Table 2.

Codon and codon pair metrics of SARS-CoV-2 genes.

	ORF1ab	S	ORF3a	E	M	ORF6	ORF7a	ORF7b	ORF8	N	ORF10
Avg RSCU	0.98	1.00	0.99	0.97	1.01	0.95	1.04	1.02	0.98	1.02	0.88
Avg ln(RSCU)	− 0.05	− 0.04	− 0.05	− 0.10	− 0.04	− 0.08	0.00	− 0.03	− 0.07	− 0.02	− 0.17
CPB	0.03	0.07	0.03	− 0.10	0.00	0.02	− 0.03	− 0.04	0.00	0.03	− 0.17

Relative synonymous codon usage (RSCU), ln(RSCU) and codon pair bias (CPB) for 11 viral genes.