Table 4. Nucleotide differences among the 23 cpDNA haplotypes detected in wild Cyclopia intermedia populations.

The three cpDNA fragments that were individually screened via High Resolution Melt analysis are presented as separate sets of columns, with the nucleotide position within the context of the concatenated haplotype provided for each base pair variation provided. The indels that differentiate haplotypes are reported below the table, with the variation among indel 2a–2e indicated by bold italicised typeface.

	MLT S3 –MLT S4 (atpI-atpH intergenic spacer)																			MLT S1 –MLT S2 (atpI-atpH intergenic spacer)							MLT U1 –MLT U2(ndhA intron)
Position	23-29	30	35	38	66	91	99	116	130	136	147	191	192	197	233	272	304	306		321	338	342–448	437	442–448	462		498	538	569	587	613	677	712	726	739	794	797–801
Consensus	1	T	T	T	A	C	C	G	A	T	T	C	G	A	G	C	A	C		G	G	2a	G	3	T		G	C	G	T	T	G	C	G	G	C	–
Haplotype
A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	a		.	.	2b	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	–
B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	t	.	.		.	.	2d	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4b
C	.	.	.	.	.	a	.	.	.	.	.	.	.	.	a	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	–
D	.	.	.	.	.	a	.	.	.	.	.	.	.	.	a	.	.	.		.	.	2a	.	3	c		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	–
E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	a		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	–
F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4a
G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		a	.	.	.	.	t	.	.	.	.	–
H	.	.	.	.	.	.	.	a	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		a	.	.	.	.	t	.	.	.	.	–
I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	2a	.	–	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4a
J	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	t	.	t	.	.	–
K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		a	.	.	.	.	t	.	t	.	.	–
L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	g	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		a	.	.	.	.	t	.	.	.	.	–
M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	–
N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	a	.	–
O	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		c	.	2c	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4a
P	.	g	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	–
Q	–	.	a	a	.	.	.	.	.	.	.	t	.	.	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	t	.	.	.	.	–
R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	t	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	–
S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	t	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4a
T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	t	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4b
U	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	t	.	.		.	.	2e	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4a
V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	2e	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4a
W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	–	.	3	.		.	.	.	.	.	.	a	.	.	a	4a
C. aurescens	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	g	.		.	.	2a		3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	–
C. buxifolia	.	.	.	.	c	.	t	.	t	c	g	.	t	.	.	.	.	.		.	a	2a	a	3	.		.	.	.	c	g	t	.	.	.	.	–
C. genistoides	.	.	.	.	c	.	.	.	t	c	g	.	t	.	.	.	.	.		.	a	2a	a	3	.		.	t	a	c	.	.	.	.	.	.	–
C. longifolia	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	g	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4a
C. sessiliflora	.	.	.	.	.	a	.	.	.	.	.	.	.	g	.	.	.	.		.	.	2a	.	3	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4b

Notes.

1 = TAAAAAT, 3 = TATCTAA, 4a = TT—, 4b = TTTTC,2a = TACAGATGAAACGGAAGGGCTTCGTTTTTTGAATCCCTATCTAAATTTACAGTAACAGGGCAAA, 2b = TACAGATGAAAGGGAAGGGCTTCGTTTTTTGAATCCCTATCTAAATTTAAAGTAACAGGGCAAA, 2c = TACAGATGAAACGGAAGGGCTTCGTTTTTTGAATCCCTATCTAAATTTATAGTAACAGGGCAAA, 2d = TACAGATGAAACGGAAGGGCTTCGTTTTTTGAAAACCTATCTAAATTTACAGTAACAGGGCAAA, 2e = TACAGATTAAACGGAAGGGCTTCGTTTTTTGAATCCCTATCTAAATTTACAGTAACAGGGCAAA,