Table 2.
Strain number, source, clonal complex (CC), sequence type (ST), and toxin genes.
| CC | ST | Strains | Source | Farm, region | Toxin genes |
|||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cpa | cpb | etx | iap | cpb2 | cpe | netB | TpeL | |||||
| CC1 | ST36 | G2 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST36 | B8 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST36 | C24 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | + | − | − | − |
| CC1 | ST36 | BS3 | Water | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST49 | D10 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST49 | D11 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST49 | D14 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST49 | D19 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST49 | D21 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST49 | D28 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST49 | DS1 | Water | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST49 | DS2 | Water | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC1 | ST49 | ES1 | Water | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC2 | ST64 | A20 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC2 | ST65 | A25 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC2 | ST65 | BSL1 | Feed | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC2 | ST68 | B15 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | + | − | − | − |
| CC3 | ST39 | G47 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC3 | ST20 | 2G2 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC3 | ST30 | 3G18 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC4 | ST38 | G32 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC4 | ST34 | 3GSL1 | Feed | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | + | − | − | − |
| CC4 | ST53 | DDF1 | Duck feces | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CC5 | ST47 | D2 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | + | − | − | − |
| CC5 | ST21 | 2G5 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | + | − | − | − |
| CC5 | ST66 | ATR1 | Soil | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − |
| Singletons1 | ST3 | E1 | Cloaca | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − |
| ST3 | E3 | Cloaca | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST3 | E4 | Cloaca | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST3 | E5 | Cloaca | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST3 | E8 | Cloaca | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST3 | E16 | Cloaca | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST3 | E22 | Cloaca | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST3 | E30 | Cloaca | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST3 | E35 | Cloaca | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST3 | ES2 | Water | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST3 | 3G19 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST3 | 2GDL1 | Duck feces | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST3 | GTR3 | Soil | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST8 | 3G17 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST8 | 3G28 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST8 | B18 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST31 | 3G26 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST31 | A22 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | + | + | − | − | |
| ST19 | 3G11 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST19 | 3GDF2 | Duck feces | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST24 | 2G25 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST24 | 2GWF3 | Net | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST37 | G4 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST37 | G11 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST54 | DSL1 | Feed | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST54 | ESL1 | Feed | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST59 | C5 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST60 | C36 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST61 | C38 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST62 | A5 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST67 | B12 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST69 | C3 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST70 | C8 | Cloaca | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST72 | CSL2 | Feed | Farm 1, Tai'an | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST18 | 3G27 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST22 | 2G13 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST23 | 2G15 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST25 | 2G26 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST28 | 3G8 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST29 | 3G9 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST43 | 3H1 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST44 | 3H24 | Cloaca | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST26 | 2GSL5 | Feed | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST27 | 2GSL7 | Feed | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST35 | 3GSL7 | Feed | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST41 | GSL1 | Feed | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST42 | GSL3 | Feed | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST45 | 3HSL2 | Feed | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST46 | 3HSL7 | Feed | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST32 | 3GDF3 | Duck feces | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST40 | GLC2 | Trough | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST33 | 3 GLC2 | Trough | Farm 4, Weifang | + | − | − | − | + | + | − | − | |
| ST48 | D8 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST50 | D16 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | + | − | − | − | |
| ST51 | D18 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST52 | D22 | Cloaca | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST55 | DSL2 | Feed | Farm 2, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST56 | E15 | Cloaca | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST57 | ESL2 | Feed | Farm 3, Liaocheng | + | − | − | − | − | − | − | − | |
Abbreviations: CC, clonal complex; ST, sequence type.
1
Independent STs not involved in forming any CC.