Table 3.
Summary of overmutated miRNA genes in Pan-Cancer and individual cancer types.
| Cancer type | Overmutated miRNA genes - ordinary binomial analysis (# mutations) | No. of genes | Overmutated miRNA genes - functionally weighted analysis (# mutations) | No. of genes |
|---|---|---|---|---|
| Pan-Cancer | let-7d (23); 105-1 (22); 1208 (18); 124-2 (20); 1249 (16); 1251 (17); 1269a (20); 1277 (15); 128-2 (16); 1283-2 (18); 1297 (15); 1303 (51); 1324! (166); 142 (16); 204 (15); 205 (15); 218-1 (20); 3132 (17); 320a (17); 320b-2 (20); 320c-1 (17);320d-1 (16); 323a (15); 329-1 (15); 329-2 (15); 3675 (22); 3690-1 (17); 376a-2 (26); 376c (22); 379 (20); 409 (19); 411 (19); 412 (18); 4271 (15); 4315-1 (20); 4329 (15); 4668 (41); 487b (16); 489 (16); 490 (22); 496 (15); 509-2 (17); 509-3 (25); 510 (15); 512-1 (15); 512-2 (17); 515-1 (17); 515-2 (16); 516b-1 (17); 517a (21); 517c (18); 518b (15); 518d (17); 5196 (16); 519a-1 (21); 519b (24); 519e (33); 520a (20); 520b (21); 522 (24); 524 (20); 525 (36); 527 (21); 541 (16); 543 (31); 548f-1 (18); 585 (17); 587 (16); 592 (21); 602 (25); 633 (15); 646 (16); 6742 (16); 6811 (16); 6859-4 (25); 6870 (20); 6891 (27); 758 (17); 887 (18); 890 (22); 892a (15) | 81 | let-7d (23); 105-1 (22); 1208 (18); 124-2 (20); 1244-2 (15); 1249 (16); 1251 (17); 1252 (13); 1269a (20); 1277 (15); 128-2 (16); 1283-2 (18); 1297 (15); 1303 (51); 1324! (166); 134 (14); 142 (16);154 (13); 204 (15); 205 (15);21 (14); 218-1 (20);299 (12); 300 (14); 3132 (17); 320a (17); 320b-2 (20); 320c-1 (17); 323a (15); 325 (14); 328 (13); 329-1 (15); 329-2 (15);342 (12); 3675 (22);369 (14); 3690-1 (17); 376a-2 (26); 376c (22); 379 (20);3940 (11); 409 (19); 411 (19); 412 (18); 4271 (15); 4315-1 (20);452 (13); 4668 (41); 487b (16); 489 (16); 490 (22); 496 (15);498 (13);508 (14); 509-2 (17); 509-3 (25); 510 (15); 512-1 (15); 512-2 (17); 515-1 (17); 515-2 (16); 516b-1 (17); 517a (21);517b (12); 517c (18);518a-1 (14);518a-2 (13); 518b (15);518c (13); 518d (17);518e (14); 5196 (16); 519a-1 (21); 519b (24);519d (14); 519e (33); 520a (20); 520b (21);520d (14);520h (14);521-1 (14); 521-2 (13); 522 (24);523 (14); 524 (20); 525 (36); 527 (21); 541 (16); 543 (31); 548f-1 (18); 550a-3 (14); 585 (17); 587 (16); 592 (21); 602 (25); 646 (16); 6811 (16); 6859-4 (25); 6870 (20); 6891 (27); 758 (17); 8078 (12); 887 (18); 890 (22);891a (14); 891b (14); 892a (15);892b (12) | 108 |
| ACC | 1324! (8) | 1 | 1324! (8);509-2 (3) | 2 |
| BRCA | 1324! (19); 3690-1 (7); 519e (6) | 3 | 1324! (19); 3690-1 (7); 519e (6); 6859-4 (5) | 4 |
| CESC | 1324! (10); 6891 (7) | 2 | 1324! (10); 6891 (7) | 2 |
| CHOL | 0 | 3132 (3) | 1 | |
| COAD | 1324! (19) | 1 | 1324! (19); 518a-2 (4); 885* (5) | 3 |
| DLBC | 1324! (6); 142 (10) | 2 | 1324! (6); 142 (10) | 2 |
| ESCA | 1324! (18) | 1 | 1324! (18) | 1 |
| GBM | 411 (5); 489 (5); 516b-1 (5) | 3 | 489 (5); 516b-1 (5) | 2 |
| HNSC | 0 | 105-1 (4) | 1 | |
| KICH | 1324! (5) | 1 | 1324! (5) | 1 |
| KIRP | 1324! (5) | 1 | 1324! (5) | 1 |
| LAML | 0 | 142 (2) | 1 | |
| LIHC | 1302-3*(5); 1324! (16) | 2 | 1302-3*(5); 1324! (16) | 2 |
| LUAD | 1297 (6); 379 (6); 664b*(6); 890 (7); 892a (6) | 5 | 1297 (6); 1324! (6); 379 (6);509-3 (5); 664b*(6); 890 (7); 892a (6) | 7 |
| LUSC | 0 | 518e (4); 527 (6) | 2 | |
| OV | 376a-2 (7); 376c (5); 4315-1 (6); 519e (16) | 4 | 3132 (4); 376a-2 (7); 376c (5); 4315-1 (6); 519e (16) | 5 |
| PAAD | 8078*(4) | 1 | 8078 (4) | 1 |
| READ | 1324! (5) | 1 | 1324! (5) | 1 |
| SARC | 1324! (9) | 1 | 1324! (9) | 1 |
| SKCM | 1252*(8); 1283-2 (7); 1324! (10); 135a-2*(8); 329-1 (8); 329-2 (7); 487b (10); 496 (7); 520a (10); 525 (8); 543 (7); 587 (8); 646 (8) | 13 | 1252 (8); 1283-2 (7); 1324! (10);134 (6); 135a-2*(8);205 (5); 329-1 (8); 329-2 (7);382* (6); 487b (10); 496 (7); 520a (10);520b (6); 522 (6); 525 (8); 543 (7); 548f-2* (6); 587 (8); 646 (8); 665* (5) | 20 |
| STAD | 1303 (32);454* (6); 4668 (12); 543 (6); 602 (9) | 5 | 1303 (32);296* (5); 4668 (12);518b (5); 543 (6); 602 (9) | 6 |
| THYM | 1324! (11) | 1 | 1324! (11) | 1 |
| UCEC | let-7d (16); 1249 (8); 1277 (7); 1303 (7); 320d-1 (9); 3613*(7); 4329 (12); 4668 (19); 602 (7) | 9 | let-7d (16);105-1 (4); 1249 (8); 1277 (7); 1303 (7); 320d-1*(9); 3613*(7); 4329*(12); 4668 (19); 543 (5); 602 (7) | 11 |
| UCS | 0 | 8078 (2) | 1 | |
| UVM | 199b*(3) | 1 | 199b*(3) | 1 |
⁎
cancer-specific miRNA gene (not overmutated in Pan-Cancer); underline indicates miRNAs expressed in particular cancers, for more information see Supplementary Table S3; bold indicates genes identified in both (ordinary binomial and functionally weighted) analyses; ! note the comment on mutations in hsa-miR-1324 at the end of the section Examples of overmutated miRNA genes. To simplify the table, we omitted the prefix hsa-miR in the gene IDs.