Table 1.

Summary of read counts for each sample before and after the filtering of reads assigned to chloroplasts and mitochondria. The last column summarize the number of reads retained for the downstream microbiome analyses after the filtering.

Sample ID	Species	Clamp use	Total read count	Number of reads assigned to chloroplasts and mitochondria	Filtered read count
140	L. yerbabuenae	No	33,128	21,347	11,781
140	L. yerbabuenae	Yes	44,350	319	44,031
141	L. yerbabuenae	No	31,707	28,320	3,387
141	L. yerbabuenae	Yes	36,719	1,986	34,733
142	L. yerbabuenae	No	37,856	13,891	23,965
142	L. yerbabuenae	Yes	31,372	44	31,328
143	L. yerbabuenae	No	32,777	31,243	1,534
143	L. yerbabuenae	Yes	31,063	1,072	29,991
144	L. yerbabuenae	No	31,564	29,488	2,076
144	L. yerbabuenae	Yes	30,579	3,102	27,477
145	L. yerbabuenae	No	38,329	22,645	15,684
145	L. yerbabuenae	Yes	37,232	173	37,059
181	L. yerbabuenae	No	33,516	21,996	11,520
181	L. yerbabuenae	Yes	32,589	70	32,519
195	L. yerbabuenae	No	30,738	30,295	443
195	L. yerbabuenae	Yes	30,421	4,533	25,888
143114	M. parvulus	No	76,954	31,062	45,892
143114	M. parvulus	Yes	56,890	511	56,379
143120	M. parvulus	No	92,269	39,606	52,663
143120	M. parvulus	Yes	50,596	196	50,400
143124	M. parvulus	No	94,728	36,449	58,279
143124	M. parvulus	Yes	39,963	413	39,550
143170	M. parvulus	No	121,709	38,511	83,198
143170	M. parvulus	Yes	51,766	113	51,653
143185	M. parvulus	No	72,513	65,422	7,091
143185	M. parvulus	Yes	35,253	7,201	28,052
143193	M. parvulus	No	67,647	60,026	7,621
143193	M. parvulus	Yes	37,639	10,665	26,974
143195	M. parvulus	No	53,607	53,396	211
143195	M. parvulus	Yes	34,516	5,108	29,408
143199	M. parvulus	No	99,402	84,424	14,978
143199	M. parvulus	Yes	41,528	1,585	39,943
143356	M. parvulus	No	55,739	52,807	2,932
143356	M. parvulus	Yes	31,529	6,966	24,563
143358	M. parvulus	No	43,320	42,879	441
143358	M. parvulus	Yes	39,658	5,114	34,544