Table 2.

Local collinear blocks (LCBs) for each of the 40 diatom plastomes identified by Mauve.

Species	Gene collinear block order
Leptocylindrus danicus	27 26 − 28 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 1 2 3 4 − 16 − 15 − 23 21 20 19 13 25 24 42 39 33 34 35 36 37 32 − 31 − 30 − 29 − 38 − 40 − 41
Probosica sp.	− 1 2 3 4 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 11 − 12 − 13 − 14 15 16 17 18 − 19 − 20 − 21 22 − 23 − 24 25 − 26 − 27 − 28 29 30 31 − 32 33 34 35 36 37 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42
aActinocyclus subtilis	2 3 4 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 23 15 16 28 27 26 25 24 42 41 40 39 38 29 30 31 33 34 35 36 37 32
aCoscinodiscus radiatus	2 3 4 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 23 15 16 28 27 26 25 24 42 41 40 39 38 29 30 31 33 34 35 36 37 32
Rhizosolenia setigera	2 3 4 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 23 15 16 28 27 26 25 24 42 41 − 32 − 37 − 36 − 35 − 34 − 33 29 30 31 − 38 − 39 − 40
Guinardia striata	2 3 4 − 13 23 15 16 28 27 26 10 9 8 7 6 5 17 18 22 12 14 11 1 21 20 19 − 41 − 42 − 24 − 25 − 32 − 37 − 36 − 35 − 34 − 33 29 30 31 − 38 − 39 − 40
Rhizosolenia fallax	2 3 4 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 − 26 − 27 − 28 − 16 − 15 − 23 25 24 42 41 − 32 − 37 − 36 − 35 − 34 − 33 29 30 31 − 38 − 39 − 40
Rhizosolenia imbricate	− 4 − 3 − 2 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 − 26 − 27 − 28 − 16 − 15 − 23 25 24 42 41 − 32 − 37 − 36 40 39 38 29 30 31 33 34 35
Lithodesmium undulatum	2 3 4 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 − 11 18 22 12 14 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 23 15 16 28 27 26 25 29 30 31 33 34 35 36 37 32 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24
Eunotogramma sp.	22 12 14 11 16 28 27 26 2 3 4 − 13 − 19 − 20 − 21 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 15 − 23 1 25 24 42 41 40 39 38 30 31 33 34 35 36 37 32 − 29
bRoundia cardiophora	2 3 4 17 18 22 − 26 − 27 − 28 − 16 12 14 10 9 8 7 6 5 11 23 − 15 1 21 20 19 13 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
bThalassiosira weissflogii	2 3 4 17 18 22 − 26 − 27 − 28 − 16 12 14 10 9 8 7 6 5 11 23 − 15 1 21 20 19 13 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
bDiscostella pseudostelligera	2 3 4 17 18 22 − 26 − 27 − 28 − 16 12 14 10 9 8 7 6 5 11 23 − 15 1 21 20 19 13 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
Thalassiosira oceania	2 3 4 17 18 28 27 26 16 22 23 − 15 − 1 21 20 19 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 − 14 − 12 11 13 25 − 38 − 39 24 42 41 40 32 − 31 − 30 − 29 33 34 35 36 37
bCyclotella_nana	2 3 4 17 18 22 − 26 − 27 − 28 − 16 12 14 10 9 8 7 6 5 11 23 − 15 1 21 20 19 13 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
cCyclotella sp. L04_2	2 3 4 16 28 27 26 − 22 − 18 − 17 12 14 10 9 8 7 6 5 11 23 − 15 1 21 20 19 13 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
cCyclotella sp. WC03_2	2 3 4 16 28 27 26 − 22 − 18 − 17 12 14 10 9 8 7 6 5 11 23 − 15 1 21 20 19 13 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
Plagiogrammopsis van heurckii	2 3 4 10 9 8 7 6 5 17 18 22 12 14 1 21 20 19 13 15 16 23 − 26 − 27 − 28 11 25 24 42 41 40 39 38 − 29 30 31 33 34 35 36 37 32
dTrieres sinensis	2 3 4 10 9 8 7 6 5 17 18 22 12 14 1 21 20 19 13 15 16 28 27 26 23 11 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
dTriceratium dubium	2 3 4 10 9 8 7 6 5 17 18 22 12 14 1 21 20 19 13 15 16 28 27 26 23 11 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
Cerataulina daemon	2 3 4 − 23 10 9 8 7 6 5 17 18 22 12 14 1 21 20 19 13 15 16 28 27 26 11 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
Acanthoceras zachariasii	10 9 8 2 3 4 7 6 5 17 18 22 12 14 1 21 20 19 13 15 16 28 27 26 23 11 25 29 30 31 33 34 35 36 37 32 24 42 41 40 39 38
Chaetoceros simplex	10 9 8 2 3 4 7 6 5 17 18 22 12 14 1 − 19 − 20 − 21 13 15 16 28 27 26 23 11 25 29 30 31 33 34 35 36 37 32 24 42 41 40 39 38
Attheya logicornis	2 3 4 13 − 19 − 20 − 21 23 15 16 1 28 27 26 22 12 14 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 11 25 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32 38
eBiddulphia tridens	2 3 4 13 − 19 − 20 − 21 23 15 16 28 27 26 1 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 11 25 29 30 31 33 34 35 36 37 32 24 42 41 40 39 38
eBiddulphia biddulphiana	2 3 4 13 − 19 − 20 − 21 23 15 16 28 27 26 1 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 11 25 29 30 31 33 34 35 36 37 32 24 42 41 40 39 38
Asterionellopsis glacialis	2 3 4 13 − 23 − 1 21 20 19 15 16 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 10 9 8 7 6 5 − 26 − 27 − 28 25 − 38 33 34 35 36 37 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 − 31 − 30 − 29 32
Plagiogramma staurophorum	− 21 1 23 − 4 − 3 − 2 10 9 8 7 6 5 17 18 22 12 14 11 − 16 − 15 28 27 26 20 19 13 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 − 29 30 31 33 34 35 36 37 32
Psammoneis obaidii	7 6 5 2 3 4 − 13 − 19 − 20 − 21 1 23 15 16 − 11 17 18 22 12 14 − 26 − 27 − 28 10 9 8 25 − 38 32 29 30 31 33 34 35 36 37 24 42 41 40 39
Asterionella formosa	2 3 4 − 26 − 27 − 28 10 9 8 7 6 5 17 18 22 12 14 23 15 16 − 11 1 21 20 19 13 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 − 32
Astrosyne radiata	− 20 − 21 − 1 23 15 16 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 28 27 19 − 13 − 4 − 3 − 2 26 25 − 38 30 31 29 − 32 33 34 35 36 37 24 42 41 40 39
Synedra acus	2 3 4 − 13 − 19 − 20 − 21 1 23 15 16 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 28 27 26 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
Licmorphora sp.	− 4 − 3 − 2 − 26 − 27 − 28 10 9 8 7 6 5 17 18 22 12 14 11 − 16 − 15 − 23 − 1 21 20 19 13 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 − 32 − 37 − 36 − 35 − 34 − 33
Eunotia naegelii	2 3 4 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 23 15 16 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 − 26 − 27 − 28 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
Cylindrotheca closterium	− 2 − 23 9 8 7 6 5 17 18 22 12 14 11 − 16 − 15 − 13 − 19 − 20 − 21 1 − 26 − 27 − 28 − 10 25 − 32 33 34 35 36 37 29 30 31 24 42 41 40 39 38 − 4 − 3
Seminavis robusta	− 4 − 3 − 2 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 23 15 16 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 26 − 27 − 28 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 − 37 − 36 − 35 − 34 − 33 − 31 − 30 − 29 32
Entomoneis sp.	− 4 − 3 − 2 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 23 15 16 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 − 26 − 27 − 28 − 25 − 29 30 31 33 34 35 36 37 32 24 42 41 40 39 38
Fistulifera sp JPCC DA0580	− 4 − 3 − 2 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 23 15 16 − 26 − 27 − 28 10 9 8 7 6 5 17 18 22 12 14 11 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
fDidymosphenia geminata	− 4 − 3 − 2 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 23 15 16 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 − 26 − 27 − 28 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32
fPhaeodactylum tricornutum	− 4 − 3 − 2 − 13 − 19 − 20 − 21 − 1 23 15 16 − 11 − 14 − 12 − 22 − 18 − 17 − 5 − 6 − 7 − 8 − 9 − 10 − 26 − 27 − 28 25 − 38 − 39 − 40 − 41 − 42 − 24 29 30 31 33 34 35 36 37 32

Negative numbers indicate an inversion in a given LCB. Only one IR was included in this analysis. The same gene order is highlighted with the same superscript letter before the species name.