. 2020 Nov 13;99(46):e23024. doi: 10.1097/MD.0000000000023024

Table 1.

Analysis of the correlation between TGFβ2 and immune cell related genes and markers in TIMER.

		COAD				STAD				ACC
		None		Purity		None		Purity		None		Purity
Description	Gene markers	cor	P	Cor	P	Cor	P	Cor	P	Cor	P	Cor	P
CD8+ T cell	CD8A	0.13	^∗∗∗	0.04	0.26	0.12	^∗∗	0.12	^∗	0.01	.91	0.12	.31
	CD8B	0.09	^∗	0.02	0.49	0.11	^∗	0.12	^∗	0.10	.37	0.03	.78
T cell (general)	CD3D	0.06	.18	0.05	0.36	0.05	.28	0.04	.43	0.05	.68	0.15	.20
	CD3E	0.14	^∗	0.05	0.31	0.06	.19	0.05	.35	0.06	.61	0.05	.65
	CD2	0.18	^∗∗	0.10	0.05	0.11	.02	0.11	.03	0.04	.74	0.10	.40
B cell	CD19	0.04	.35	0.05	0.33	0.13	^∗	0.10	.06	0.04	.70	0.06	.63
	CD79A	0.15	^∗	0.04	0.42	0.14	^∗	0.12	.02	0.04	.70	0.11	.37
Monocyte	CD86	0.39	^∗∗∗	0.33	^∗∗∗	0.18	^∗∗	0.18	^∗∗	0.06	.58	0.19	.11
	CSF1R	0.38	^∗∗∗	0.30	^∗∗∗	0.31	^∗∗∗	0.29	^∗∗∗	0.13	.25	0.07	.58
TAM	CCL2	0.50	^∗∗∗	0.45	^∗∗∗	0.32	^∗∗∗	0.33	^∗∗∗	0.20	.07	0.13	.26
	CD68	0.18	^∗∗∗	0.12	0.01	0.05	.28	0.06	.25	0.16	.15	0.10	.40
	IL10	0.26	^∗∗∗	0.20	^∗∗∗	0.27	^∗∗∗	0.29	^∗∗∗	0.20	.08	0.15	.21
M1 Macrophage	NOS2	0.25	^∗∗∗	0.27	^∗∗∗	0.18	^∗∗	0.18	^∗∗	0.46	^∗∗∗	0.48	^∗∗∗
	IRF5	0.07	.11	0.07	0.13	0.17	^∗∗	0.17	^∗∗	0.00	.97	0.07	.58
	PTGS2	0.27	^∗∗∗	0.23	^∗∗∗	0.33	^∗∗∗	0.33	^∗∗∗	0.10	.39	0.13	.28
M2 Macrophage	CD163	0.40	^∗∗∗	0.34	^∗∗∗	0.24	^∗∗∗	0.23	^∗∗∗	0.13	.27	0.06	.60
	VSIG4	0.35	^∗∗∗	0.27	^∗∗∗	0.27	^∗∗∗	0.30	^∗∗∗	0.07	.51	0.02	.86
	MS4A4A	0.35	^∗∗∗	0.28	^∗∗∗	0.26	^∗∗∗	0.27	^∗∗∗	0.21	.06	0.15	.20
Neutrophils	CEACAM8	0.21	^∗∗∗	0.20	^∗∗∗	0.02	.74	0.02	.74	0.01	.90	0.02	.89
	ITGAM	0.38	^∗∗∗	0.33	^∗∗∗	0.26	^∗∗∗	0.26	^∗∗∗	0.22	.05	0.20	.09
	CCR7	0.20	^∗∗∗	0.12	0.01	0.22	^∗∗∗	0.20	^∗∗∗	0.01	.96	0.05	.65
Natural killer cell	KIR2DL1	0.05	.28	0.01	0.85	0.09	.08	0.07	.15	0.18	.11	0.16	.19
	KIR2DL3	0.03	.55	0.00	0.99	0.07	.14	0.05	.34	0.14	.22	0.07	.54
	KIR2DL4	0.03	.56	0.09	0.07	0.12	.01	0.14	^∗	0.08	.48	0.19	.10
	KIR3DL1	0.04	.35	0.01	0.91	0.08	.11	0.07	.16	0.15	.20	0.11	.36
	KIR3DL2	0.09	.07	0.02	0.72	0.01	.87	0.00	.94	0.07	.51	0.07	.55
	KIR3DL3	0.03	.58	0.04	0.46	0.10	.03	0.12	.02	0.04	.75	0.06	.63
	KIR2DS4	0.08	.08	0.06	0.24	0.02	.72	0.00	.99	0.21	.07	0.15	.19
Dendritic cell	HLA-DPB1	0.21	^∗∗∗	0.12	0.01	0.05	.30	0.04	.47	0.13	.24	0.04	.72
	HLA-DQB1	0.10	.03	0.00	0.98	0.09	.07	0.11	.03	0.05	.68	0.03	.83
	HLA-DRA	0.23	^∗∗∗	0.14	^∗	0.04	.44	0.05	.35	0.14	.21	0.05	.69
	HLA-DPA1	0.26	^∗∗∗	0.18	^∗∗	0.01	.84	0.00	.99	0.14	.20	0.05	.66
	CD1C	0.37	^∗∗∗	0.31	^∗∗∗	0.31	^∗∗∗	0.32	^∗∗∗	−0.18	.11	-0.11	.35
	NRP1	0.67	^∗∗∗	0.64	^∗∗∗	0.57	^∗∗∗	0.57	^∗∗∗	0.38	^∗∗	0.32	^∗
	ITGAX	0.42	^∗∗∗	0.37	^∗∗∗	0.28	^∗∗∗	0.28	^∗∗∗	0.03	.80	0.08	.50
Th1	TBX21	0.12	.02	0.08	0.10	0.07	.15	0.03	.78	0.06	.62	0.12	.02
	STAT4	0.21	^∗∗∗	0.22	^∗∗∗	0.20	^∗∗	0.01	.90	0.11	.33	0.21	^∗∗∗
	STAT1	0.25	^∗∗∗	0.03	0.52	0.05	.38	0.20	.08	0.27	.02	0.25	^∗∗∗
	IFNG	0.02	.74	0.08	0.10	0.09	.09	0.21	.07	0.31	^∗	0.02	.74
	TNF	0.07	.17	0.09	0.06	0.09	.09	0.03	.77	0.09	.45	0.07	.17
Th2	GATA3	0.21	^∗∗∗	0.25	^∗∗∗	0.26	^∗∗∗	0.35	^∗	0.33	^∗	0.21	^∗∗∗
	STAT6	0.16	^∗∗	0.05	0.29	0.05	.32	0.37	^∗∗	0.38	^∗∗	0.16	^∗∗
	STAT5A	0.01	.81	0.17	^∗∗	0.17	^∗∗	0.28	.01	0.24	.04	0.01	.81
	IL13	0.11	.03	0.08	0.11	0.07	.15	0.22	.05	0.19	.10	0.11	.03
Tfh	BCL6	0.24	^∗∗∗	0.39	^∗∗∗	0.37	^∗∗∗	0.01	.92	0.03	.80	0.24	^∗∗∗
	IL21	0.11	.02	0.02	0.75	0.01	.81	NA	NA	NA	NA	0.11	.02
Th17	STAT3	0.14	^∗	0.29	^∗∗∗	0.27	^∗∗∗	0.12	.31	0.11	.37	0.14	^∗
	IL17A	0.12	.01	0.08	0.09	0.09	.07	0.18	.10	0.18	.13	0.12	.01
Treg	FOXP3	0.26	^∗∗∗	0.05	0.29	0.03	.52	0.31	^∗	0.32	^∗	0.26	^∗∗∗
	CCR8	0.35	^∗∗∗	0.21	^∗∗∗	0.21	^∗∗∗	0.16	.16	0.21	.08	0.35	^∗∗∗
	STAT5B	0.25	^∗∗∗	0.37	^∗∗∗	0.36	^∗∗∗	0.29	^∗	0.26	.03	0.25	^∗∗∗
	TGFB1	0.22	^∗∗∗	0.38	^∗∗∗	0.37	^∗∗∗	0.26	.02	0.31	^∗	0.22	^∗∗∗
T cell exhaustion	PDCD1	0.03	.56	0.07	0.18	0.07	.21	0.12	.29	0.26	.03	0.03	.56
	CTLA4	0.22	^∗∗∗	0.10	0.05	0.10	.06	0.07	.54	0.17	.14	0.22	^∗∗∗
	LAG3	0.04	.39	0.01	0.86	0.00	.94	0.29	.01	0.34	^∗	0.04	.39
	HAVCR2	0.30	^∗∗∗	0.13	^∗	0.13	.01	0.08	.46	0.02	.88	0.30	^∗∗∗
	GZMB	0.05	.34	0.08	0.09	0.10	.04	0.03	.79	0.02	.84	0.05	.34