TABLE 1.
Target gene | Sequence (5’–3’) | Amplicon size (bp) | Conditions | References |
---|---|---|---|---|
invA | GTGAAATTATCGCCACGTTCGGGCAA TCATCGCACCGTCAAAGGAACC |
280 | 94 °C for 5 min, 94 °C for 45 s, 58 °C for 45 s, 72 °C for 70 min, 72 °C for 7 min, 30 cycles | Ekwanzala et al. 2017 |
SdfI | TGTGTTTTATCTGATGCAAGAGG TGAACTACGTTCGTTCTTCTGG |
303 | 95 °C for 2 min, 95 °C for 1 min, 57 °C for 1 min, 72 °C for 2 min; 72 °C for 5 min, 30 cycles | Mohd Afendy & Son 2015 |
Spy | TTGTTCACTTTTTACCCCTGAA CCCTGACAGCCGTTAGATATT |
401 | 95 °C for 2 min, 95 °C for 30 s, 57 °C for 30 s, 72 °C for 30 s, 72 °C for 4 min, 30 cycles | Alvarez et al. 2004 |
hilA | CGGAACGTTATTTGCGCCATGCTGAGGTAG GCATGGATCCCCGCCGGCGAGATTGTG |
784 | 94 °C, 5 min, 94 °C for 1 min, at 65 °C for 1 min, 72 °C for 1 min, 72 °C for 10 min, 30 cycles | Modarressi & Thong 2010 |
misL | GTCGGCGAATGCCGCGAATA GCGCTGTTAACGCTAATAGT | 400 | 94 °C for 3 min, 94 °C for 1 min, 58 °C for 1 min, 72 °C for 1 min, 72 °C for 5 min, 35 cycles | Zishiri, Mkhize & Mukaratirwa 2016 |
orfL | GGAGTATCGATAAAGATGTT GCGCGTAACGTCAGAATCAA | 550 | 94 °C for 3 min, 94 °C for 1 min, 58 °C for 1 min, 72 °C for 1 min, 72 °C for 5 min, 35 cycles | Zishiri et al. 2016 |
spiC | CCTGGATAATGACTATTGAT AGTTTATGGTGATTGCGTAT | 309 | 94 °C for 3 min, 94 °C for 1 min, 55 °C for 60 min, 72 °C for 60 min, 72 °C for 5 min, 30 cycles | Zishiri et al. 2016 |
bp, base pairs; min, minute; s, second; h, hour.