions; ring chromosomes |
|---|---|---|---|---|
| Type 1 cases (n = 7) | ||||
| Mouse 8 | ||||
| 130620#1 | ||||
| T_Late P2 | Yes | t(11;7) t(10;4) | t(17;7;14) t(4;7;16) t(Y;2) t(13;Y) t(11;14) t(10;16)? t(1;7;12) t(5;7;5) t(1;7;1) t(15;19) t(1;4;3) t(15;4) t(1;2) t(1;7) t(15;7) | f(3;3) f(12;12) |
| SVZ-L P2 | No | – | – | – |
| SVZ-R P2 | No | – | – | – |
| Mouse 15 | ||||
| 121211#1 | ||||
| T P5 | Yes | t(2;17) t(7;14) t(8;11) | t(X;13) t(5;3) t(4;1) t(8;2) t(8;15) t(2;7)& t(7;2) t(8;14) t(4;11) t(12;17) | – |
| SVZ-L P1 | No | – | – | – |
| Mouse 9 | ||||
| 130504#1 | ||||
| T P2 | Yes | t(14;X) | t(8;15) t(6;11) t(16;16) t(11;6) t(4;18) t(17;19) t(13;3) t(2;10) t(1;7) t(9;X) t(15;14) t(15;5) t(5;16) t(10;11) t(4;7) t(2;18) t(15;6) t(14;15) t(1;14) t(X;12) t(4;8) | ring(3;3) ring(7;17) f(5;15) ring(1;1) f(5;5) f(13;13) ring(16;15) ring(12;12) ring(15;15) ring(14;11) f(3;1) f(9;7) |
| SVZ-L P4 | No | – | t(8;8) t(14;11) t(17;12) t(1;8) t(5;11) t(15;3) t(14;4) t(5;15) t(13;19)? t(5;Y) t(15;Y) | f(8;3) ring(10;10) ring(14;11) |
| Mouse 16 | ||||
| 130125#3 | ||||
| T P4 | Yes | t(9;11) | t(4;4) t(4;9)? t(4;X) t(18;1)? t(X;10)? t(X;9) t(11;X) t(1;2) t(X;3) t(16;X)? t(4;6) t(11;X)& t(X;11) t(9;1) t(14;3) t(2;10)? t(14;4) t(14;10) t(16;5) t(X;12) t(2;3) t(4;6)? | f(8;8) f(7;7) f(16;16) ring(4;4) ring(9;4) |
| SVZ-L P4 | Yes | t(11;8) t(6;6) | t(5;3;5) t(3;16) t(6;18) t(1;7) t(6;6;8) t(8;6) t(4;14) t(4;3;11) t(3;15) t(9;17) t(4;3) t(6;6;9) t(3;9) t(8;11) t(4;5) t(3;8) t(9;17) t(12;5;3;5) t(15;10) t(3;17) t(3;7) t(8;18) t(3;12) t(8;6)&t(6;8) t(1;2) | f(8;8) f(10;14) ring(4;6) ring(6;15) ring(3;3) |
| Mouse 13 | ||||
| 121029#1 | ||||
| T_Late P1 | Yes | – | t(X;8) t(8;2) | f(7;11) ring(8;8) ring(3;8;8) ring(1;1) |
| T_Early P3 | Yes | t(8;2) | t(2;6) t(5;17) t(4;4;16) t(14;16) t(12;17) t(14;1) t(14;10) t(19;15) t(1;5;1) t(12;X) t(1;2) t(8;1) t(X;14) t(10;15) t(4;2) t(14;2) t(4;19) t(3;14) t(17;3) t(14;3) t(12;18)&t(18;12) | – |
| SVZ-L P2 | Yes | – | t(1;8) t(8;7) | f(13;1) |
| t(8;X) t(6;1) t(X;3) t(X;17) t(X;15) t(X;1) t(8;14) t(6;5) t(13;16) t(1;5) t(6;12) t(3;8) t(3;2) t(8;15) t(2;2) t(15;6) | f(17;19) f(19;5) f(19;19) f(9;9) f(6;12) f(19;4;19)? f(5;9)? f(3;9) | |||
| Mouse 11 | ||||
| 130312#10 | ||||
| Tumor_A P2 | Yes | t(4;9) | t(13;6) t(11;19) t(15;13) t(14;8) t(14;5) t(1;17) t(4;6) t(1;7) t(4;10) t(2;5) t(2;5) t(12;13) t(11;6) t(X;10) t(11;2) t(12;17) t(4;8) t(X;2) | f(X;19) f(3;9) f(X;9) f(15;12) f(13;13) f(7;9) f(8;10) ring(12;6) ring(7;7) ring(1;X) |
| Tumor_P P2 | Yes | – | t(2;18;6) t(7;1) t(4;6) t(13;11) t(3;X) t(14;8) t(13;5) | f(19;19) ring(X;4) |
| SVZ-L P1 | Yes | – | t(19;17) t(10;17) t(4;19) t(X;9) t(4;X) t(4;5) | f(7;7) ring(12;12) |
| Mouse 1 | ||||
| 120123#1 | ||||
| T P2 | Yes | t(7;17) | t(2;11) t(7;4) t(11;2) t(11;1) t(10;2) t(1;8) t(2;10) t(11;3) t(14;1) t(1;7;17) | ring(11;11) ring(4;4) ring(14;14) ring(13;13) |
| SVZ-L P1 | Yes | t(7;17) | t(17;7) t(5;14) t(14;11) t(8;18) t(1;10) t(12;4) t(11;14) | ring(11;11) ring(4;4) ring(13;13) ring(1;1) ring(10;10) ring(2;2) |
| Type 2 cases(n = 6) | ||||
| Mouse 2 | ||||
| 120301#1 | ||||
| T1 P1 | Yes | t(2;4) | t(2;4)a t(14;15) t(3;11) t(11;17) t(17;X) t(9;2) t(9;3) t(3;3) t(7;12) t(2;11)&t(11;2) | f(18;14) |
| T2 P2 | Yes | t(2;4) | t(3;4) t(14;5) t(5;14) t(7;8) t(10;11)a | f(18;14) f(11;18) |
| SVZ-L P2 | No | t(2;4) t(3;8) t(10;11) | t(8;Y) | – |
| SVZ-R P2 | No | – | t(2;4) t(1;12) t(12;2) t(10;19) t(11;13) t(15;1;Y) t(4;7) t(8;11) | – |
| Mouse 3 | ||||
| 120417#1 | ||||
| TR P2 | Yes | t(11;11) | t(9;11) t(1;9) t(3;1) t(17;7) t(4;7) | – |
| TL P3 | No | – | t(11;11) t(X;1)&t(1;X) t(14;4) t(7;14) t(9;16) t(X;16) | f(X;11) f(8;14) ring(11;11) |
| SVZ-R P2 | No | t(11;11) | t(2;5) t(3;11) t(3;16) | – |
| SVZ-L P3 | No | – | t(11;11) | f(18;2) |
| Mouse 6 | ||||
| 120717#1 | ||||
| T_Late P4 | Yes | t(11;11) | t(4;2) t(7;17) t(17;2) t(2;13) t(9;11) t(4;7) | f(11;11) ring(14;14) ring(13;19) ring(2;19) ring(5;7) ring(11;4) |
| T_Early P4 | Yes | t(11;11) | t(11;19) t(13;19) t(X;7) t(7;3) t(7;11) t(16;14) t(3;16) t(7;X;7) t(15;13) t(X;15) t(3;1) t(16;11) t(X;3) t(4;3) t(12;19) t(9;11) | ring(14;14) |
| SVZ-L P4 | No | t(11;11) | t(14;17) | ring(14;14) ring(1;15) |
| SVZ-R P2 | No | – | – | – |
| Mouse 5 | ||||
| 140412#1 | ||||
| T P3 | Yes | t(7;7) | t(4;2) t(17;3) t(3;2) t(2;8) t(3;5) | – |
| SVZ-L P1 | No | – | – | – |
| SVZ-R P1 | Yes | t(7;7) | – | – |
| Mouse 10 | ||||
| 121109#1 | ||||
| T1 P3 | Yes | t(9;11) t(11;2) | t(16;11) t(8;4;8) t(6;2) t(5;4)&t(4;5) t(4;7;4) t(4;7) t(4;6) t(16;7)&t(7;16) t(15;13) t(12;13) t(10;17) t(14;X) | f(X;18) f(15;12) f(X;X) f(15;15) ring(3;8) |
| T2 P4 | Yes | – | t(10;17) t(3;X) t(1;X) t(X;6) t(5;1) t(15;13) t(10;8;17) t(10;8;15) t(10;8;1) t(X;8) t(18;4) t(9;8) t(1;14) | f(9;18) f(4;5) |
| SVZ-R P3 | Yes | t(2;16) t(7;4) t(10;7) | t(4;15) t(15;5); t(5;15;5) t(4;7)? t(14;4) t(15;X) t(15;19) t(15;12) t(15;19) | f(15;15) ring(2;15) ring(15;19) ring(18;18); ring(15;15) |
| Mouse 4 | ||||
| 120911#2 | ||||
| T1 P3 | Yes | t(12;6) | t(11;4;3) t(19;11) t(19;12) t(12;6)a t(2;9) | – |
| T2 P3 | Yes | t(12;6) | t(11;4;3) t(8;11) t(15;2) t(11;4) t(13;19) t(3;2) t(16;3) t(15;11) t(1;12) t(8;3) t(12;13) t(11;18) t(11;X) t(12;5) | – |
| SVZ-L P3 | Yes | t(12;6) | t(11;4;3) t(12;19) t(8;3) t(X;5) t(15;16) t(15;11) t(17;11) t(1;10) t(2;6) t(18;5) | f(15;15) ring(14;14) ring(4;4) |
| SVZ-R P2 | Yes | t(12;6) | t(11;4;3) t(15;11) t(4;11) t(3;7) t(9;1) | – |
Bolded “Sample Names” represent tumor tissue. Bolded “cNRTs” represent cNRT2N
aThese NRTs potentially have different breakpoints compared to the cNRTs in that sample.