Table 2.
Feature comparison of gRNA design tools.
| multicrispr | CHOPCHOP | CRISPOR | CCTop | CRISPRseek | FlashFry | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| R | Py | Py | Py | R | Scala | |
| (1) Install | ||||||
| One-liner | ✔ | ✔ | ✔ | |||
| (2) Define targets | ||||||
| Target range(s) | ✔ | ✔ | ✔ | |||
| Target gene(s) | ✔ | ✔ | ||||
| Target sequence(s) | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ | |
| (3) Transform targets | ||||||
| Genome arithmetic | ✔ | |||||
| (4) Find spacers | ||||||
| Spacer sequences | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ |
| Spacer ranges | ✔ | ✔ | ✔ | |||
| Prime editing sequences | ✔ | ✔ | ||||
| Prime editing ranges | ✔ | |||||
| (5) Count off-targets | ||||||
| Genome (mis)match algorithm | Aho+ | Bowtie | Bowtie | Bowtie | Aho | FlashFry |
| Bowtie | ||||||
| Genome (mis)match aggregation | ✔ | ✔ | ✔ | |||
| Target cross-(mis)match subtraction | ✔ | |||||
| (6) Score on-targets | ||||||
| Doench2016 | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ | ||
| Doench2014 | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ | |
| Labuhn 2017 (Labuhn et al, 2017) | ✔ |