Table 2.

The relative synonymous codon usage (RSCU) of the CDS of PAstV strains. RSCU values of 59 synonymous codons excluding codons for Met and Trp are presented. The letter in brackets represents the abbreviation of the corresponding amino acid. The numbers of preferentially used synonymous codons are highlighted in green and orange colors. The RSCU values of the over-represented (RSCU > 1.6) codons are shaded using orange color.

Codon	PAstV-2	PAstV-3	PAstV-4	PAstV-5	All(G)
GCA(A)	1.129 ± 0.124	1.097 ± 0.084	1.813 ± 0.159	1.016 ± 0.05	1.343 ± 0.366
GCC(A)	1.331 ± 0.131	1.202 ± 0.074	0.874 ± 0.099	1.266 ± 0.103	1.14 ± 0.225
GCG(A)	0.568 ± 0.064	0.365 ± 0.061	0.34 ± 0.058	0.275 ± 0.049	0.411 ± 0.128
GCU(A)	0.972 ± 0.15	1.335 ± 0.09	0.972 ± 0.124	1.443 ± 0.082	1.106 ± 0.23
UGC(C)	0.98 ± 0.171	0.781 ± 0.187	0.71 ± 0.1	0.895 ± 0.18	0.837 ± 0.191
UGU(C)	1.02 ± 0.171	1.219 ± 0.187	1.29 ± 0.1	1.105 ± 0.18	1.163 ± 0.191
GAC(D)	0.961 ± 0.086	0.803 ± 0.06	0.692 ± 0.077	0.979 ± 0.102	0.84 ± 0.147
GAU(D)	1.039 ± 0.086	1.197 ± 0.06	1.308 ± 0.077	1.021 ± 0.102	1.16 ± 0.147
GAA(E)	0.834 ± 0.08	0.825 ± 0.08	1.163 ± 0.077	0.884 ± 0.075	0.952 ± 0.172
GAG(E)	1.166 ± 0.08	1.175 ± 0.08	0.837 ± 0.077	1.116 ± 0.075	1.048 ± 0.172
UUC(F)	1.072 ± 0.096	0.679 ± 0.055	0.702 ± 0.099	0.874 ± 0.121	0.842 ± 0.196
UUU(F)	0.928 ± 0.096	1.321 ± 0.055	1.298 ± 0.099	1.126 ± 0.121	1.158 ± 0.196
GGA(G)	0.791 ± 0.118	0.531 ± 0.081	1.055 ± 0.092	0.486 ± 0.086	0.79 ± 0.244
GGC(G)	1.189 ± 0.117	1.332 ± 0.119	0.896 ± 0.119	1.092 ± 0.065	1.103 ± 0.2
GGG(G)	0.88 ± 0.138	0.629 ± 0.065	0.729 ± 0.079	0.624 ± 0.099	0.745 ± 0.144
GGU(G)	1.14 ± 0.146	1.508 ± 0.069	1.32 ± 0.124	1.798 ± 0.1	1.362 ± 0.247
CAC(H)	1.183 ± 0.127	0.898 ± 0.105	0.688 ± 0.087	0.775 ± 0.068	0.903 ± 0.234
CAU(H)	0.817 ± 0.127	1.102 ± 0.105	1.312 ± 0.087	1.225 ± 0.068	1.097 ± 0.234
AUA(I)	0.738 ± 0.109	0.652 ± 0.1	0.783 ± 0.11	0.889 ± 0.028	0.757 ± 0.121
AUC(I)	1.356 ± 0.107	0.93 ± 0.048	0.916 ± 0.132	1.07 ± 0.034	1.084 ± 0.222
AUU(I)	0.906 ± 0.116	1.418 ± 0.097	1.301 ± 0.105	1.041 ± 0.033	1.159 ± 0.231
AAA(K)	0.927 ± 0.093	0.86 ± 0.037	0.989 ± 0.08	0.954 ± 0.036	0.939 ± 0.087
AAG(K)	1.073 ± 0.093	1.14 ± 0.037	1.011 ± 0.08	1.046 ± 0.036	1.061 ± 0.087
CUA(L)	0.635 ± 0.163	0.501 ± 0.079	0.561 ± 0.128	0.425 ± 0.067	0.555 ± 0.144
CUC(L)	1.639 ± 0.161	0.849 ± 0.062	1.127 ± 0.141	1.361 ± 0.132	1.273 ± 0.326
CUG(L)	0.953 ± 0.17	0.668 ± 0.062	0.699 ± 0.083	0.83 ± 0.089	0.794 ± 0.168
CUU(L)	1.582 ± 0.155	1.915 ± 0.093	1.886 ± 0.156	1.814 ± 0.215	1.782 ± 0.209
UUA(L)	0.404 ± 0.093	0.889 ± 0.127	0.715 ± 0.09	0.458 ± 0.121	0.612 ± 0.216
UUG(L)	0.787 ± 0.141	1.178 ± 0.138	1.011 ± 0.137	1.112 ± 0.105	0.983 ± 0.2
AAC(N)	1.213 ± 0.107	0.819 ± 0.09	0.774 ± 0.102	0.868 ± 0.063	0.939 ± 0.217
AAU(N)	0.787 ± 0.107	1.181 ± 0.09	1.226 ± 0.102	1.132 ± 0.063	1.061 ± 0.217
CCA(P)	1.802 ± 0.115	1.084 ± 0.07	2.029 ± 0.111	1.271 ± 0.066	1.669 ± 0.387
CCC(P)	0.789 ± 0.102	0.876 ± 0.049	0.49 ± 0.112	0.903 ± 0.077	0.718 ± 0.195
CCG(P)	0.393 ± 0.099	0.308 ± 0.038	0.218 ± 0.053	0.296 ± 0.052	0.303 ± 0.1
CCU(P)	1.016 ± 0.114	1.733 ± 0.082	1.264 ± 0.139	1.531 ± 0.094	1.309 ± 0.29
CAA(Q)	0.836 ± 0.118	1.068 ± 0.087	1.048 ± 0.075	0.899 ± 0.098	0.962 ± 0.14
CAG(Q)	1.164 ± 0.118	0.932 ± 0.087	0.952 ± 0.075	1.101 ± 0.098	1.038 ± 0.14
AGA(R)	0.815 ± 0.183	0.555 ± 0.083	1.458 ± 0.166	0.726 ± 0.127	0.973 ± 0.395
AGG(R)	1.298 ± 0.119	1.43 ± 0.121	1.865 ± 0.209	1.183 ± 0.061	1.503 ± 0.311
CGA(R)	0.479 ± 0.119	0.375 ± 0.079	0.401 ± 0.118	0.354 ± 0.047	0.415 ± 0.113
CGC(R)	1.486 ± 0.225	1.292 ± 0.14	0.803 ± 0.136	1.478 ± 0.152	1.213 ± 0.35
CGG(R)	0.852 ± 0.156	0.609 ± 0.078	0.425 ± 0.091	0.585 ± 0.093	0.622 ± 0.21
CGU(R)	1.07 ± 0.174	1.739 ± 0.142	1.048 ± 0.188	1.674 ± 0.169	1.274 ± 0.353
AGC(S)	1.005 ± 0.136	0.222 ± 0.044	0.465 ± 0.125	0.386 ± 0.058	0.584 ± 0.327
AGU(S)	0.819 ± 0.16	0.313 ± 0.069	1.008 ± 0.11	0.651 ± 0.105	0.763 ± 0.279
UCA(S)	1.442 ± 0.227	1.549 ± 0.147	2.068 ± 0.238	1.5 ± 0.097	1.685 ± 0.345
UCC(S)	1.184 ± 0.2	1.404 ± 0.181	0.755 ± 0.158	1.157 ± 0.098	1.076 ± 0.3
UCG(S)	0.48 ± 0.145	0.511 ± 0.14	0.225 ± 0.065	0.434 ± 0.099	0.392 ± 0.168
UCU(S)	1.069 ± 0.194	2.001 ± 0.171	1.48 ± 0.231	1.873 ± 0.131	1.499 ± 0.409
ACA(U)	1.347 ± 0.194	0.995 ± 0.091	2.023 ± 0.133	0.854 ± 0.048	1.445 ± 0.476
ACC(U)	1.314 ± 0.157	1.099 ± 0.096	0.717 ± 0.094	1.266 ± 0.095	1.061 ± 0.287
ACG(U)	0.39 ± 0.099	0.348 ± 0.087	0.182 ± 0.053	0.279 ± 0.066	0.296 ± 0.118
ACU(U)	0.949 ± 0.143	1.559 ± 0.096	1.078 ± 0.106	1.601 ± 0.111	1.199 ± 0.295
GUA(V)	0.418 ± 0.113	0.406 ± 0.044	0.713 ± 0.141	0.241 ± 0.038	0.493 ± 0.2
GUC(V)	1.309 ± 0.162	0.894 ± 0.087	0.918 ± 0.139	1.079 ± 0.117	1.064 ± 0.226
GUG(V)	1.164 ± 0.117	0.936 ± 0.103	1.004 ± 0.133	0.834 ± 0.117	1.021 ± 0.164
GUU(V)	1.109 ± 0.16	1.764 ± 0.072	1.365 ± 0.144	1.847 ± 0.159	1.423 ± 0.317
UAC(Y)	1.238 ± 0.092	0.815 ± 0.127	0.775 ± 0.11	0.812 ± 0.038	0.94 ± 0.233
UAU(Y)	0.762 ± 0.092	1.185 ± 0.127	1.225 ± 0.11	1.188 ± 0.038	1.06 ± 0.233