Table 1.

Relative synonymous codon usage (RSCU) analysis of SARS-CoV-2 and different hosts including human, dog, pig, cattle, pig, cat, horse and Bat. Bold numbers are referred as most preferred codon.

Amino acids	Codon	SARS CoV-2	Human	Dog	Cat	Pig	Horse	Cattle	Bat
Phenylalanine	UUU	1.42	0.93	1.09	0.77	0.75	0.83	0.85	0.49
	UUC	0.58	1.07	0.91	1.13	1.25	1.17	1.15	1.01
Leucine	UUA	1.66	0.46	1.32	0.35	0.31	0.33	0.38	0.44
	UUG	1.06	0.77	0.51	0.76	0.63	0.72	0.71	0.8
	CUU	1.75	0.79	1.22	0.67	0.69	0.73	0.7	0.85
	CUC	0.57	1.17	1.01	1.29	1.32	1.32	1.26	1.22
	CUA	0.68	0.43	1.42	0.36	0.34	0.34	0.36	0.44
	CUG	0.28	2.37	0.51	2.57	2.72	2.56	2.59	0.37
Isoleucine	AUU	1.54	1.08	1.05	0.95	0.97	0.92	0.98	1.19
	AUC	0.54	1.41	0.94	1.58	1.66	1.66	1.57	1.3
	AUA	0.92	0.51	1.01	0.47	0.37	0.42	0.45	0.49
Valine	GUU	1.93	0.73	1.12	0.62	0.50	0.6	0.64	0.72
	GUC	0.58	0.95	0.57	1.13	1.22	1.08	1.01	0.97
	GUA	0.89	0.47	1.67	0.38	0.26	0.35	0.4	0.51
	GUG	0.59	1.85	0.64	1.87	2.01	1.97	1.95	1.79
Serine	UCU	2	1.13	1.35	1.12	0.86	1.09	1.04	1.03
	UCC	0.44	1.31	1.04	1.48	1.10	1.43	1.37	1.22
	UCA	1.63	0.9	1.27	0.74	1.36	0.8	0.79	0.89
	UCG	0.11	0.33	0.39	0.38	0.42	0.34	0.39	0.29
	AGU	1.46	0.9	0.91	0.8	0.99	0.86	0.87	0.98
	AGC	0.36	1.44	1.05	1.47	1.27	1.48	1.53	1.56
Proline	CCU	1.92	1.15	1.41	1.03	0.95	1.19	1.08	1.21
	CCC	0.31	1.29	1.24	1.51	0.61	1.38	1.39	1.21
	CCA	1.64	1.11	0.92	0.97	0.79	0.97	1	1.23
	CCG	0.14	0.45	0.43	0.5	1.65	0.45	0.53	0.35
Threonine	ACU	1.77	0.99	1.35	0.84	1.00	0.94	0.89	0.97
	ACC	0.39	1.42	1.06	1.59	0.49	1.58	1.55	1.42
	ACA	1.65	1.14	1.16	0.94	1.02	0.96	1.01	1.23
	ACG	0.19	0.46	0.43	0.63	1.49	0.52	0.56	0.37
Alanine	GCU	2.19	1.06	1.07	0.96	1.15	1.05	1	1.12
	GCC	0.57	1.6	1.27	1.79	0.44	1.72	1.71	1.57
	GCA	1.09	0.91	1.18	0.76	0.41	0.77	0.8	0.94
	GCG	0.15	0.42	0.48	0.5	0.70	0.45	0.48	0.35
Tyrosine	UAU	1.23	0.89	1.15	0.78	0.75	0.75	0.79	0.87
	UAC	0.77	1.11	0.85	1.22	1.25	1.25	1.21	1.12
Histidine	CAU	1.43	0.84	1.2	0.74	0.44	0.81	0.75	0.81
	CAC	0.57	1.16	0.8	1.26	1.56	1.19	1.25	1.18
Glutamine	CAA	1.4	0.53	1.25	0.56	0.78	0.52	0.46	0.49
	CAG	0.6	1.47	0.75	1.44	1.22	1.48	1.54	1.5
Asparagine	AAU	1.36	0.94	1.18	0.82	0.77	0.84	0.81	0.92
	AAC	0.64	1.06	0.82	1.18	1.23	1.16	1.19	1.07
Lysine	AAA	1.29	0.87	1.37	0.86	0.74	0.79	0.78	0.84
	AAG	0.71	1.13	0.63	1.14	1.26	1.21	1.22	1.15
Aspartic acid	GAU	1.29	0.93	1.13	0.84	0.83	0.83	0.84	0.98
	GAC	0.71	1.07	0.87	1.16	1.17	1.17	1.16	1.01
Glutamic acid	GAA	1.45	0.84	1.17	0.86	0.77	0.76	0.78	1.88
	GAG	0.55	1.16	0.83	1.14	1.23	1.24	1.22	1.05
Cysteine	UGU	1.59	0.91	0.89	0.87	1.40	0.89	0.85	0.92
	UGC	0.41	1.09	1.11	1.13	0.60	1.11	1.15	1.07
Arginine	CGU	1.44	0.48	1.17	0.41	0.40	0.55	0.49	0.49
	CGC	0.6	1.1	0.92	1.09	0.89	1.15	1.17	0.94
	CGA	0.31	0.65	0.71	0.55	0.79	0.61	0.68	0.74
	CGG	0.2	1.21	0.48	1.19	1.94	1.08	1.32	1.18
	AGA	2.64	1.29	1.29	1.33	1.08	1.3	1.14	1.26
	AGG	0.82	1.27	1.42	1.41	0.90	1.32	1.2	1.36
Glycine	GGU	2.36	0.65	1.02	0.58	0.58	0.65	0.64	0.71
	GGC	0.7	1.35	1.05	1.42	1.17	1.43	1.43	1.36
	GGA	0.81	1	1.27	1.01	1.28	0.95	0.95	0.96
	GGG	0.12	1	0.66	0.99	0.97	0.97	0.99	0.95