Table 2. Major SNPs pertaining to milk yield in Nili-Ravi.

SNP	Chr	P-Value	-LOG10 (P-Value)	Regression Beta	Beta Standard Error	Prop. Var. Explained	Minor Allele (Test Allele)→Major Allele	Minor Allele D Frequency
S1_158054912	1	0.00083	3.08	-1627.16	468.80	0.13	T→A	0.06
S3_172820617	3	0.000322	3.49	-1768.04	470.74	0.15	T→C	0.06
S3_55703175	3	0.000724	3.14	791.81	225.39	0.13	G→A	0.39
S5_76106561	5	0.000757	3.12	-1092.39	312.16	0.13	T→C	0.09
S8_2495291	8	0.000884	3.05	829.70	240.40	0.13	T→A	0.49
S8_2495296	8	0.000884	3.05	829.70	240.40	0.13	G→C	0.49
S8_2495349	8	0.000884	3.05	829.70	240.40	0.13	C→T	0.49
S9_4493004	9	0.000118	3.93	-1888.13	466.93	0.17	C→G	0.07
S9_4493022	9	0.000118	3.93	-1888.13	466.93	0.17	T→C	0.07
S10_104237148	10	0.000654	3.18	-1216.83	343.36	0.13	T→G	0.06
S10_104295834	10	0.000627	3.20	-1031.78	290.09	0.13	A→T	0.15
S10_104295869	10	0.000627	3.20	-1031.78	290.09	0.13	T→G	0.15
S10_104332442	10	9.22E-05	4.04	-1521.84	369.98	0.17	C→G	0.07
S10_104379763	10	0.000744	3.13	-930.90	265.64	0.13	G→A	0.16
S10_104401718	10	0.000302	3.52	-1037.95	274.97	0.15	T→A	0.15
S10_104401719	10	0.000302	3.52	-1037.95	274.97	0.15	A→T	0.15
S10_104401762	10	0.000302	3.52	-1037.95	274.97	0.15	C→G	0.15
S10_104410613	10	0.000207	3.68	-1377.10	354.59	0.16	C→G	0.07
S10_104422767	10	0.000481	3.32	-1731.56	476.12	0.14	A→T	0.08
S10_104434319	10	0.000632	3.20	-948.36	266.81	0.13	A→G	0.23
S10_104440997	10	0.000264	3.58	-1297.72	340.24	0.15	T→C	0.08
S10_104484172	10	0.000111	3.95	-1278.47	314.77	0.17	C→A	0.11
S10_104514430	10	0.000726	3.14	-1077.40	306.76	0.13	A→G	0.11
S12_75087502	12	0.000166	3.78	-1688.66	427.71	0.16	T→G	0.07
S13_18088155	13	0.00021	3.68	-1449.74	373.59	0.16	T→C	0.05
S16_3831231	16	0.00015	3.83	-1866.75	469.36	0.16	G→A	0.05
S18_39186829	18	0.000708	3.15	-1045.17	296.96	0.13	T→C	0.09
S24_1645	24	0.000372	3.43	-1418.84	382.08	0.14	C→T	0.06
S25_42968291	25	0.000649	3.19	-1235.26	348.32	0.13	G→T	0.08