Skip to main content
. 2020 Sep 12;8(1):2. doi: 10.1007/s40203-020-00054-x

Table 2.

Calculation of binding free energy

Compounds ΔGBinda ΔGBindbcoulomb ΔGBindcvdw ΔGBinddlipo ΔGBindeHbond
Luteoin 3′-O-β-d-glucoronopyranoside(VI) − 36.58 − 169.83 − 28.09 − 12.62 − 3.64
Luteoin 7-O-β-d-glucoronopyranoside(V) − 55.08 − 193.71 − 46.00 − 14.57 − 3.26
Chlorogenic acid − 59.06 − 184.44 − 21.64 − 14.12 − 4.40
Salvianolic acid F − 42.75 − 156.21 − 30.74 − 15.54 − 2.19
Salvianolic acid C − 40.79 − 317.24 − 48.20 − 14.76 − 3.57
Salvianolic acid A − 58.63 − 181.40 − 42.68 − 13.74 − 2.12
Melitric acid A − 31.41 − 157.46 − 46.40 − 14.60 − 3.97
Yunnaneic acid − 38.46 − 209.02 − 47.16 − 14.92 − 2.78
Ellagic acid − 51.04 − 23.18 − 35.39 − 15.55 − 2.45
Naringenin − 45.00 − 26.40 − 37.05 − 9.82 − 1.12
Decadienal − 37.36 − 11.50 − 20.55 − 16.15 − 0.97
Rosmarinic acid − 7.04 − 107.38 − 32.52 − 16.55 − 1.91
Apigenin − 44.98 − 26.40 − 37.05 − 9.82 − 1.12
Co-cyrstallized Ligand − 31.11 − 66.33 − 31.46 − 11.73 − 1.72

aMM-GBSA free energy (kcal/mol) of binding

bContribution to the MM-GBSA free energy of binding (kcal/mol) from the Coulomb energy

cContribution to the MMGBSA free energy of binding (kcal/mol) from the van der Waals energy

dContribution to the MM-GBSA free energy of binding (kcal/mol) from lipophilic binding

eContribution to the MM-GBSA free energy of binding (kcal/mol) from hydrogen bonding