Table 3.
sPLS's variable importance in projection (VIP)—coefficients | |||||||||||||||||
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Glasshouse (Experiment 1) | Polytunnel (Experiment 2) | ||||||||||||||||
Data matrix: | Leaf and fruit | Leaf | Fruit | Leaf and fruit | Leaf | Fruit | |||||||||||
C.D | 0.713 | 0.564 | 0.617 | 0.802 | 0.644 | 0.541 | |||||||||||
Tissue | Gene | ||||||||||||||||
Leaf | mMDH | 0 | 0 | 0 | 1.32 | ||||||||||||
SBP | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||||||||
SPA | 3.50 | 3.13 | 1.88 | 1.78 | |||||||||||||
PP | 0 | 0 | 2.45 | 1.74 | |||||||||||||
GS2 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||||||||
GLDH | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||||||||
Sweet11 | 0 | 0.20 | |||||||||||||||
SUC2 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||||||||
INVINH | 0 | 0 | 2.40 | 2.21 | |||||||||||||
CAT9 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||||||||
AAP1 | 0.53 | 0.48 | 0 | 0 | |||||||||||||
Fruit | mMDH | 0 | 0.93 | 1.29 | 1.38 | ||||||||||||
SPA | 1.72 | 1.93 | 1.22 | 0.95 | |||||||||||||
GLDH | 0 | 0.32 | 0.99 | 1.22 | |||||||||||||
SUC2 | 1.89 | 2.03 | 0.56 | 1.49 | |||||||||||||
STP6 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||||||||
STP3 | 0 | 0 | 0 | 0.30 | |||||||||||||
LIN5 | 0 | 0 | 1.70 | 1.61 | |||||||||||||
INVINH | 0 | 0 | 0 | 0.60 | |||||||||||||
SUS1 | 0 | 0 | 0 | 0.41 | |||||||||||||
AgpL1 | 0 | 0 | 0 | 0.63 | |||||||||||||
TMT1 | 0 | 0 | 0 | 0.61 | |||||||||||||
AAP6 | 2.23 | 2.22 | 2.52 | 2.06 | |||||||||||||
CAT9 | 0 | 0.49 | 0 | 1.24 | |||||||||||||
SUC9 | 0 | 0 | 0.11 | 0.73 |
Values represent sPLS's Variable Importance in Projection (VIP)—coefficients. Threshold for significative value has been arbitrary fixed in 1.2 and coefficients above this limit are set in bold face.