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. 2020 Oct 21;19:48. doi: 10.1186/s12941-020-00390-y

Table 3.

Summary of detection of AMR genes

Organisms Genes CTX-M1 CTX-M2 CTX-M8 CTX-M9 CTX-M25
n %a n %a n %a n %a n %a
E. coli neg 612 85.4 717 100 302 42.0 714 99.3 710 98.7
pos 105 14.6 0 0 417 58.0 5 0.7 9 1.3
n.t.b 2 2 0 0 0
Enterobacter neg 102 19.7 0 n.a 0 n.a 518 99.8 0 n.a
pos 417 80.3 0 n.a 0 n.a 1 0.2 0 n.a
n.t.b 1 520 520 1 520
Klebsiella neg 119 22.6 527 100 525 99.6 524 99.4 521 98.9
pos 408 77.4 0 0 2 0.4 3 0.6 6 1.1
n.t.b 5 5 5 5 5
Acinetobacter neg 368 98.9 372 100 372 100 372 100.0 372 100
pos 4 1.1 0 0 0 0 0 0.0 0 0
n.t.b 10 10 10 10 10
Organisms Genes OXA OXA1_4_30 OXA23 OXA24 OXA48 OXA51 OXA58
n %a n %a n %a n %a n %a n %a n %a
E. coli neg 450 62.6 0 n.a 0 n.a 0 n.a 715 99.4 0 n.a 0 n.a
pos 269 37.4 0 n.a 0 n.a 0 n.a 4 0.6 0 n.a 0 n.a
n.t.b 0 719 719 719 0 719 719
Enterobacter neg 228 43.8 0 n.a 0 n.a 0 n.a 221 65.6 0 n.a 0 n.a
pos 292 56.2 0 n.a 0 n.a 0 n.a 116 34.4 0 n.a 0 n.a
n.t.b 0 520 520 520 520 520
Klebsiella neg 174 32.8 0 n.a 0 n.a 0 n.a 475 89.5 0 n.a 0 n.a
pos 357 67.2 0 n.a 0 n.a 0 n.a 56 10.5 0 n.a 0 n.a
n.t.b 1 532 532 532 1 532 532
Acinetobacter neg 0 n.a 342 91.9 238 64.0 363 97.6 0 n.a 154 41.4 357 96.0
pos 0 n.a 30 8.1 134 36.0 9 2.4 0 n.a 218 58.6 15 4.0
n.t.b 382 10 10 10 382 10 10
Organisms Genes IMP KPC NDM1 SHV TEM VIM
n %a n %a n %a n %a n %a n %a
E. coli neg 577 99.7 719 100 681 94.7 719 100 71 9.9 578 99.8
pos 2 0.3 0 0.0 38 5.3 0 648 90.1 1 0.2
n.t.b 140 0 0 0 0 140
Enterobacter neg 90 100 136 40.4 412 79.2 515 99.0 219 42.1 90 100
pos 0 0 201 59.6 108 20.8 5 1.0 301 57.9 0 0.0
n.t.b 183 183 0 0 0 430
Klebsiella neg 100 100 509 95.9 414 78.0 415 78.2 199 37.5 100 100
pos 0 0 22 4.1 117 22.0 116 21.8 332 62.5 0 0.0
n.t.b 1 1 1 1 432
Acinetobacter neg 0 n.a 0 n.a 303 79.3 361 97.0 300 78.5 0 n.a
pos 0 n.a 0 n.a 79 20.7 11 3.0 82 21.5 0 n.a
n.t.b 382 382 90 10 90 382

aPercentage of positive or negative in all isolates tested for a particular gene

bNot tested