TABLE 3.

Average values of nucleotide content in fourfold degenerate sites for ORF1a and ORF1b (ORF1ab after the ribosome slippage sequence) for 49 species of coronaviruses.

	ORF1a				ORF1b
Species of viruses	A4f	U4f	G4f	C4f	A4f	U4f	G4f	C4f
Betacoronaviruses
SARS-CoV-2	0.282559	0.536080	0.058141	0.123220	0.314966	0.489943	0.065602	0.129489
Bat coronavirus RaTG13	0.279333	0.538640	0.057880	0.124147	0.317106	0.492413	0.063180	0.127301
SARS type 1	0.267316	0.492572	0.080709	0.159403	0.326612	0.429282	0.084896	0.159210
Betacoronavirus England 1	0.223760	0.492141	0.096139	0.187959	0.222440	0.505384	0.087213	0.184963
MERS	0.223758	0.489458	0.097238	0.189546	0.221945	0.506858	0.086123	0.185074
Bat coronavirus HKU4-1	0.243970	0.549858	0.086605	0.119567	0.247374	0.527550	0.098643	0.126433
Bat coronavirus HKU5-1	0.219651	0.430946	0.126756	0.222647	0.233393	0.428189	0.137513	0.200905
Bat coronavirus HKU9-1	0.205231	0.517617	0.143563	0.133589	0.248432	0.471643	0.135637	0.144288
Bat Hp-betacoronavirus Zhejang 2013	0.259312	0.449471	0.127087	0.164130	0.280761	0.428425	0.109822	0.180992
Bovine coronavirus TCG-19	0.210180	0.594721	0.101922	0.093176	0.229055	0.512969	0.110493	0.147483
China rattus coronavirus HKU24	0.220346	0.470419	0.147173	0.162062	0.244320	0.445679	0.136765	0.173236
Betacoronavirus Erinaceus	0.294150	0.482614	0.109619	0.113616	0.303022	0.478903	0.082157	0.135918
Human coronavirus HKU1	0.207154	0.701287	0.037482	0.054077	0.217268	0.643761	0.049733	0.089239
Human coronavirus OC43	0.212476	0.590722	0.09732	0.099481	0.237404	0.514365	0.101690	0.146541
Mouse hepatitis virus	0.188042	0.448827	0.166824	0.196306	0.216405	0.421702	0.166198	0.195695
Rabbit coronavirus HKU14	0.196470	0.590026	0.112055	0.101449	0.252936	0.497622	0.100746	0.148696
Rat coronavirus Parker	0.186994	0.459502	0.167466	0.186037	0.214727	0.438168	0.157116	0.189988
Rousettus bat coronavirus	0.240135	0.400558	0.175626	0.183681	0.262846	0.396113	0.177551	0.163490
Alphacoronaviruses
Bat coronavirus 1A	0.197439	0.592162	0.064526	0.145873	0.201381	0.610753	0.061812	0.126054
Bat coronavirus CDPHE15USA2006	0.211126	0.559267	0.087088	0.142519	0.192782	0.557644	0.087228	0.162345
Bat coronavirus HKU2	0.166628	0.652947	0.062911	0.117514	0.199027	0.584848	0.083031	0.133093
BtMr-AlphaCoV SAX2011	0.209349	0.556779	0.097402	0.136470	0.238494	0.507276	0.081311	0.172918
BtNv-AlphaCoVCS2013	0.161644	0.585640	0.111608	0.141108	0.177368	0.559410	0.106309	0.156914
BtRf-AlphaCoV HuB2013	0.245029	0.558607	0.084154	0.112210	0.261599	0.490377	0.101753	0.146271
BtRf-AlphaCoVYN2012	0.180421	0.662049	0.054639	0.102891	0.205510	0.596575	0.06731	0.130605
Camel alphacoronavirus	0.208933	0.593785	0.076436	0.120846	0.235353	0.546779	0.088768	0.129099
Human coronavirus 229E	0.196892	0.597574	0.083607	0.121927	0.227798	0.552015	0.084688	0.135499
Human coronavirus NL63	0.190087	0.712752	0.034993	0.062168	0.205129	0.677292	0.036428	0.081151
Lucheng Rn rat coronavirus	0.184384	0.557929	0.083031	0.174656	0.193101	0.527395	0.094169	0.185335
Mink coronavirus	0.228678	0.546826	0.102932	0.121563	0.249230	0.535591	0.099763	0.115417
NL63-related Bat coronavirus	0.189823	0.577504	0.079057	0.153616	0.210809	0.551366	0.075071	0.162754
Porcine epidemic diarrhea virus	0.199831	0.522930	0.096686	0.180553	0.191929	0.514827	0.105637	0.187607
Rousettus bat coronavirus HKU10	0.207802	0.592856	0.091049	0.108293	0.209272	0.557211	0.083908	0.149609
Scotophilus bat coronavirus 512	0.201188	0.544340	0.098665	0.155807	0.203487	0.569018	0.082646	0.144849
Swine enteric coronavirus	0.240513	0.573303	0.070222	0.115962	0.257887	0.516850	0.086973	0.138291
Transmissible gastroenteritis virus	0.246219	0.576135	0.057783	0.119863	0.270000	0.524111	0.082884	0.123004
Wencheng Sm shrew coronavirus	0.264157	0.548777	0.091945	0.095121	0.250293	0.609173	0.086062	0.054471
Gammacoronaviruses
Avian infectious bronchitis virus	0.280215	0.514909	0.105775	0.099101	0.272677	0.507519	0.096646	0.123157
Beluga whale coronavirus	0.251623	0.483031	0.137046	0.128301	0.258106	0.472517	0.137313	0.132064
Deltacoronaviruses
Bulbul coronavirus HKU11	0.271396	0.538218	0.074722	0.115664	0.273612	0.512611	0.079387	0.134389
Common-moorhen coronavirus	0.280305	0.604411	0.059284	0.056000	0.245981	0.611189	0.064450	0.078381
Magpie-robin coronavirus HKU18	0.160454	0.413506	0.141714	0.284326	0.199450	0.391917	0.128339	0.280294
Munia coronavirus HKU13	0.271725	0.430193	0.116227	0.181855	0.281493	0.422466	0.100486	0.195556
Night-heron coronavirus HKU19	0.355703	0.449160	0.068657	0.126479	0.362609	0.398874	0.078126	0.160391
Porcine coronavirus HKU15	0.241219	0.471506	0.105017	0.182258	0.267771	0.423215	0.101061	0.207953
Sparrow coronavirus HKU17	0.227610	0.427294	0.111387	0.233708	0.251201	0.419277	0.109639	0.219882
Thrush coronavirus HKU12	0.266167	0.564516	0.071252	0.098065	0.276805	0.503051	0.098791	0.121352
White-eye coronavirus HKU16	0.270696	0.499818	0.072899	0.156586	0.255200	0.502311	0.08055	0.161940
Wigeon coronavirus HKU20	0.270351	0.483598	0.111698	0.134354	0.259563	0.486631	0.106387	0.147419

The value of U4f is written in bold font in case if it is significantly higher than A4f, G4f, and C4f from the same ORF.