Table 2.
Molecular docking results of 31 ligands with 6LU7
| S. No | Ligands | Binding energy (ΔG) (kcal/mol) | Ligand efficiency | Inhibition constant (µM) | Intermolecular energy | Vdw H-bond desolvation |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Nimbin | − 8.66 | − 0.22 | 0.44923 | − 11.05 | − 11.05 |
| 2. | Nimbolide | − 8.09 | − 0.24 | 1.17 | − 9.29 | − 9.35 |
| 3. | Salannin | − 7.45 | − 0.17 | 3.49 | − 10.13 | − 9.93 |
| 4. | Gedunin | − 9.51 | − 0.27 | 0.10606 | − 10.41 | − 10.31 |
| 5. | Epoxyazadiradione | − 8.47 | − 0.25 | 0.61357 | − 9.37 | − 9.31 |
| 6. | Curcumin | − 7.57 | − 0.28 | 2.82 | − 10.55 | − 10.4 |
| 7. | Turmerone | − 6.43 | − 0.4 | 19.4 | − 7.62 | − 7.57 |
| 8. | Zingiberene | − 6.8 | − 0.45 | 10.43 | − 7.99 | − 8.00 |
| 9. | Curlone | − 7.05 | − 0.44 | 6.79 | − 8.24 | − 8.19 |
| 10. | α-Curcumene | − 6.42 | − 0.43 | 19.7 | − 7.61 | − 7.61 |
| 11. | α-Santalene | − 6.62 | − 0.44 | 14.09 | − 7.51 | − 7.51 |
| 12. | 6-Gingerol | − 5.65 | − 0.27 | 72.02 | − 9.23 | − 9.12 |
| 13. | Zingerone | − 5.28 | − 0.38 | 135.49 | − 6.77 | − 6.67 |
| 14. | Gingerenone-A | − 7.00 | − 0.27 | 7.36 | − 10.28 | − 10.10 |
| 15. | 6-Shogaol | − 6.61 | − 0.33 | 14.33 | − 9.59 | − 9.43 |
| 16. | 6-Dehydrogingerdione | − 6.97 | − 0.33 | 7.79 | − 9.95 | − 9.61 |
| 17. | β-Bisabolene | − 4.98 | − 0.33 | 222.12 | − 6.18 | − 6.16 |
| 18. | α-Farnesene | − 6.37 | − 0.42 | 21.3 | − 8.16 | − 817 |
| 19. | Apigenin | − 7.36 | − 0.38 | 2.88 | − 8.75 | − 8.61 |
| 20. | Linalool | − 5.15 | − 0.47 | 167.82 | − 6.64 | − 6.6 |
| 21. | Eugenol | − 4.96 | − 0.41 | 230.21 | − 6.16 | − 6.13 |
| 22. | β-Elemene | − 6.49 | − 0.43 | 17.57 | − 7.38 | − 7.38 |
| 23. | α-Bergamotene | − 7.27 | − 0.48 | 4.71 | − 8.16 | − 8.17 |
| 24. | α-Guaiene | − 6.88 | − 0.46 | 9.09 | − 7.18 | − 7.18 |
| 25. | Germacrene D | − 6.42 | − 0.43 | 19.7 | − 6.72 | − 6.71 |
| 26. | Cubenol | − 6.99 | − 0.44 | 7.57 | − 7.58 | − 7.49 |
| 27. | τ-Cadinol | − 7.24 | − 0.45 | 4.97 | − 7.83 | − 7.82 |
| 28. | α-Gurjunene | − 6.59 | − 0.44 | 14.78 | − 6.59 | − 6.59 |
| 29. | δ-Cadinene | − 6.63 | − 0.44 | 13.71 | − 6.93 | − 6.94 |
| 30. | Ginsenosides | − 9.63 | − 0.3 | 0.08745 | − 11.42 | − 11.28 |
| 31. | Genistein | − 7.02 | − 0.35 | 7.14 | − 8.21 | − 8.1 |
| 32. | N3 (Control) | − 8.13 | − 0.17 | 1.07 | − 13.54 | − 13.34 |